在1520年代，查理的统治遭遇了两次叛乱，兄弟会起义（Revolt of the Germanies）和公民叛乱（Revolt of the Comuneros）。
叛乱后，查理任命西班牙顾问掌权，并在卡斯蒂利亚度过了他生命中的大部分时间，包括他在修道院的最后几年。
事实上，他的儿子和继承人，后来的西班牙菲利普二世，就是在卡斯蒂利亚出生和长大的。
尽管如此，许多西班牙人认为他们的资源（主要由来自美洲的白银流出）被用来维持不符合该国利益的哈布斯堡帝国政策。
查理在1519年继承了奥地利的遗产，成为奥地利的查理一世，并在与法国国王的竞选中获得了神圣罗马帝国皇帝的选举。
自帝国选举以来，他甚至在德国（Germany）以外的地方都被称为查理五世皇帝。
查理使用的哈布斯堡王朝的座右铭是A.E.I.O.U.（拉丁文全称是“Austria Est Imperare Orbi Universo”，意为“奥地利的命运是统治全世界”，尽管其确切含义仍有争议）。
查理坚定扞卫天主教，尽管路德教的影响不断扩大，许多德国王子因宗教原因与他决裂，并与他作斗争。
查理在德国的存在通常以组织帝国议会来维护宗教和政治统一为标志。
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他经常在意大利北部，与教皇进行复杂的谈判，以应对新教崛起带来的问题。
不过，重要的是，德国天主教徒支持皇帝。
查理与许多重要的德国家族保持紧密关系，如纳骚家族（House of Nassau），许多成员在他的皇帝宫廷中任职。
许多德国王子、贵族和将军在他的领导下进行军事行动，对抗法国和奥斯曼帝国，或陪伴他旅行，他的军队大多数由德国军队组成，尤其是帝国的兰斯基赫特步兵（Landsknechte）。
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这里提到德国是因为查理五世的身份和权力与神圣罗马帝国紧密相关，而神圣罗马帝国主要包括了现代德国的领土。
在查理五世的时代，德国和奥地利之间的关系较为复杂。
奥地利作为哈布斯堡的核心领地，在帝国内部有重要的政治和军事地位。
虽然当时并不存在现代意义上的德国国家，但德国的许多领地和公国在文化、语言和宗教等方面有许多共同点。
今天的德国与历史上的神圣罗马帝国有一定的联系，但现代德国是一个统一的国家，成立于19世纪末。
奥地利如今是一个独立的国家，与德国在语言和文化上有相似之处，但政治上是两个独立的实体。
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在1506年，查理继承了父亲的勃艮第领土，主要是低地国家，还有弗朗什-孔泰（Franche-Comté）。
这些领土大部分位于神圣罗马帝国的境内，但在名义上被划分为神圣罗马帝国的封地和法国的封地，比如查理的出生地佛兰德斯（Flanders），作为勃艮第国家的最后遗留部分，在百年战争中发挥了巨大作用。
由于查理年幼，马克西米利安皇帝任命他的姑妈——奥地利的玛格丽特——担任摄政王，直到 1515 年。
他的姑妈很快与法国展开了战争，原因是查理需要像他父亲一样向法国国王效忠，特别是关于弗兰德地区的归属问题。
查理需要向法国国王效忠的原因主要与历史上的封建制度和权力关系有关。
在查理的父亲菲利普一世去世之前，他作为西班牙国王曾经向法国国王效忠，尤其是在弗兰德地区，这是一种传统的政治安排。
在中世纪的欧洲，许多地区的统治权是通过效忠和宗主关系来维持的。
弗兰德是一个重要的经济地区，拥有丰富的贸易资源。
因此，法国国王对该地区有古老的权利和声索。
查理继承了这些权利，同时也面临着对法国国王的效忠要求。
玛格丽特作为摄政王，试图维护查理的权利和地位，因此她与法国发生了战争，努力争取弗兰德的独立和控制权。
最终，法国在1528年放弃了对弗兰德的声索，这对查理的统治是一个重要的胜利。
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在1515年至1523年期间，查理在低地国家的统治还面临弗里斯兰农民（Frisian peasants）的叛乱。
叛军最初取得了一些成功，但之后经历了一系列失败，剩余的领导者于1523年被抓捕并处决。
查理通过兼并图尔奈（Tournai,）、阿图瓦（Artois）、乌得勒支（Utrecht）、格罗宁根（Groningen）和古尔德斯（Guelders）来扩大勃艮第领土。
低地国家曾由查理的勃艮第祖先统一，但名义上属于法国或神圣罗马帝国的封地。
查理最终赢得了古尔德斯战争（Guelders Wars），将所有省份统一在他的统治下，最后一个是古尔德斯公国（Duchy of Guelders）。
在1549年，查理颁布了《实用主义制裁》（Pragmatic Sanction），宣布低地国家是一个统一的实体，作为其家族的继承领地。
低地国家在帝国中占有重要地位。
对于查理五世来说，它们是他的家乡，是他出生和度过童年的地方。
由于贸易和工业以及该地区城市的财富，低地国家也为帝国国库带来了可观的收入。
在查理的统治期间，勃艮第领土通常忠诚于他。
由于查理要求缴纳重税，重要城市根特在1539年爆发叛乱。
然而，叛乱并没有持续多久，因为查理在阿尔巴第三公爵费尔南多·阿尔瓦雷斯·德·托莱多 （Fernando álvarez de Toledo） 的增援下，军事反应迅速，让根特的叛乱得到平息。
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