马尼拉大主教给西班牙皇家的报告中记载了余下华人起义者的结局：
阿兹奎塔少校的邦邦牙土着步兵部队，赶上了另一队混乱的华人逃亡队伍，在通多教堂附近将他们集体屠杀了。
有一批华人拼死突围，想再次逃亡到沼泽地营地去避难，然而已经迟了。由于华人战败的消息已经传开，原先抱着观望态度的他加禄土着也开始攻击华人，他们抢在华人前面攻占和烧毁了通多沼泽营地。
向北撤退的华人中的最后一部分，大约有400多人，于攻打马尼拉城失败后的第3天，在沼泽地边缘集体自杀了。
另一路逃往巴勃罗地区的华人队伍约6000余人，愤怒的人们在途经的地区，把所有西班牙人的教堂、修道院、和其它建筑统统付之一炬。留下了一路的废墟。西班牙上尉维拉斯科追杀华人，大批土着兵冲入树林中，却被华人们用最原始的武器-木棍打了出来。跟在土着兵后面的西班牙正规军士兵毫无防备，因为贪图华人随身携带的财宝，只顾着在华人尸体上收集财物，先是被一些在树林里挖芋薯的华人突袭，又被打退了土着兵的华人攻击，当场被打死了几十人。
维拉斯科上尉大怒，调来了几门小炮冲着树林轰击，然后让所有士兵放火烧山。此时季节已近菲律宾群岛的旱季，大火很快吞没了整座山。
西班牙军队在山脚下列阵以待。但是，一直到大火因烧尽树木而熄灭，还是没有一个华人从火海中逃出来求饶投降，他们和整座山的树木一起化作了灰烬，宁死不降。
唐.佩德罗.阿库纳总督在皇家马尼拉法院里向所有西班牙殖民者发布命令：本殖民地所有省份的省长们，就地解决当地的所有生理人，不准放过一个。
总督的命令被执行了，马尼拉城少数被同情者保护起来的华人在一个上午的时间内全部被杀了。有在街头被绞死，有在保护者家中被杀，有被保护者押送到了马尼拉监狱，最终被绞死在市政广场上。
马尼拉大主教贝纳维德斯组织了圣像游行，庆祝战胜中国人。城里城外每天都有人抬着圣像唱着圣歌的四处游行，传教士们不知疲倦地组织着感恩游行。
被关在圣地亚哥堡地下水牢中的原涧内华人总管黄康，在几天后被马尼拉皇家法院以叛乱罪判处绞刑。临死之前，他拒绝了马尼拉大主教贝纳维德斯给他忏悔；他看清了大主教的真面目，指责大主教贝纳维德斯是挑起战争的罪魁祸首。然后，黄康自己走上了绞刑架，不再向西班牙人的上帝祈祷，他应该在心中向遗忘了许久的妈祖娘娘祷告：死后要能和自己家人团聚在阴间。
到这一天为止，菲律宾西班牙殖民地内，一个活的中国人都没了。三万余中国人抛尸异域，在最后，《明史》用了五个字对此事进行感慨:“竟不能讨也。”就是大明朝拿西班牙一点办法都没有。
但是那些战死的、自杀的华人们没有白死，他们不屈的灵魂呼唤中，王鼎来了。
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