在吉安娜的控制下，辛达苟萨有事没事就在玛里苟斯的面前转悠，甚至吉安娜还亲自在玛里苟斯的手下们面前表演，她是如何把萨菲隆也变成冰霜巨龙的。
在一路的追杀之后，阿尔萨斯终于把死亡之翼给炸进了大漩涡中，让他从此死无葬身之地。
同时，蓝龙军团和人类法师、冰霜巨龙的矛盾也越来越尖锐，玛里苟斯也越来越疯癫。
伊瑟拉、阿莱克丝塔萨、诺兹多姆要求阿尔萨斯交出巨龙之魂，但阿尔萨斯强调，此时的蓝龙军团已经成了联盟的敌人，所以他暂时不可能把巨龙之魂交出来，至少，要等到玛里苟斯覆灭了再说。
同时，达拉然正在竭尽全力地研究巨龙之魂，争取能够制造出一些低端的仿制品。
在洛丹伦国王阿尔萨斯和巫妖女王吉安娜这对狗男女一系列阴谋的不断刺激下，疯疯癫癫的玛里苟斯最终认为，凡人使用魔法会引发灾难，而灾难会使艾泽拉斯毁灭，他作为艾泽拉斯守护巨龙，所以他要禁止凡人使用魔法，并毁掉一切魔法造物。
在把蓝龙王逼疯了以后，联盟的法师和圣骑士们立刻对他展开了正义的讨伐，还用巨龙之魂诱惑红龙军团跟着他们一起讨伐玛里苟斯。
最后，玛里苟斯被消灭在了永恒之眼中。玛里苟斯临死前还在告诫他的姊妹阿莱克丝塔萨，说她被愚蠢的凡人欺骗了。
此战极大地削弱了蓝龙和红龙的实力，同时达拉然利用这段时间，成功地仿制出了一些低配版本的“巨龙之魂”。阿尔萨斯把巨龙之魂的原版还给了龙族，让他们好好保存。
趁着蓝龙之王死去、魔枢一片混乱的机会，吉安娜轻轻松松地潜入了魔枢，偷走了聚焦之虹。
蓝龙卡雷苟斯决定找回聚焦之虹，巫妖女王则严厉地警告他，如果他再敢继续追击，她就会把他变成她的奴仆，永远为她效力。
结果一听到这话，卡雷苟斯追得更起劲了。最终，他果然被吉安娜转化为一头冰霜巨龙，成了巫妖女王的专属蓝龙坐骑。
吉安娜骑着卡雷苟斯再次进入了魔枢，她把魔枢的大部分魔法宝物都洗劫一空，其中就包括聚焦之虹，还把玛里苟斯也顺便复生成了一头冰霜巨龙，让他和他的妻子辛达苟萨团聚。
在巨龙的威胁被基本解除以后，联盟、部落、暗夜和天灾把注意力转到了元素上面。
“大海的女儿”和水元素领主进行了一笔交易，她利用耐普图隆想要戴罪立功、洗白自己的心态，以及耐普图隆对拉格纳罗斯的仇恨，成功地说服对方派出大批水元素来帮助自己。
巫妖女王带着她的亡灵大军（效忠于女王的天灾的脚男们）攻进了拉格纳罗斯的老巢，使用霜之哀伤、黑檀之寒、聚焦之虹来魔法降温，还在耐普图隆的帮助下水淹熔火之心。经过了一番激烈的战斗，最终水元素和天灾的联军获得了胜利。
但是，吉安娜却背弃了盟约。她背叛并袭击了水元素公爵海达克西斯，并运用聚焦之虹的力量将他以及他手下的一大票水元素奴役了。
在水元素的带路下，天灾军团的冒险者们紧紧跟随着女王的步伐，攻进了深渊之喉和潮汐王座，但吉安娜惊讶地发现娜迦和无面者也在攻击水元素领主。最后在水元素领主和海洋之女之间爆发了一场激战，在正义的围殴下，海洋之女取得了胜利，耐普图隆被天灾军团和娜迦一起消灭掉了。
卡利姆多的洛丹伦联盟第七军团和暗夜精灵的脚男在瓦里安国王和大德鲁伊玛法里奥的带领下齐心协力，攻进了天空之墙和风神王座，消灭了奥拉基尔。
凯恩要求瓦里安向半人马提供支援，以兑现人类当年许下的承诺。
虽然“要帮助牛头人击败半人马重返雷霆崖”的承诺是吉安娜·普罗德摩尔代表阿尔萨斯对凯恩许下的，现在吉安娜不属于人类，更不属于联盟，但洛丹伦联盟仍然决定将她的承诺兑现。
瓦里安原本试图直接消灭半人马，来削弱部落的势力，但他想起了阿尔萨斯的警告，决心要避免和部落交战。
由于半人马是瑟莱德丝的子嗣，于是瓦里安决定先消灭瑟莱德丝来安抚凯恩·血蹄，他率领联盟的军队和瑟莱德丝发生了激烈的交战。
但瑟拉塞恩却出现来帮助她的女儿，这让联盟大吃一惊。联盟的勇士们立即对她发起了攻击。
为了阻止瑟拉塞恩利用大地来逃跑，联盟的法师们尽力地把她托上了天空，让她脱离了地面，最后，瑟拉塞恩和瑟莱德丝都被击败了。
东部王国联盟的军队在阿尔萨斯国王的带领下彻底地粉碎了燃烧平原上剩余的火元素、黑龙军团，并彻底地消灭了还没有加入新部落的黑石氏族——和他老爹不同，阿尔萨斯可没有修建兽人收容营的习惯。
最后，黑铁矮人被阿尔萨斯的军队“解放”了，他们被迫成为了联盟的一员，并且在联盟内部遭到了铜须、蛮锤矮人的公开歧视，而联盟也支持他们的传统盟友铜须、蛮锤，将这种对黑铁矮人的歧视合法化了。
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