公元前203年，汉尼拔被迦太基的战争派召回。
离开时，他在克罗托纳（Crotona）的朱诺·拉西尼亚神庙（Temple of Juno Lacinia）上用布匿语和希腊语在青铜板上刻下了他远征的记录，然后航行回非洲。
汉尼拔的到来立即恢复了战争派系的主导地位，他们将他任命为非洲募兵和来自意大利的雇佣军的指挥官。
公元前202年，汉尼拔与西庇阿（Scipio）举行了一次没有结果的和平会议。
尽管双方互相欣赏，但由于罗马人对“布匿信仰”（Punic Faith）的指控，谈判陷入僵局。
这一指控指的是迦太基在第一次布匿战争结束时对萨贡图姆（Saguntum）的攻击及对一支搁浅罗马舰队的袭击，导致了协议的破裂。
斯基比奥和迦太基制定了一项和平计划，得到了罗马的批准。
条约的条款相对温和，但战争对罗马人来说已经持续了很久。
迦太基可以保留其非洲领土，但将失去其海外帝国。
马西尼萨（Masinissa）将成为独立国。
此外，迦太基还需减少其舰队，并支付战争赔偿。
然而，迦太基犯下了一个严重的错误。
长期受苦的市民在突尼斯湾（Gulf of Tunis）捕获了一支搁浅的罗马舰队，并剥夺了其补给，这一行为加剧了岌岌可危的谈判。
在汉尼拔的支持下，迦太基拒绝了条约和罗马的抗议。
随后，决定性的扎马战役（Battle of Zama）很快随之而来。
此次失败使汉尼拔失去了无敌的光环。
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与第二次布匿战争的大多数战役不同，在扎马战役（Battle of Zama）中，罗马人骑兵占据了优势，而迦太基则在步兵方面占优。
这种罗马骑兵的优势源于马西尼萨（Masinissa）的背叛，他曾在伊比利亚（Iberia）协助迦太基，但在公元前206年因承诺土地而倒戈，并因与迦太基盟友西法克斯（Syphax）的个人冲突而转向罗马。
尽管年老的汉尼拔在意大利多年征战后身心疲惫，健康状况恶化，但迦太基仍然在人数上占优，并且有80头战象的助阵。
罗马骑兵在早期战斗中取得胜利，迅速击溃了迦太基骑兵。
罗马人还成功限制了迦太基战象的有效性，采用了如吹号角来惊吓战象的战术，迫使它们冲向迦太基阵营。
有些历史学家认为，是战象吓跑了迦太基骑兵，而非罗马人，另一些人则认为这实际上是汉尼拔的战术撤退。
不论真相如何，战斗一直非常激烈。
曾几度看似汉尼拔快要获胜，但西庇阿（Scipio）成功地重新鼓舞了士气。
斯基比奥的骑兵在击溃迦太基骑兵后，攻击了汉尼拔的后方。
这一夹击导致了迦太基阵型的崩溃。
在首席将领被击败后，迦太基别无选择，只能投降。
迦太基损失了大约20,000名士兵，另有15,000人受伤。
而罗马方面则仅损失了2,500人。
第二次布匿战争的最后一场重大战役使汉尼拔在同胞迦太基人中失去了尊重。
失败的后果使迦太基再也无法争夺地中海的霸主地位。
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在公元前201年第二次布匿战争结束时，汉尼拔只有46岁，并很快展现出他不仅是一位军事将领，也是一位政治家。
在一项使迦太基承担一万塔兰特（talents）赔款的和平协议达成后，他被选为迦太基国家的首席执政官（suffete）。
在审计确认迦太基有资源支付赔款而无需增加税收后，汉尼拔开始进行国家财政的重组，旨在消除腐败并追回挪用的资金。
这些财政问题的主要受益者是“百人委员会”（Hundred and Four）的寡头。
为了削弱这些寡头的权力，汉尼拔通过了一项法律，规定“百人委员会”的成员应由直接选举产生，而不是由现任成员自行提名。
他还利用公民的支持，改变了“百人委员会”的任期，从终身制改为一年，并规定任何人不得“连续两年担任职务”。
在公元前201年，经过扎马（Zama）之战的胜利七年后，罗马人因迦太基重新繁荣而感到警惕，并怀疑汉尼拔与塞琉古帝国（Seleucid Empire）的安条克三世（Antiochus III）有联系，派遣代表团向迦太基指控汉尼拔在帮助罗马的敌人。
汉尼拔意识到他有许多敌人，尤其是因其清除腐败的财政改革而结下的仇恨，因而在罗马人要求迦太基将他交出之前选择自愿流亡。
他首先前往迦太基的母城泰尔（Tyre），然后到达安条克，最终抵达以弗所（Ephesus），在那里受到了安条克的热情接待。
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