朱厚熜被这架势吓傻了，随后又无比愤怒。他出动了锦衣卫前去镇压这些大老爷，看见皇帝要动真格的，连忙跑路，而带头的杨慎就倒了霉，不仅被揍了一顿，还从BJ流放到云南。
历时三年的大礼仪之争以嘉靖的胜利宣告结束，张璁、桂萼等议礼功臣也顺理成章地入阁辅政，推出了一系列革新措施。
包括完善科举和教育制度，裁撤冗官冗员，缩减宗室外戚特权，取消各地镇守太监以及解决哈密危机，保证了西北的稳定。
然而随着张璁的失宠，夏言被害，严嵩登上了首辅之位，政治风气开始败坏。1542年，首辅夏言被严嵩排挤，失去了朱厚熜的信任，被革职闲居。严嵩入阁辅政，进入明朝最高权力中心不久，宫女杨金英等人在深夜行刺朱厚熜，史称壬寅宫变。
——“练得身形似鹤形，半夜宫女勒脖颈。“
——“这一次刺杀，直接让嘉靖老道慌了，从此不上朝了。”
这次行刺虽然失败了，但是却让朱厚熜从此不入皇宫，也不再上朝，而是搬到西苑整天炼丹，修道。6年后，夏言遭到严嵩的诬陷，被朱厚熜下令当众处斩，这是明朝历史上唯一一位被斩首的首辅。死后严嵩和他的儿子严世蕃在朝中更加肆无忌惮。
1550年，蒙古俺答汗南下劫掠，明朝竟一路打到了北京城下，上一个打到北京城下的还是100年前的瓦剌。当时京北还有于谦指挥，打退了瓦剌。
这一次俺答汗在京北城外劫掠了8天，最后得到明朝答应贡品的要求后才扬长而去，大明朝颜面扫地。严嵩作为内阁首辅也负有不小的责任，然而严嵩却把兵部尚书推出去当了替罪羊。
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