在这一场惨烈的战争当中，没有真正的赢家。
美军遭受到了二战以来最大的重创，元气大伤，数以十万计的士兵伤亡，大量先进的武器装备被摧毁，一大批优秀的军官和军工专家被刺杀。美国的总体军事实力经此一役后大幅下降，综合国力也受到了严重的打击，自此一蹶不振。
兴日会和兴日会暴徒军队彻底覆灭了。其中，三万多名兴日会“死士”和兴日会成员或在战场上战死，或剖腹自尽，或药物中毒。还有超过一万名兴日会“死士”和兴日会成员被美军俘虏。
另外，作为另一股重要参战力量的日本自卫队，也同样是伤亡惨重，伤亡情况并不比美军好多少。有超过八万名官兵在这场战争中战亡。
而最凄惨的，是受到战火摧残的冲绳岛、东京、横须贺等城市，有大量的当地居民无辜丧生，城市被破坏得满目苍夷，原本繁华喧嚣的街区变成了一片片废墟，令人唏嘘不已。
至于战争的罪魁祸首，希尔，则被盖伦“杀死”了。希尔所创立的“宇宙教”的信徒们和“万物归道”计划的同伙，因盖伦供出了详尽的人员名单，而被各国政府通缉逮捕。希尔的极端势力就此土崩瓦解。
（萨钦.拉詹——拉吉的宿敌，也在这一场战争中，被美军特种部队击毙了。）
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战争结束后，动荡纷乱的状态仍持续了很长一段时间。不安与恐惧笼罩着世界的每一个角落，各种思想依旧激烈碰撞着，伤心哀痛的情绪弥漫不散。一直到了数个月之后，人们才开始渐渐适应这场战争所带来的冲击，生活才开始慢慢恢复平静。
故事的主角——伊藤、拉吉、盖伦，也迎来了各自的新生活。
伊藤和拉吉，本来是被美国政府软禁着的。因为美国政府想要逼迫他们配合，进一步研究虫洞传输技术和特殊基因移植技术，并有意将这两项技术用于军事用途，来保持美国军事实力在世界上的绝对优势，以维护其霸权地位。但由于世界各国的民众都在这场战争中亲眼目睹了虫洞武器和“新型人类”士兵的恐怖威力，对这两项“兵器”充满了恐惧，尤其是美国和日本的国内民众更是亲身经历了这场浩劫，遭受到了这两项“兵器”所带来的不可磨灭的创伤，对这两项“兵器”有着极深的心理阴影，因此，不管是美国国内的民众，还是日本民众，还是其他国家的民众，都一致反对将这两项技术用于军事用途，纷纷以游行示威、联名抗议、集体游说、舆论谴责等方式，表达自己的不满，极力阻扰美国政府的恶劣企图。就这样，在国内和国外的重重施压下，美国政府不得不顺应民意，对外声明将会放弃所有与这两项技术相关的军事研发计划，并与各国一起致力于推动这两项技术的商业化应用，以促进交通、能源、通讯、太空探索、医疗等诸多领域的发展。同时，也不再以各种名义设法软禁伊藤和拉吉，让伊藤和拉吉恢复了自由，以免被人们诟病。
伊藤在获得自由后，为了更好地照顾仍然昏迷不醒的李清，决定带着李清回到她的故乡铧厦国生活，与李清的爷爷、奶奶一起陪伴照料她，并继续设法治疗她。不久后，曾试图帮助他逃离日本的万德莱福公司创始人托尼.康纳，联系上了他，向他表示其有意在营商环境更加开明、友好的铧厦国创立一家新公司，并邀请他加入，一起推动虫洞传输技术的商业化应用。
托尼.康纳是一个受人景仰的企业家，一生都在为提高人类科技水平而奋斗，且一直对虫洞传输技术的发展前景非常看好，对他的才华也非常欣赏，所以他毫不犹豫地欣然答应托尼.康纳的邀请，“加盟”了托尼.康纳的新公司，担任该公司的首席技术官。
等到工作稳定下来之后，伊藤又专门抽空去了一趟日本，把仓田雄介的女儿——雪子，带到铧厦国跟他一起生活。（雪子之前一直被仓田雄介寄养在一个朋友的家中，仓田被杀后，那个朋友尽管出于道义还继续收留着雪子，可始终无法对雪子做到悉心照料。）此后，伊藤把雪子当作自己的亲妹妹来抚养，不仅专门请了保姆来照顾雪子的起居，还到处寻医问药，努力寻找治疗雪子瘫痪的办法。
在托尼.康纳的新公司里，伊藤工作得非常顺利，如鱼得水。经过一段时间的刻苦研究，他很快就成功将虫洞传输技术与该公司的量子通讯技术相结合，研发出了一种新的通讯工具，并通过这种通讯工具找到了万德莱福公司火星移民探索项目中发生故障的宇航船，与宇航船里的火星移民先锋者们取得了联系，其中，就包括了梅根·基德曼的妹妹，艾拉·基德曼。尔后，伊藤与铧厦航天工程局一起合作，使用虫洞传输技术为能源系统故障的宇航船提供远程能源补给，使该宇航船获得足够的能源返航地球。这一事件，也成了虫洞传输技术商业应用的典范，为人类合理使用虫洞传输技术开启了一个新时代。
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