说完了雇佣兵，现在继续来说纳瓦罗。
1499年，纳瓦罗被冈萨洛·费尔南德斯·德·科尔多巴（Gonzalo Fernández de Córdoba）招募，参与了对凯法利尼亚（Kefalonia / Cephalonia）的围攻和占领。
据说就是在这场围攻战，他发明了地雷，运用地雷成功攻破了奥斯曼堡垒的城墙。
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冈萨洛·费尔南德斯·德·科尔多巴（1453年9月1日—1515年12月2日）是一位西班牙将领和政治家，他在征服格拉纳达和意大利战争期间领导了多次成功的军事行动。
他的军事胜利和广泛的声望使他赢得了“伟大的科尔多巴”（El Gran Capitán）的称号。
他还参与了格拉纳达的最终投降谈判，之后担任了那不勒斯的总督。
当法国人被驱逐出那不勒斯时，费尔南德斯·德·科尔多巴于1504年被封为特拉诺瓦公爵，并被任命为那不勒斯总督。
同年晚些时候，卡斯蒂利亚女王伊莎贝拉一世去世，令他失去了最坚定的支持者。
伊莎贝拉的去世也使她的丈夫阿拉贡的费迪南德二世暂时失去了在卡斯蒂利亚的权力，被迫使他扞卫自己在阿拉贡的利益。
尽管那不勒斯是阿拉贡的王国，但科尔多巴是卡斯蒂利亚人，广受欢迎。
因此，费迪南德对他的忠诚产生了怀疑，并认为他过于随意地支出国库资金。
1507年，费迪南德前往那不勒斯，罢免了科尔多巴的职务，并命令他返回西班牙，承诺将任命他为圣地亚哥骑士团的掌门人，这是一个强大而声望显赫的职位。
尽管费尔南德斯·德·科尔多巴被授予了额外的称号——塞萨公爵（Duke of Sessa），但他从未获得承诺的圣地亚哥军事骑士团的领导职位。
费迪南德虽然继续称赞他，却没有给他其他的工作，最终他退隐于自己的一处乡间庄园。
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凯法利尼亚（Kefalonia或Cephalonia，希腊语：Κεφαλονι?）是希腊西部的伊奥尼亚群岛中最大的岛屿，也是希腊第六大岛，仅次于克里特岛、伊乌比亚岛、莱斯博斯岛、罗德岛和希俄斯岛。
这座岛上发现了很多迈锡尼时代的文物。
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凯法利尼亚围攻之后 ，纳瓦罗留在冈萨洛·费尔南德斯·德·科尔多巴（Gonzalo Fernández de Córdoba）的麾下，前往那不勒斯，并在1502年防守卡诺萨（Canosa），1503年防守塔兰托（Taranto），抵御法国军队。
卡诺萨和塔兰托都属于普利亚地区。
他负责监督塞里尼奥拉战役（Battle of Cerignola）中的野战工事建设，帮助冈萨洛·费尔南德斯·德·科尔多巴在4月28日的战斗中战胜了纳穆尔公爵（Duke of Nemours）路易·德·阿马尼亚克 （Louis d'Armagnac）。
塞里尼奥拉战役于1503年4月28日在意大利普利亚地区的塞里尼奥拉镇外展开，战斗双方为西班牙军队和法国军队，距巴里约80公里（50英里）。
由“伟大的科尔多巴”（Gonzalo Fernández de Córdoba）指挥的西班牙军队约有6,300人，其中包括2,000名陆军长枪兵、1,000名火枪手和20门大炮，成功击败了由路易·德·阿马尼亚克领导的法国军队，后者人数约为9,000人，主要由重骑兵和瑞士雇佣长枪兵组成，拥有约40门大炮。
战斗中，纳穆尔公爵不幸遇难。
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纳瓦罗在1503年12月29日的加里利亚诺河战役（Battle of Garigliano）中立下大功，因而被封为奥利韦托伯爵（count of Oliveto）。
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1507年，纳瓦罗返回了西班牙，参与了红衣主教弗朗西斯科·希梅内斯·德·西斯内罗斯（Francisco Jiménez de Cisneros）的北非远征。
1508年，纳瓦罗使用自己设计的浮动炮台，夺取了韦莱斯·德·拉·戈梅拉堡（Vélez de la Gomera）。
1509年，他还参与了马扎尔基维尔（Mazalquivir / Mers-el-Kébir）和奥兰的攻占。
1510年，他亲自指挥西班牙军队征服布吉（Bougie / Béja?a）、的黎波里（Tripoli），袭击了特莱姆森（Tlemcen）、阿尔及尔（Algiers）。
正是这一年，西班牙从哈夫斯王朝夺走了北非的城市。
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