而这一部中，之前为了营救队友爆发潜能，葬身洪水的凤凰女琴并没有死亡，奇迹般地出现在了一个湖边，成为了这个世界中实力最强，唯一的五级变种人，之后，围绕着女主角琴，发生了一系列的故事。
争斗的双方，自然是X教授的学院战警们主张和人类政府合作相处，以及万磁王率领的变种人激进组织通过暴力手段谋求生存权利，这对相爱相杀老冤家的阵营对抗，就是X战警第三部的故事线。
云龙跟所有玩家一样，作为外来者，并不在意这个世界的是非对错，积极参与剧情发展，无非是受到主线任务的限制，最大程度的获取个人利益罢了。
分层递进的阶段主线任务，跟当初经历的第一个世界港岛之乱非常相似，也是需要选择加入一方阵营，然后才能逐步开启新的内容，至于是X教授或万磁王，两边各有特点，相对开放宽松的自由竞技模式，给了他更大的操作空间，足足有一天时间，决定观望下再做决定。
思考中，迎面跑过来三个街头小混混，为首的瘦高青年一手握着把明晃晃的匕首，一手拿着个显然不属于他们身份的钱包，不知道是偷来还是抢来的，钻进昏暗的小巷后粗暴地开始翻找起来。
“看什么看，滚！”
沉浸在分赃喜悦中的三人这才注意到角落浑身邋遢的云龙，把他当成了这个城市中地位最低的流浪汉，恶狠狠地扬起匕首威胁，然后继续肆无忌惮地掏出钱包中为数不多的一小叠钱币，旁若无人地清点起来。
“真是瞌睡了有人送枕头，行头和财物不是有了嘛。”
云龙心中暗爽，快步上前按在了对方瘦弱的肩膀上：
“朋友，借东西一用。”
几分钟后，小巷中多了三个躺在地上，痛苦呻吟的倒霉蛋，其中一个还被扒走了衣服、裤子和皮靴，就剩一条可怜的裤衩子维持最后的尊严。
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