11 月 5 日中午，警方通知周忠明前往验尸房认尸。尽管两具尸体已经高度腐烂，但周忠明还是通过各种物证以及牙齿，确定了死者就是自己的妻儿。这个残酷的事实如同一记重锤，狠狠地砸在他的心上。本就瘦了一大圈的周忠明两眼一黑，一头栽倒在验尸房。
根据法医李福基的尸检结果，母子俩的死因都是机械性窒息，死亡时间为一星期左右。其中，何宁芳头部遭到严重击打，导致颅骨破裂、面部肌肉脱落，并且两人的鞋子都沾有血迹，【有可能】就是何宁芳头部伤所致。但奇怪的是，全身赤裸的何宁芳竟然没有遭受性侵，所以初步判断这是一起劫财杀人案。
然而，还没等大家把焦点放在凶手身份上，一系列的争议就爆发了。
11 月 5 日傍晚，警方在深水埗警署召开了记者发布会。侦缉大队主任马广义向媒体透露称：“两具尸体已经腐烂，死者都是被扼颈窒息毙命，但没有明显外伤，两人衣服完好，女死者未被奸污，目前推测是劫财杀人，相信是石梨贝水塘一带出没的恶徒所为，年纪应该相当年轻，估计有二至四人，也有可能是偷渡客，现呼吁知情人士或当日的目击者提供消息。”
但这一说法存在诸多疑点：
第一，马广义说尸体为机械性窒息无其他外伤，可法医李福基的尸检报告明确指出何宁芳头部遭到重击导致颅脑碎裂，周忠明也看到两人的鞋子上都有干涸的血迹，只是因为尸体表面腐烂严重，无法判断是否一定属于何宁芳头部受伤所流的血。
第二，马广义声称尸体衣服完好，但这与尸体第一发现人孔初以及另外三名警员的描述不符。那么，马广义为什么要 “撒谎” 两次呢？
第三，周忠明以及第一天晚上陪他去搜寻的那五位警员都表示当天晚上他们就沿着大埔道往北搜过，并且明确表示尸体被发现地的密林他们进去过。除此之外，第二天早上陪同周忠明去寻找的那二十个人里面也有 7 人进入过那片密林（由于地处公路旁，所以当时主要搜寻方向是在那些位置，警方大规模介入后才改向金山郊野公园）。为什么前两天都没有发现尸体呢？难道母子俩的死亡时间并不是 28、29 号？
第四，根据当年的路况来衡量，从水塘中心到尸体被发现地超过 3 公里，从他们的住所到尸体被发现地更是超过了 4 公里，当年步行需要 1.5 个小时。何宁芳体弱多病，这也是她坚持锻炼的原因，走这么长的路再锻炼是绝不可能的，平常她也只在水塘东南位置活动，为什么尸体会出现在那么远的地方？别忘了，根据勘查警方认为第一现场就在尸体被发现地！
第五，也是最重要的一点，10 月 29 日，有人曾寄给周忠明一封勒索信，信中声称给 5000 元赎金就放人。可 29 号白天周忠明带着亲友去搜寻了，所以直到深夜回家后才发现，并连夜将此信送到了深水埗警署。而警方看到信件后示意这是有人在恶作剧或者趁机勒索。然而他们却忽略了一个关键问题，那就是 10 月 30 号白天他们才将此事登报征集线索，29 号除了周忠明的亲友以外并没有其他人知道。如果真有这封信，那么寄信人很可能就是凶手，甚至正是因为警方的 “大意” 才导致母子俩遇害。因为别忘了，28、29 号有两批人到尸体发现地点搜过都没看到任何人影，说明凶手是眼见周忠明无反应才不得不撕票的（前面说了现场没有搏斗痕迹、衣物没有野草拖拽痕迹可以判断就是第一现场）！
第六，事实上就在母子俩失踪消息登报后的第一天也就是 10 月 30 号，有人曾打电话到报社称 28 号自己在石梨贝水塘引水道处看到一对母子被人挟持上车，并朝着【沙田方向】驶去。可这个报案人不知出于什么原因，不愿意透露姓名，而警方接到报社的反馈后更是 “任性”，你不告诉我实名是吧？OK，没问题，我就当你恶作剧不予理睬。因此，警方又继续在水塘附近甚至去 “反方向” 的金山郊野公园瞎忙活了 5 天。
面对记者的这些质疑，警方选择了沉默，只是声称还在调查中。
民众对警方的不满情绪迅速蔓延，很多香港市民认为此案有 “隐情”，甚至怀疑警方内部有 “内鬼”。周忠明更是愤怒不已，强烈要求警方给自己一个说法。
或许是迫于死者家属和香港民众的压力，警方不得不加大调查力度。11 月 9 日，他们成立了以港岛区总探长邓耕为首的专案组，并派出二十多位便衣前往石梨贝、沙田打探消息。后来，他们还对新界 600 多个聚集地、居民区挨家挨户进行摸排。警方内部开出 2 万的巨额悬赏，后又将赏金额提升到 4 万，同时港警总局还另外发布了 2 万元悬赏，并表示两种悬赏可以同时生效，也就是说只要帮助破案即可得到 6 万元 “天价” 奖励。要知道，在 80、90 年代普遍命案悬赏也不会超过 5 万，这在当年已经是创纪录的赏金。
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