应存之书则是不合格的图书，可在《四库全书总目》中存其名，却不够资格抄入《四库全书》。
这些意见经乾隆帝御准之后，进入抄写环节。
据统计，前后共有三千八百余人参与抄写。为了保证进度，这些人每天至少抄写一千字。五年内抄写两百万字以上者，列为一等，抄写一百六十五万字以上者，列为二等，可按等级授予州同、州判、县丞、主簿等官职。
这是奖励，还有惩罚：如果抄写的字体不工整，记过一次，罚多抄一万字。
征书和抄写虽然工作繁重，但各类的校订工作才最为关键。各册图书需经分校，复校、总裁三审三校，以保证质量。大名鼎鼎的纪昀纪晓岚（1724年—1805年）是《四库全书》的总纂官之一。
纪昀的生活习惯十分特别。他不好饮酒，不食谷物，一天吃肉十斤左右，而且烟瘾特别大。他自行设计的大烟袋，烟管长三尺，烟锅一次能装三四两烟。这一袋烟，从纪府抽到圆明园，几十里路都抽不完，人送雅号纪大烟袋。
他的三个副手同样大有名气，一个是抨击“去人欲，存天理”之说的哲学家戴震（1724年－1777年），一个是桐城三祖之一的文学家姚鼐（1732年—1815年），还有一个是着名经学家邵晋涵（1743年－1796年）。
当然，编修《四库全书》耗时十三年，肯定不止有一位总篡官。该书前后任命了十六位总裁官，十五位总阅官，这些类似于顾问，基本不负责具体编修事务。具体负责的总篡官，前后有三任，分别是纪昀、陆锡熊和孙士毅。
公元1781年12月，第一部《四库全书》终于抄写完毕，此后又陆续抄完三部，分别珍藏于文渊阁、文溯阁、文源阁、文津阁这“北四阁”。后又抄了三部，分别珍藏于江南文宗阁，文汇阁、文澜阁这“南三阁”。
每部《四库全书》装订为三万六千三百册，均钤有玺印。在编纂《四库全书》的过程中，纪晓岚们还顺便编纂了《四库全书荟要》《四库全书总目》《四库全书简明目录》《四库全书考证》《武英殿聚珍版丛书》等等。
其中，《四库全书总目》是《四库全书》收录书和存目书的总目录，而《四库全书荟要》被视为《四库全书》的精华版，收书四百七十三种、一万九千九百余卷，开本和装帧与《四库全书》完全相同。该书共誊抄两部，一部存放于宫内御花园中，一部存放于圆明园东墙外长春园内的味腴书屋。
如今，文源阁本、文宗阁本和文汇阁本已不存。文渊阁本现藏于台北故宫博物院，文津阁本现藏于北京图书馆，文溯阁本藏于甘肃省图书馆，文澜阁本则在战火中损毁大半，经基本补齐后藏于浙江省图书馆。
《四库全书》共收书三千四百六十多种，共计七万九千多卷三万六千多册，按经、史、子、集四部分类。
其中经部以儒家典籍为主，包括四书五经等等十类；史部以史书为主，包括正史、别史、杂史、时令、地理等十五类；子部以诸子百家为主，包括儒家、兵家、法家、道家、农家、医家、天文算法、小说家等十四类；集部则以诗词歌赋为主，包括楚辞、别集、总集、诗文评、词曲这五类。
国学大师季羡林评价《四库全书》是我国乃至世界最大的文化工程，功在千秋。全书约十亿字，是同时期法国狄德罗主编《百科全书》的四十四倍，在客观上整理、保存了一大批重要典籍，开创了中国书目学，也确立了汉学在社会文化中的主导地位，具有无与伦比的文献价值、史料价值、文物价值与版本价值。
这座东方文化的金字塔几乎囊括了清代中期以前传世的经典文献，在古籍整理方、辑佚、校勘、目录学等方面，给后世学术界带来巨大影响。从此以后，凡编纂书目者无不遵循它的分类标准和部别原则。
乾隆帝专门为该书建造南北七阁，极大体现了文化的尊严和价值。
《四库全书》是举世罕见的文化瑰宝，但我们也应认识到，因为乾隆帝“寓禁于征”的指导思想，它的编纂和整理过程带有鲜明的政治烙印。以政治标准人为割裂历史、割裂中国文化，将传统典籍分为着录、存目、禁毁三个层次，使这次举全国之力、耗时耗资巨大的文化总结，也变成了一场传统文化的浩劫。凡被认为违悖伦理纲常、不合义理名教、讥贬满族先世、不利于清朝统治的书籍，全部被销毁或篡改。
《四库全书》在编纂过程中，一边保存了三千多种书籍，另一边销毁了三千余种书籍共计十万部左右。其中全毁的约两千种，抽毁的约四百种，多数都是举世难求的孤本和善本。
这只是乾隆帝销毁书籍的一部分。据不完全统计，他在位六十余年，共计焚毁禁书达到惊人的七十余万部。仅1782年一年，就在浙江销毁五百八十余种书籍共计约一万四千部。
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