自「第十三次黑色远征」后，摆在「混沌战帅」阿巴顿面前的是“一地鸡毛”，混沌方可以自由入侵物理宇宙的战力大伤，物理化的小裂隙导致整个的混沌势力遭受银河系各方的打击。
万古长战已经名副其实地持续了万年之久，他发动这场战争绝不是为了看着自己的功绩在黑暗众神强行插手相助下遭到侵蚀，或是任由各个势力将银河彻底撕碎，只剩下孤独的胜利者们在死寂而虚无的宇宙中称王。
阿巴顿认为仅凭手下大军不足以达成宏远，因此一直在寻找能奠定大局的装置或武器，从而在战略和军事上取得绝对优势。在那之后，他便会一锤定音地征服整个银河。
知晓凡人所不能知之事是神明和恶魔的天赋之一。与阿巴顿共谋大局的是一个意想不到的盟友：
「“半仙”，瓦什托尔」
这个邪恶的实体在此之前已是灵魂熔炉的主宰，现在他打算获得神格，成为真正的混沌之神。他认为协助阿巴顿获得最终胜利将使自己获得实现这一目标的力量。
「造物者」瓦什托尔用自己的神秘智识作为交换，与手腕和实力皆远超其他异端军阀的阿巴顿结成了同盟。
但这只恶魔提供的不仅仅只有知识，他还派出了自己奴役的恶魔军团来协助阿巴顿，以及最关键的，它向战帅分享了建造超巨型战舰的技术。这些战舰，正是所谓的“噩兆方舟”。
瓦什托尔向阿巴顿透露了一个巨大的秘密，这位“半仙”似乎已经发现了制造某件强大武器的途径，这件武器拥有常人无法想象的力量，足以令使用者改变整个银河的命运，甚至可以.......
「弑神」
假使他们自行其是，那么任何一方都将无法轻易取得这件战利品，因此他们达成了一项交易，在达成各自的目标之前，双方将暂时保持如今的盟友关系。
于是，这一次的「大洪水行动」，混沌战帅阿巴顿得到了大量的噩兆方舟作为舰队，填补了上一次在恐惧之眼的损失。
一艘艘噩兆方舟将恐惧和死亡散遍了整个银河，尽管帝国军队尽了全力，但还是未能完全阻止它们切断整个纳克蒙德走廊的图谋。
而最先和这些噩兆方舟交上火的，是帝皇的长子..........
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