同年，刘裕遣使到后秦，要求后秦归还之前占领的南乡、顺阳、新野、舞阴等淮北诸郡，后秦皇帝姚兴或鉴于西面战事吃紧，不想再在东面与刘裕为敌，于是答应将淮北十二郡全部归还。
义熙二年（406年）三月，刘裕加督交、广二州。十月，刘裕上书为西征桓氏众将士请功。于是经朝臣疏奏，作为“唱义谋主”，立下“匡复之功”的刘裕获封为豫章郡公，食邑一万户，获赏绢三万匹。
镇军府的僚佐规格只比原太傅谢安府低一等。十一月，安帝重申前诏，加刘裕为侍中、车骑将军、开府仪同三司，经他一再坚辞，这才作罢。
义熙三年（407年）闰二月，刘裕诛杀了“谋作乱”的府将骆冰，连带杀死与其有牵连的永嘉太守骆球（骆冰之父）、桓胤（桓玄之侄，骆冰企图奉其为首领）、东阳太守殷仲文及其两个弟弟。桓玄余党于是被杀戮殆尽。
义熙四年（408年）正月，因与自己关系亲密的王谧已在义熙三年十二月逝世，朝中无人，刘裕遂听从幕僚刘穆之劝言，入朝接受辅政的诏命。最终获授侍中、车骑将军、开府仪同三司、扬州刺史、录尚书事，兼徐兖二州刺史，入掌朝政大权。刘裕辞去兖州刺史之职。九月，又因刘敬宣讨伐割据西蜀的谯纵无功，请求逊位，晋安帝司马德宗不许，仅降其军号为中军将军。
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