北魏朝廷仓皇调集官军镇压，怎奈官军久疏战阵、腐败透顶。将官克扣军饷、虚报战功成风，士兵士气低落，毫无斗志；义军熟悉当地地形，战术灵活多变，常设伏、突袭官军，官军屡战屡败，颜面扫地。无奈之下，北魏竟不惜“厚赂”柔然可汗阿那瓌，联合柔然势力镇压起义，虽暂时扭转战局，却致使柔然势力借机坐大，边境危机再度升级。
随着起义持续，义军内部矛盾逐渐凸显。成分复杂引发目标分歧，破六韩拔陵难以统御全军；部分义军将领为追逐个人私利，叛降北魏；北魏趁机分化招安，祭出“封官许愿”大招，致使侯景等将领率部归降，义军实力大幅削弱，战线也随之分裂。六镇义军余部在北魏官军驱赶下，流入河北、关陇地区，与当地饥民、流民融合汇聚，掀起规模更大的起义浪潮。河北葛荣势力最为强劲，兼并诸多义军队伍，号称百万之众，连克郡县；关陇地区莫折大提父子揭竿而起，联合氐、羌等族，牢牢控制关中要地，成功切断北魏东西联系，北魏政权岌岌可危，国土支离破碎，各方势力陷入混战，社会秩序荡然无存。
六镇起义持续十余年，北魏倾尽全力镇压，元气大伤。地方豪强趁势拥兵自重，尔朱荣等军阀强势崛起，借平叛契机掌控军政大权；朝廷内部争权夺利趋于白热化，孝庄帝诛杀尔朱荣后，局面并未好转，反而陷入更惨烈权力厮杀，中央权威扫地，政令不出洛阳，国土被各方势力肆意割据，北魏实质已然解体，仅存空名。
在此乱局之中，北魏最终走向分裂。高欢凭借自身卓越军事才能、政治手腕以及掌控的六镇余部势力，拥立北魏宗室元善见为帝，迁都邺城，史称东魏；宇文泰则在关陇地区手握重兵，拥立元宝炬为帝，定都长安，史称西魏。东魏、西魏虽名义上延续北魏正统，实则为高欢、宇文泰两大权臣操控的傀儡政权。自此，北魏正式分裂为东魏和西魏，北朝历史翻开全新一页，后续东、西魏分别被北齐、北周取代，各方势力继续角逐争斗，直至隋朝一统南北，终结乱世。北魏分裂深刻反映王朝兴衰规律，警示后世政治清明、民生保障、民族和谐与军事稳健对政权存续的关键意义。
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