一
太宰武陵王司马曦既废黜归藩，其世子左卫将军司马弢亦废为庶人，流放安成，新蔡王司马综以供出谋逆首犯，将功补过，降封为县侯，以侯归第。至此桓温欲扫清篡位障碍，已去最大对手，乃着手对付诸庾，及殷浩之子侍中殷涓等不附己者。
颍川庾氏自庾亮以帝舅、中书监辅政初继位之成帝，嗣后虽以招致苏峻之乱，引咎辞中书监，而之前遭庾亮排挤之丞相王导，以乱中随被俘之成帝入石头城，乱平后仍以丞相辅政，然不久大司马、都督荆州等上游八州诸军事、长沙郡公陶侃逝世，庾亮即自请出外为荆、江、豫三州都督，遂出镇武昌，乃掌握都城上游，与在朝辅政之王导分庭抗礼。时庾亮幕府人才之盛，远过朝中，便后来隐居之殷浩，与年少便有颜回之名的陈郡谢氏后起之秀谢尚，及太原王氏之王蒙，琅琊王氏之王羲之、王胡之，一时俊杰，皆入其府为僚属。
庾亮出镇武昌，便厉兵秣马，声言北伐。王导忧其北伐是假，欲东下夺其执政之权是真，便常居石头城以备西军。每逢西风扬尘，王丞相便以麈尾扇挥之，道：“元规尘污人！”元规，庾亮字也，其在武昌时，为执政忌惮如此。
此后虽不久庾亮亦死，其少弟庾翼，却以荆州刺史继承了其权位，仍镇武昌。庾亮无军事才，庾翼则才堪军旅，在朝未出镇之先，便常倡言北伐，且自请出镇襄阳，为荆州北伐前锋。王导恐庾氏因此益加壮大，不许。至亮卒，亮弟冰以尚书令执政，翼乃出镇武昌，继承其长兄权位。自此庾氏兄弟一在朝一居外，势压丞相王导。
王导欲引用其家族琅琊王氏子弟，奈何其从兄王敦二度反逆，家族蒙羞，虽晋帝仍然信赖，但若用王氏子弟，庾氏与朝中多有之江东本土大族如吴郡四姓顾陆朱张辈，便会出言阻止，乃着力提携其雷氏妾外甥何充，以为百年之后抗衡庾氏之用。何充出身庐江何氏，庐江处江淮间，地望不南不北，正好既不犯南渡中原大族庾氏忌讳，亦与江东本土大族仿佛南人同俦，王导用之为继承其权位者，南北士族豪门，便一时无言。不久王导辞世，何充便以中书令，与尚书令庾冰夹辅朝政。
何充毕竟势单力孤，幸庾冰谦退不争，二执政乃相安无事。后以庾翼发动北伐，率军溯汉水至襄阳驻扎，庾冰甚而自请出镇浔阳，以为北伐筹粮。何充自然大喜，虽假意挽留，以庾冰坚执，乃许之。而庾冰未及出镇，便病死都中，何充遂独揽大权。
不久庾翼亦病死于镇所，遗命长子庾爰之暂摄权位，而以临终上表奏报朝廷道：“陛下及执政明鉴：臣翼辜负重托，今病将死，古祁奚内举不避亲，臣息爰之，虽无奚子之才，亦差堪负荷。荆州负北伐之重，不当仓促易帅，俾胡虏乘隙哉！”
何充召集大臣商议，诸大臣欲庾氏与作为王氏代表之何充仍保持平衡，大抵赞成庾爰之继承庾翼权位。何充力排众议，道：“荆州国之西阃，天下雄州，带甲百万，岂是爰之白面年少可守！诸公试思其他。”
侍中刘惔尚明帝女庐陵公主，与桓温为连襟，颇相过从，知其为人，乃道：“今良荆州刺史，非徐州刺史桓温莫属！然若使其西上，将来必不可制！”
何充只忧无人可西上迫庾爰之让位，乃大喜道：“正是此人！”
于是桓温即受朝旨，迁镇武昌为荆州刺史。庾爰之得诏书知桓温来代，不及桓至武昌，便将印信交予长史，自乘舟东返建康。荆州遂历庾亮、庾翼兄弟二任镇将之后，自庾氏手中，回到了朝廷手中。
不料桓温迁镇武昌不久，为远离京邑，竟上表以“武昌偏在荆州东境，臣所带护南蛮校尉，其府在西境江陵，江南原湘州境内，近来蛮夷蠢动，恐有不虞”为由，请移镇江陵。朝廷不疑有他，乃许其移镇。
二
移镇江陵越年，桓温忽上表，请允其率师讨伐割据巴蜀之成汉。何充大惊，乃召群臣议可否。
群臣皆以为：“李氏雄霸益州数世，北有剑门之塞，东有峡江之险。自古于荆州入峡江攻蜀，无论汉光武征南大将军岑彭，与成汉初起事时奉命西援益州刺史罗尚之荆州兵，皆遭败绩。如今国家府库空虚，兵少将寡，上游全赖荆州，若攻蜀一战而败，后果不堪设想！”
刘惔却道：“使桓温攻蜀，则必胜！”
何充道：“何以见得？”
刘惔道：“观桓温樗博可知。彼无把握，便不出手，出手即中！然如是其灭蜀之后，恐不可制！”
何充不忧后患，乃许桓温攻蜀。桓温其时恐朝中阻挠，不待朝命答复，以“将在外，君命有所不受”之古义，已拜表便行，不久竟灭成汉。于是桓温进位征西大将军，封临贺郡公，俨然诸侯矣！
自此之后，桓氏便为方岳之雄，桓温诸弟，皆为州郡武职，取代昔日庾氏之地位。庾氏则自冰、翼兄弟之丧，翼子爰之失荆州；冰长子希，为徐州刺史、北中郎将，亦以桓温二度北伐收复旧都之后，命其协同荆州兵北上，而因患病不进失期，为桓上表弹劾，遂废为庶人。
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