在激烈的战斗中，苏砚发现守卫的核心存在着量子纠缠现象——每一个守卫都与深渊深处的某个物体保持着超距联系。两人冒险将混元之仪切换至量子模式，通过解析纠缠态，定位到了被反物质冰层包裹的第四把混元钥匙。然而，当他们试图破冰时，冰层突然融化，释放出能将物质反物质化的"湮灭洪流"。千钧一发之际，林夏发动万象镜的记忆回溯能力，将时空短暂倒转三秒，才堪堪避开致命攻击。
拿到第四把钥匙后，星穹号马不停蹄地驶向溯时回廊。这里的时间法则完全倒置，飞船的推进器喷出的不是火焰，而是逐渐熄灭的星光；船员的伤口不是愈合，而是变得更加严重。林夏的终焉之瞳在这里彻底失效，因为观测本身就会改变时间流向。两人只能依靠混元之仪的本能指引，在逆流的时间长河中艰难前行。途中，他们遭遇了被熵蚀病毒感染的"时间幽灵"，这些幽灵是不同时间线中死去的文明意识，被病毒扭曲成吞噬时间的怪物。
为了对抗时间幽灵，苏砚将调和器改造成能稳定时间流的"时之锚"，林夏则用万象镜捕捉幽灵们在不同时间线的弱点。当他们接近第五把钥匙时，发现其被囚禁在时间回廊的中心节点，周围环绕着能将一切回溯至原点的"归零漩涡"。两人必须在漩涡将他们的存在抹除前，找到钥匙并将其净化。
在幻梦星域，现实与梦境的界限彻底模糊。星穹号时而航行在璀璨的星系之间，时而坠入深不见底的黑色沼泽。这里的生物由集体潜意识构成，而熵蚀病毒正在将这些梦境转化为吞噬现实的噩梦。林夏与苏砚陷入了各自最恐惧的梦境：林夏再次目睹父母在量子迷雾中消散，而苏砚则看到所有文明在她眼前化为虚无。但凭借着坚定的意志，他们在梦境中相互唤醒，用混元之仪的光芒驱散噩梦，最终在一座由希望构筑的城堡中找到了第六把混元钥匙。
此时，混元之仪的倒计时仅剩不到12小时，而他们还未抵达混沌源核。星穹号的引擎在超负荷运转中开始崩解，船体外壳出现了能将物质转化为能量的熵蚀纹路。但两人没有丝毫退缩，他们将所有剩余能量注入混元之仪，发动最后的跃迁。当飞船穿越次元壁的瞬间，林夏与苏砚看到了令人窒息的景象——混沌源核中，熵蚀病毒的核心如同一个不断膨胀的黑色太阳，而最后一把混元钥匙，正插在太阳的中心，散发着微弱的光芒。
在混沌的咆哮声中，林夏握紧混元之仪，苏砚举起调和器，两人的身影在光芒中逐渐模糊。他们知道，这将是最艰难的一战，也是决定多元宇宙命运的最后时刻。而在他们身后，无数文明的目光汇聚于此，所有的希望都寄托在这两位守护者身上。混沌源核中的黑暗正在蔓延，而他们，将是照亮这片黑暗的最后光芒。
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