刘协即位后，董卓自封为相国，后又加封为太师，完全控制了中央政权。在董卓专权期间，刘协只是一个傀儡皇帝，没有任何实权。董卓的暴政引起了天下人的不满，各地诸侯纷纷起兵讨伐董卓。
公元190年，关东地区的诸侯们纷纷以讨伐董卓的名义起兵，他们组成了一支强大的军队，被称为关东联军。这场战争拉开了东汉末年军阀混战的序幕。
关东军的崛起给董卓带来了巨大的压力和威胁。面对这种局面，董卓决定挟持皇帝刘协，迁都到长安。刘协心中抱有一丝希望，他期望能够借助关东军的力量来摆脱董卓的控制。然而，令人失望的是，关东军并没有积极响应刘协的请求，而是选择了观望。无奈之下，刘协只能寄望于内部力量来推翻董卓。
公元192年，心怀汉室的司徒王允与英勇无畏的吕布密谋策划，成功地将董卓刺杀。董卓的死亡并没有改变东汉末年的混乱局面，反而引发了更多的动荡和战乱。王允和吕布虽然成功地除掉了董卓这个威胁，但他们并没有能力稳定局势。不久之后，董卓的部下李傕、郭汜等人便发动了叛乱，他们率领军队攻打长安，试图恢复董卓时期的权力。
吕布在与李傕、郭汜等人的战斗中失利，最终被赶出了长安。而王允则在城中坚守，但是由于兵力不足，最终还是被李傕、郭汜等人攻破城池，王允也在这场战斗中被杀。李傕、郭汜等人重新掌控了东汉的政权，继续推行董卓时期的暴政，使得百姓生活苦不堪言。
此时的汉献帝刘协已经完全失去了对朝廷的控制权，他只能任由李傕、郭汜等人摆布。而李傕、郭汜等人之间也存在着矛盾和争斗，这使得东汉的政治局势变得更加复杂和混乱。
公元195年，李傕和郭汜发生内讧，长安城陷入混乱之中。就在这混乱之际，汉献帝刘协趁机逃离了长安。此时，曹操正率领着他的军队，准备迎接这位落难的皇帝。当曹操得知刘协已经离开了长安后，他立刻派遣军队前往保护刘协，并最终将他安全地带回到洛阳。然而，洛阳城经过多年战乱已经变得破败不堪，无法作为首都。因此，曹操决定带领刘协迁都到许昌，那里成为了新的政治中心。
曹操虽然利用刘协来试图实现他统一中国的目的，但却不敢直接取代他，自立为皇帝。因为曹操深知，如果他这样做，将会引起其他军阀的反感和反抗，导致更多的战争和混乱。相反，曹操选择了挟天子以令诸侯的策略，通过控制汉献帝刘协来操纵朝廷，号令天下诸侯。
与此同时，不甘愿继续充当傀儡皇帝的刘协秘密地命令董承，让他手持衣带诏去诛杀曹操。然而，不幸的是，这个计划在尚未开始实施之前就被曹操所察觉。曹操迅速采取行动，将董承及其同谋者全部逮捕并处死，其中甚至包括怀有身孕的董贵人也未能幸免。
在曹操的控制下，刘协虽然名义上仍然是皇帝，但实际上已经成为了曹操的傀儡。曹操利用汉献帝的名义，发布诏令，号令各地诸侯，从而扩大了自己的影响力。同时，曹操也通过一系列的政治手段，削弱了其他诸侯的势力，使得自己的地位越来越稳固。
在曹操的治理下，中原地区得到了一定程度的稳定和发展。然而，汉献帝刘协的处境却越来越艰难。他虽然贵为皇帝，但却没有任何实权，只能任人摆布。此外，曹操还不断加强对刘协的监控和控制，使得刘协的行动受到了极大的限制。
在这种情况下，汉献帝刘协开始寻求反抗曹操的机会。他暗中联络一些忠于汉室的大臣，企图推翻曹操的统治。然而，这些努力都没有取得实质性的成果，反而引起了曹操的警觉。
在一次密谋中，汉献帝刘协和一些大臣计划在宫中宴请曹操，趁机刺杀他。然而，这个计划被曹操识破，他提前做好了准备，不仅没有被刺杀，反而借机清除了一批反对他的大臣。这次事件使得汉献帝刘协彻底失去了反抗曹操的机会，他只能继续忍受曹操的控制。
建安五年（200年），董承等人谋诛曹操事泄，刘备投靠袁绍，董承被杀。建安十二年（207年），曹操基本统一北方后，率军南下，准备一举消灭孙权和刘备。赤壁之战爆发，孙刘联军大败曹军，奠定了三国鼎立的雏型。建安十三年（208年），曹操任丞相。建安十八年（213年），曹操获封魏公，建立魏公国，定都邺城，而后进爵魏王。
刘协在位期间，历经多次政变和战乱，始终未能掌握实权，只能被动地接受各种政治力量的摆布。他的一生充满了无奈和辛酸，虽然他曾试图反抗，但最终都以失败告终。尽管如此，刘协仍然保持着一定的气节和尊严，没有完全沦为傀儡。
公元 214 年，伏皇后写信给自己的父亲伏完，信中的内容是希望伏完能想办法除掉曹操，但不幸的是这封信被曹操截获了。曹操以此为由逼迫汉献帝刘协废黜伏皇后，并将伏氏一族满门抄斩，就连伏皇后与刘协所生的两个皇子也未能幸免。伏皇后最后被幽禁至死，而刘协则被迫继续当他的傀儡皇帝。
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