李世民复指示王世充道：“你若不降，我即要将他斩首。”
王世充呜咽道：“且慢！我当出降，大王肯许我免死吗？”
李世民道：“准你免死！”
王世充闻言乃下城，召诸将集议，有说是不如出走，有说是不如死战，弄得王世充又复怀疑。
凑巧长孙安世由唐军放他入城，力劝出降，王世充乃改着素服，率领太子群臣，共二千余人，开城迎降。
王世充见了李世民，俯伏流汗，顿首谢罪。一蟹不如一蟹，但不王杀世充，得毋由是。
李世民却以礼相待，命他引入城中，当令萧瑀等封好府库，籍收金帛，颁赐将士，又复查核降将罪恶，得段达、王隆、崔洪丹、薛德音、杨汪、孟孝义、单雄信、杨公卿、郭什柱、郭士衡、董睿、张童儿、王德仁、朱粲、郭善才等十余人，罪迹较着，俱缚至洛水上，一一处斩。
人民独仇恨朱粲，争拾瓦砾，投击朱粲尸体，须臾如冢。何不将他尸寸斩，喂饲猪狗？
李世民观隋宫殿，不禁长叹道：“逞侈心，穷人欲，怎得不亡？”乃命撤端门楼，焚乾阳殿，毁则天门阙，废诸道场，再传檄大河南北，谕令速降。徐州行台王世辩，系王世充之弟，听闻王世充降唐，并接到檄文，遂举徐宋十三州，至河南道安抚大使任瓌处请降。
窦建德之妻曹氏，与左仆射齐善行等，遁还洺州，余众议立窦建德养子为主，再图规复。
齐善行谓不如降唐，乃出金帛尽赏兵士，悉数遣归，自奉建德妻曹氏及右仆射裴矩、行台曹旦等，赍着传国玉玺（带着传国玉玺），并破宇文化及时所得珍宝，乞降唐廷。
他如魏征等人，早已入关，仍做唐臣。淮安王李神通，乘势慰抚山东。徇下三十余州，于是郑夏两国的土地，尽为唐有。
李世民奏凯还朝，共率铁骑万匹，甲士三万人，分作前后两队，沿途鼓吹，返入长安，诏令献俘太庙，然后将窦建德和王世充牵至殿阶，候唐高祖李渊发落。
唐高祖李渊御殿，先下令召入王世充，世充跪下，三呼万岁，复磕了好几个响头。
唐高祖李渊叱道：“汝残虐不仁，朕已早闻，最可恨的是杀我降臣李公逸、张善相，非将汝正法，无以慰冤魂。”
王世充又叩首道：“臣罪原应伏诛，但秦王已许臣不死了。”
是时秦王李世民在侧，唐高祖李渊顾语道：“有是语否？”
李世民应声道：“确有是说。”
唐高祖又道：“朕非必欲诛世充，但杞州总管李公逸，越境来朝，被世充逻捕杀死，伊州总管张善相，自李密伏诛，即举州来归，为朕竭力守城，世充屡次往攻，朕无暇发兵往援，致遭陷害。善相不负朕，朕负善相，至今回思二臣，很是悼惜。今既获住世充，不诛何待？”
借高祖李渊口中，补叙李公逸、张善相事，但不责其篡弑之罪，究属非当。
数语说毕，把那王世充的灵魂，已吓得不知去向，只是抖个不住。
李世民也觉不忍，竟替他代请道：“仁主网开三面，还乞明察！”
李世民不免多事。
唐高祖李渊乃令人将王世充暂时囚禁，再召窦建德入殿，窦建德虽然下跪，却不似王世充的哀求，唐高祖责他背盟败约，他竟俯首无言，于是也将窦建德囚住。
越二日，竟下了一道诏命，窦建德斩首东市，王世充赦为庶人，挈族徙蜀。
臣下便依诏奉行，总计窦建德起兵至灭，凡六年，王世充篡位至灭，凡三年。后人讥唐高祖不诛王世充，独斩窦建德，未免失刑。有诗咏道：
罪同罚异本非宜，乱贼当诛更有辞。
怪底唐廷成倒置，误刑误赦启人疑。
王世充将行，偏有一将出报父仇，把他杀死，自首请罪，究竟此人为谁，且待下章节叙明。
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