宫本多尾丸，这个看似平凡的小警察，却成了这场战争的关键人物。他的勇气和智慧，就像是一束穿透黑暗的光芒，照亮了前方的道路。而众人，也在这场突如其来的风暴中，开始筹备着即将到来的决战，誓要守护这片土地上的和平与安宁。 在一个风雨交加的夜晚，一个本应深埋于秘密之中的宏伟蓝图，却如同被狂风卷起的落叶，过早地暴露在了世人面前——那个计划，在襁褓之中就被匆匆推向了历史的舞台。
故事始于一次不经意的泄露，计划的某些绝密细节，如同夜空中最亮的星，不经意间划过中国的天际，预示着即将到来的风暴。不久，核战的阴云笼罩全球，床主市，这座曾经平静的海滨之城，一夜之间遭受了电磁脉冲（EMP）的猛烈袭击，而这一切的根源，竟是某国为彻底阻断日本退路所布的局。
床主市，一个以海上机场闻名遐迩的地方，那片蔚蓝之上，一座人工岛屿傲然挺立，世人皆知其由填海而成，却鲜有人知，在这片钢铁与混凝土交织的奇迹之下，还隐藏着一个更为惊人的秘密——一艘潜艇，一艘承载着日本“方舟计划”最后希望的潜艇。
这艘核潜艇，是日本政府的逃生方舟，也是他们赌上国运的一搏。假如无法迅速瓦解全球各国的政府力量，一旦对方醒悟并反击，这艘潜艇便是日本高层最后的避风港。它经过精心改造，核动力驱动，能潜入千米深海，静默潜行半年之久，远非普通潜艇可比。更令人胆寒的是，潜艇内藏有致命武器，每一枚都携带着丧尸病毒的种子，仿佛是从地狱召唤出的死亡使者。
为了确保这条退路的安全，日本政府不惜血本，为潜艇披上了一层厚重的铅制外衣，这不仅让它能在EMP的洗礼下毫发无损，更让所有的探测设备对其视而不见，仿佛深海中的幽灵。
然而，这艘潜艇的真正目的，却是将病毒武器散布至全球，引发一场前所未有的浩劫，待人类世界几近毁灭，再以一种神秘的血清重启大地，重塑一个由他们主导的新秩序。这是一条充满罪恶与希望的双重路径，却也在慌乱中仓促启程。
床主市的海上自卫队基地，曾是这个计划坚实的防线，却因一场突如其来的变故而崩溃。宫本多尾丸，一个心怀不满的叛逃者，将偷来的病毒悄然投下，瞬间，昔日的守护者变成了行尸走肉，幸存者纷纷逃离，只留下一片死寂与绝望。EMP之后，失去控制的巡洋舰如同无家可归的巨人，随波逐流，渐行渐远，核潜艇，就这样孤零零地躺在了深海的怀抱中，无人看守。
而紫藤浩一的父亲，正是这艘潜艇建造的幕后英雄，他的双手不仅塑造了钢铁的巨兽，更在不为人知的角落，悄然编织着人类命运的另一个版本。在这片被遗忘的深海之下，一段关于生存与毁灭、希望与绝望的传奇，正静静地等待着它的终结或重生。 在病毒肆虐前的宁静岁月里，紫藤浩一意外地从天皇那里获得了一剂珍贵的血清，仿佛是命运赋予他在未来尸潮肆虐中的免死金牌，并预示着他将在废墟之上，亲手参与新世界的构建蓝图。然而，这位本应成为希望的男子，却因一念之差，陷入了疯狂的深渊，亲手终结了自己父亲的生命，随后如魔鬼般掌控了那令人畏惧的病毒。在一次偶然的机会下，他翻阅到了一份绝密文件，这份文件仿佛为他打开了一扇通往权力巅峰的大门。为了平息这场由紫藤浩一掀起的风暴，首相不得不妥协，授予了他大佐的军衔，寄望他能代替其父，继续守护这片土地的职责。然而，命运的车轮并未因此停下，这份计划如同一块烫手山芋，几经辗转，最终落入了小室孝与八神太二等人的手中。
在他们手中的，不仅是一份计划，更是开启末日救赎之门的钥匙——那是一艘核潜艇的启动钥匙，但令人费解的是，要启动这艘象征着希望与逃亡的潜艇，还需天皇的亲笔手印。小室孝一行人，怀揣着对未来的渴望，冒险来到这里，只为等待天皇的驾临，共同搭乘这艘潜艇，穿越末日的阴霾，迎接新世界的曙光。而天皇的降临，已定于明日。
当八神太二等人翻阅完这份详尽的计划时，他们的脸上写满了震惊与不解。这是疯狂还是智慧？是日本政府的孤注一掷，还是对世界末日的荒诞想象？他们不禁感叹，这样的情节似乎只存在于那些描绘中二少年妄图改变世界的日漫之中。这些角色，或是被命运的齿轮碾压，或是主动挑战世界的秩序，他们渴望通过毁灭与创造，来掌握自己的命运。然而，在故事的最终，总会有那么一位正义的主角挺身而出，阻止他们的疯狂，书写属于自己的传奇。
八神太二自嘲地笑了笑，心想自己或许就是那种默默无闻，却在关键时刻逆转乾坤的角色，尽管他的名字并未如“西园寺世界”那般响亮。他将手中的档案重重地摔在桌上，目光扫过在场的每一个人，尤其是那些被手铐束缚在椅子上的井上泉等人，他们只能无助地坐在那里。
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