公元前80年4月，托勒密十二世·奥莱特抵达亚历山大港并被宣布为国王。
他的统治时间被正式定为从父亲去世的公元前81年开始，从而略过了贝伦尼丝三世（Berenice III）和托勒密十一世（Ptolemy XI）的统治。
继位后不久，托勒密十二世娶了他的亲戚克利奥帕特拉五世（Cleopatra V）为妻。
关于她的父母身份尚不确定——现代学术界普遍认为她是托勒密九世（Ptolemy IX）的妹妹，但克里斯托弗·贝内特（Christopher Bennett）认为她可能是托勒密十世（Ptolemy X）的女儿。
这对夫妇成为共治君主，并且一同被纳入托勒密王朝的宗教崇拜，称为“父爱与兄妹爱的神”（Theoi Philopatores kai Philadelphoi）。
这个称号可能是为了加强托勒密十二世对王位的主张，特别是在有声音声称他是托勒密九世的私生子，因此不应继承王位的背景下。
公元前76年，孟菲斯（Memphis）帕塔神庙的大祭司去世，托勒密十二世前往孟菲斯，任命他14岁的儿子帕谢里恩普塔三世（Pasherienptah III）为新大祭司。
随后，帕谢里恩普塔三世为托勒密十二世加冕为法老，并前往亚历山大港，被任命为托勒密十二世的“先知”。
这些事件在帕谢里恩普塔的葬碑——中有详细记载，显示了托勒密王朝与孟菲斯祭司之间在这一时期建立的极其紧密且互相支持的关系。
公元前69年8月，克利奥帕特拉五世不再被提及为共治君主。
当时，她的形象被刻在霍鲁斯神庙（Temple of Horus）主塔门的雕刻上，这些雕刻也在此时被遮盖起来。
为何会发生这一突变尚不清楚，但推测她可能在此时被休弃。
此后，托勒密十二世采取了新的王室称号“新狄俄尼索斯”（Neos Dionysos，新狄俄尼索斯），克里斯·贝内特提出这一称号与他与克利奥帕特拉五世的分离有关。
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公元前88年，托勒密十世去世时，他的遗嘱将埃及遗赠给罗马，如果他没有存活的继承人。
尽管罗马人没有立即采取行动，但他们采取行动的可能性迫使随后的托勒密国王们采取小心谨慎且尊重罗马的政策。
托勒密十二世·奥莱特（Ptolemy XII Auletes）继续执行这一亲罗马政策，以保护自己并确保其王朝的命运。
尽管如此，罗马给予埃及的压力逐渐增加。
公元前65年，罗马的监察官马库斯·李锡尼乌斯·克拉苏斯（Marcus Licinius Crassus）提议将埃及并入罗马。
但这一提议在昆图斯·卢塔提乌斯·卡图卢斯（Quintus Lutatius Catulus）和西塞罗（Cicero）的反对下未能实现。
然而，面对这一危机，托勒密十二世开始大量投入资源，贿赂罗马政治家，以支持自己的利益。
公元前63年，当庞培（Pompey）在第三次米特里达梯战争（Third Mithridatic War）获胜后，重新组织叙利亚（Syria）和安那托利亚（Anatolia）时，托勒密试图通过送给庞培一顶金冠来建立与庞培的关系。
托勒密还为庞培提供了8000骑兵的薪水和维护费用，以支持庞培与犹太（Judaea）的战争。
他还请求庞培前往亚历山大港帮助镇压在埃及爆发的叛乱，但庞培拒绝了。
为了支付这些贿赂，托勒密十二世付出了巨大的代价。
最初，他通过加税来筹集资金。
公元前61/60年间，赫拉克利奥波利斯（Herakleopolis）王室土地的农民罢工，从一份纸草文献中可以看到，这可能是对这些税收的不满的表现。
越来越多的情况下，托勒密十二世也通过向罗马银行家如盖乌斯·拉比里乌斯·波斯图穆斯（Gaius Rabirius Postumus）借款来筹集资金。
这使得罗马对他政权的影响力更大，也意味着埃及的命运在罗马政治中变得越来越重要。
最终，公元前60年，托勒密十二世前往罗马，当时由庞培、克拉苏斯和尤利乌斯·恺撒（Gaius Julius Caesar）组成的三巨头同盟刚刚掌握了权力，以便谈判正式承认他的国王身份。
托勒密向庞培和恺撒支付了6000塔兰特——一个巨大的数目，相当于埃及一年的全部收入。
作为回报，双方签订了正式的联盟或契约。
罗马参议院承认托勒密为国王，恺撒于公元前59年通过一项法律将托勒密列为罗马人民的朋友与盟友（amici et socii populi Romani）。
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