乱兵们商量之后，表示愿意听从约束，只是要时任镇守和巡按等官员代为上奏，请求朝廷赦免他们。
得知详情的嘉靖帝，责怪已经被乱兵杀死的时任巡抚张文锦抚驭失宜，以及贾鉴等相应的官员太过严刻才导致兵变，感到事情宜小不宜大，便命兵部左侍郎李昆资敕赦之。
原本这场兵变风波就该偃旗息鼓了，但过了几天之后，朝廷的赦书还未送到，城外却到了一支大军。
原来这是兵部尚书金献民和总兵官杭雄等人率师出镇甘肃，途经大同，驻师补充给养。
然而乱兵们根本不知道，以为是朝廷派遣过来的讨伐大军，已经解散的乱兵们重新聚集，人心惶惶。
他们一度还包围了代王府，乱子越闹越大。
嘉靖帝甚是不悦，最终决定派遣京军讨伐这些大同乱兵。
不过为了边境稳定，仍未大动干戈，只是捕杀了乱兵之中为首以及作恶最甚的那些人。
嘉靖三年的大同兵变，由于嘉靖帝用人得当，以及所用之人也不辱君命，终于得以平定，大同转危为安。
可是八年之后，随着蒙古骑兵的频发骚扰，大同再次发生兵变。
嘉靖十二年七月。
河套蒙古骑兵东渡黄河，将要入侵大同，嘉靖帝得知之后，立即命兵部左侍郎刘源清总制宣府、大同、山西、保定诸军务，防备蒙古。
为了防止蒙古骑兵的冲击，大同时任总兵李瑾建议在天城之左挖一条长四十里的壕沟，用以遏止蒙古骑兵，得到刘源清的批准，令其三天之内完成。
李瑾平日本就驭下少恩，不得军心，这时得了统帅之令，加之工期紧迫，更加任意捶楚。
士卒不堪忍受，一下子就聚集了近百人，不但合力将其杀死，还胁迫总兵朱振代理指挥并纵火烧毁了时任巡抚潘仿的官署。
时任巡抚潘仿奏报，是因镇将用法苛刻才导致的兵变，希望朝廷能够大事化小，小事化了。
然而那位总制刘清源却奏请讨伐。
最终，嘉靖帝降旨，命刘清源和潘仿相机剿抚。
于是，潘仿与相应官兵设计擒获首恶十余人，缚献刘清源军门。
原本这场兵变已经可以逐渐平息，可是刘清源却是脑子一热，发了一则榜文，榜文中强调，当年五堡之变，朝廷处置太过宽松了，才导致了再次兵变，这次必须从严处置。
那些参加过那次兵变的士兵看到这个榜文，人人感到惴恐，以为朝廷要追理前次之事。
大同城内人心不安。
然而即便如此，刘清源却全然不顾，并且还火上浇油，他提议严加审问那些被擒获之人，然后根据那些人的口供进入大同城抓人。
刘清源的做法立即激起了士卒更大的惶恐，最终导致群起为乱。
潘仿和相应官员竭力维持秩序，指挥相应将领擒斩鼓噪者二十余人，但却已经控制不住局面。
第二日，刘清源亲自率领朝廷大军开到城下，大肆杀掠，并整顿好队伍准备强行攻城。
然而城中乱兵早已做好准备，城门紧闭，如今见官军如此作为，更加坚定了他们誓死抵抗的决心。
他们看到官军列队，将要攻城，更是主动打开城门，从城中杀出。
大同边军都是久经战阵，特别是五堡军兵，更是骁勇善战，京军不是敌手。
不过京军毕竟人数众多，再加上京军中还有不少修炼强者助阵，从城中杀出的乱兵很快不敌，悉数退入城中严密防守。
官军攻据四关，昼夜围攻，城外横尸枕籍，却始终无法破城，之后，朝廷又派出大量官军增援，还是无法攻下。
大同城内的乱兵为了打破一直被官军围攻的局面，便派人潜入漠北，引诱蒙古小王子数万人大举入寇，致使官军损失惨重。
刘清源一边攻城，一边又要对付蒙古骑兵，明显力不从心，足足耗时三个多月，仍未攻下大同。
知道形势如此已然不可为，他便自劾免官。
嘉靖帝大怒，将其夺职之后，改户部右侍郎张瓒为兵部左侍郎兼右副都御史，总制军务。
张瓒接手之后，立即下令停止攻城，并派出一位名为楚书的主事观兵城下，传谕城中。
当得知城中的乱兵只是因为怕死想要保全自己而已，便立即命那位名为楚术的主事入城安抚，并称用兵并非朝廷的本意。
原来当张瓒未至军中的时候，大同城内已有郎中詹荣串联了都指挥纪振等人，准备伺机擒诛首恶，这些暗中相互联络之人还得到了大同新任巡抚樊继祖的同意，并获得了数千两白银用以募集壮士。
那些暗中相互联络之人不负所望，最终擒杀了首恶九人，于第二日打开城门，迎接新任巡抚樊继祖入城。
樊继祖入城后，安抚军民，又捕杀了首乱者二十六人。
一开始的时候，乱兵们议论纷纷，还担心这位新任巡抚是城外官军内应，可是夜里，在纷纷扰扰的乱兵之中，樊继祖竟是安然大睡，完全没有一点内应的样子，众人的心这才安定下来。
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