概括而言，莫高窟兴于十六国时期，历经北魏、隋、唐、宋、西夏而讫元代。
发现和保护，莫高窟在明代一度荒废，鲜为人知。
至清代(1644-1911)流放到中国西部地区的官员提供了关于该地区（今新疆维吾尔自治区和甘肃省）语言、民族和地形的连续记录。
在中国的各个朝代，这种地方文献的编撰传统一直传承不辍，自《汉书》以来的各朝官方史书中，都设“西域传”。伊犁将军松筠(1802-1809年在职)命谪戍官员编撰新疆的地方文献。
为了完成撰述，徐松于1815-1816年进行了实地考察以搜集资料，其间，他考察了敦煌的佛教洞窟遗址，记录了莫高窟建窟碑。此外，他还注意到一些其他的古代遗址。
徐松刊布了一些着作，其中包括《汉书西域传补注》和《西域水道记》。
徐松还撰有新疆诗集一部（《新疆赋》），这是中国贬谪文人的另一种文化传统。
纪昀（1724-1805，1768年贬逐）在乌鲁木齐的诗歌和日记，以及洪亮吉（1746-1809，1799贬逐）的诗歌，都提供了非常有价值的第一手资料。许乃谷（1831-1834年任敦煌知县）继承了这个传统，着有《千佛洞赋》。
蒋孝琬（蒋师爷，？-1922），湖南人，1883年去新疆，在县、州行任师爷。1906-1908年，斯坦因第二次中亚探险（参见英国收集品）过程中，蒋孝琬一直担任翻译、助手。
蒋孝琬多年的师爷经验正是斯坦因所需要的，因此当他于1906年5月见到斯坦因时，两人很快就开始了探险活动。蒋孝琬以助手身份与斯坦因同赴敦煌，同时教斯坦因中文。
他协助斯坦因处理庶务，疏通关系，帮助斯坦因说服敦煌的道士王圆箓允许斯坦因和他接触藏经洞藏品。
20世纪初-40年代，20世纪初至40年代初敦煌艺术研究所成立之前，是敦煌石窟历史考古研究的发端，主要是对石窟的考察、调查、记录和资料的公布。
敦煌在20世纪引起关注，与藏经洞的发现有密切关系。王圆箓是一个云游道士，于1890年左右来到敦煌莫高窟，并在此定居。他俨然成为石窟的民间守护者，并四处筹款以修缮庙宇。
光绪二十六年（1900），在清扫第16窟的积沙时，他的一个工人突然发现一个暗门，门内是一间小秘室，隐藏着堆得满满的4至11世纪的写卷和绘画。该窟即是第17窟，并以藏经洞闻名（最初它是9世纪左右为洪辩和尚建造的影堂）。
王圆箓（1849-1931），王圆箓发现藏经洞后，英国的M.A.斯坦因(Marc Aurel Stein，1862-1943)、法国人伯希和、日本人橘瑞超和吉川小一郎相继掠走洞中大量经书等文物。
俄国人S.F.奥尔登堡(Сергей федорович Ольден6ург，1863-1934)、美国人L.华尔纳还盗走莫高窟的一些壁画。这些盗劫和破坏使敦煌文物受到很大损失。
同时，他们中也有人开始以考古学的方法对洞窟做了编号、测绘、照相、文字记录，并公布了敦煌石窟的部分照片和资料。
1907年和1914年，斯坦因先后两次到莫高窟考察。1907年第一次考察时，除了从王道士手中骗购了藏经洞发现的文献和绢画外，他还对洞窟的建筑、雕塑、壁画进行了考察，编了20个洞窟窟号，做了一些测绘、摄影和文字记录。他于1921年出版了《西域考古图记》《千佛洞》。
1908年，伯希和到莫高窟调查，又骗购了藏经洞出土文物的精华，同时对大部分石窟做了描述、记录，拍摄了照片，还第一次给莫高窟有壁画的洞窟做了编号，对石窟的年代和壁画内容做了考订，对残存题记进行了记录。
1909年伯希和再次访问北京时，向中国学者展示了他从藏书洞获得的一些文献，引起了学界的轰动。
第一批敦煌学者，包括董康、罗振玉、王国维、王仁俊、蒋黼、叶公绰、刘复等，都来到了八宝胡同伯希和的寓所。
在伯希和的帮助下，学者们打探藏经洞的消息，抄录敦煌写卷，拍照并复制他们看到的敦煌写卷。
此后，一些学者以个人之力印行了部分内容，如罗振玉将伯希和获得的部分写卷编辑成一卷，于1909年出版《敦煌石室遗书》。
罗振玉（1866-1940）与此同时，着名学者罗振玉听说，藏书洞里还剩下八千多份写卷。他意识到，如果不尽快将手稿带到北京，它们可能会全部遗失。
在罗振玉和其他学者的共同努力下，学部最终发布了搜集剩余写卷的政府指令。手稿到达学部后，一些写卷被李盛铎盗取。
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