司马昱戴平巾帻，单衣东向，拜受玺绶，呜咽流涕。何必做作？当即入宫改着帝服，升殿受朝，即改太和六年为咸安元年，史家称他为晋简文帝。
桓温出次中堂，分兵屯卫，有诏因桓温有足疾，特命乘舆入朝。
桓温欲陈述废立本意，及引见时，但见晋简文帝泣下数行，倒也无词可说，只好默然告退。
太宰武陵王司马曦，与晋简文帝是出同胞。晋简文帝即位，顾念本支，当然优礼相待。惟武陵王司马曦素好武事，又与殷浩之子殷涓，常相往来。
殷浩殁时，桓温遣人赍书前往吊唁，殷涓并不答谢，为桓温所恨，因并及太宰武陵王司马曦。新蔡王司马晃，乃是从前新蔡王司马腾之后裔，亦与桓温有隙。
还有广州刺史庾蕴，太宰长史庾倩，散骑常侍庾柔，皆为前车骑将军庾冰之子，就是废帝司马奕的皇后庾氏的弟兄。庾后既连带被废，降为东海王妃，桓温恐庾家族大宠多，暗中图划报复，于是想出一法，先扳倒武陵王司马曦，诬告他父子为恶，曾与袁真同谋叛逆，因此即免官归藩。
晋简文帝不得不从，出司马曦就第，罢司马曦之子司马综和他等官。桓温又迫令新蔡王司马晃，诬罪自首，连及武陵王司马曦父子，并殷涓、庾倩、庾柔等人，一同谋逆，且将太宰掾曹秀，舍人刘强，凭空加入，一股脑儿收付廷尉。
御史中丞谯王恬，即谯王承之孙。暗承桓温旨意，请依律诛杀武陵王怛。
晋简文帝复诏道：“悲惋惶怛，非所忍闻，应更详议。”
桓温复自上一表，固请诛曦，语近要挟，简文帝手书给桓温，内有晋祚未移，愿公奉行前诏；若大运已去，请避贤路云云。
桓温览到此诏，也不觉汗流色变，始奏废曦及三子家属，皆徙新安郡，免新蔡王司马晃为庶人，徙锢荥阳。殷涓、庾倩、庾柔、曹秀、刘强，一律族诛。
简文帝不便再驳，勉依桓温之议，可怜殷庾两大族，冤冤枉枉死了若干人。炎炎者灭，隆隆者绝。庾蕴在广州任内，闻难自尽，庾蕴长兄前为北中郎将庾希，季弟会稽王的参军庾邈，及庾希子攸之，并逃往海陵陂泽中。
独东阳太守庾友，也是庾蕴的兄长，因其子妇为桓温从女，特邀赦免。桓温自是气焰益盛，擅杀东海王司马奕三个儿子，及田氏孟氏二美人。旋复奏称东海公废黜，不可再临黎元，应依昌邑故事，筑第吴都。
晋简文帝商量诸多政治层面的事情，然后请褚太后下令，谓不忍废为庶人，可妥议徙封。
桓温复上奏说可封司马奕为海西县侯，于是朝廷有诏徙封司马奕为海西县公。废后庾氏，积忧病殁，尚追贬为海西公夫人。会吴兴太守谢安，入为侍中，遥见桓温面色，便即下拜。桓温惊呼道：“安石。何故如此？”安石就是谢安的表字。
谢安答道：“君且拜前，臣难道敢揖后吗？”
桓温明知谢安有意嘲讽，但是自己素来看重谢安名望，不便发作，且默记前时女尼对自己的微言，也有戒心，因此即上书鸣谦，求归姑孰。
朝廷诏进桓温为丞相，令居京师辅政。桓温仍然固辞，乃许他还镇。
秦王苻坚听闻桓温行废立之事，顾语群臣道：“桓温之前败灞上，后败枋头，不知思愆自贬，遍谢百姓，反且废君逞恶，六十老人，作此举动，怎能为四海所容？古谚有云‘怒其室，作色于父’便是桓温的注脚呢。”
桓温虽然还镇，揽权如故。且留郗超为中书侍郎，名他为入值宫廷，实是隐探朝事。
晋简文帝格外拱默，尚恐桓温再有异图，此时，天文师见荧惑星逆行进入太微星旁边，上报朝廷，晋简文帝越发感觉惊惶，原来皇帝司马奕被废以前，荧惑星曾经守太微端门，仅逾一月，即有废立大事。此番又经星文告变，哪得不危悚异常。晋简文帝当下召来郗超，问道：“命数修短，也不遑计，但观察天文，得勿复有前日事么？”
郗超答道：“大司马温，方思内固社稷，外恢经略，非常事只可一为，何至再作？臣愿百口相保，幸陛下勿忧！”
晋简文帝说道：“但得如此，尚有何言！”
郗超即告退。侍中谢安，曾经与左卫将军王坦之，来到郗超身边禀告事情，郗超门多车马，络绎不休，待至日旰，尚未得间。
王坦之欲离去，谢安秘密对他说道：“君独不能为身家性命，忍耐须臾么？”
王坦之于是忍气待着，直至薄暮，才得与郗超清谈，言语说毕就告别了。
郗超之父郗愔卸职家居，偶有不适，由郗超请假归省，晋简文帝与语道：“致意尊翁，家国事乃竟如此，自愧不德，负疚良深，非一二语所能尽意。”
说至此，因而咏昔人诗云：“志士痛朝危，忠臣哀主辱。”二语本庾阐诗。咏罢泣下，郗超无言可对，拜别而去。好容易过了残年，复遣王坦之征桓温入宫辅佐，桓温复固辞，惟与王坦之言及，请将海西公外徙。
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