在流求经过整编，中兴社的军队结构更加完善。编制上，以十名士兵组成一什，由什长带领。五什为一都，设正副都将。三都为一队，由正副队将带领。普通的一个战斗队一般是一百五十人上下，刀盾、枪矛、弓弩手各自约占三分之一。队以上是营，由正副营将统领。一个营就可以看做一个比较基本的战斗单位了，能够独立开展一些中小规模的战斗。每个营除了包括三个战斗队，还配有两个火器队，火器队的人数稍少，大约每队包含两个都，在百人上下。所以一个营的兵力组成基本上是三个战斗队每队一百五十余人，共四百五十余人，加两个火器队，每队百人共二百余人，合计一营在六百余人，满编营如果加上指挥、后勤、文职人员，总人数不下七百。
营的编制还有几种特殊形式，一种是分散在中原各地的独立营，因为离中兴社后方太远，不便直接指挥，一般就地开展敌后斗争，与本部军队有一定差别。另一种是材勇营，一个保几百户人家视青壮人数不同，选拔材勇三四百到五六百之间，一般同一保的材勇编为一营，由保长兼任材勇营营正。材勇营与正军营类似，根据人数编列两三个战斗队，不过火器队略少，往往一队都不到，装备也相对落后些，火铳很少，还在用正兵早就淘汰的火竹筒，火炮就更加罕见了。还有台员、澎湖、望乡石、太平城等地本来有少量驻军是算在正军里面的，现在也都就近编入当地材勇营中。另外，在各地矿山、港口、建设工地还有一些由过去的战俘组成的劳工营和苦力营，一般不算做军事力量。
营以上基本用三三制，也即三个营为一旅，但一旅之下除三个基本营，还增加了一个炮营。炮营的人数稍少，三四百人左右。一般一个三四百人规模的炮营会装备五十门左右的蟾式炮，十门左右的振威炮，三五门虎威炮。
合计一旅之众包括三个基本营、一个炮营，共两千五六百人，各式兵甲器械齐全，并有大小炮数十门，战力已经比较可观了。
旅之上为师，一个师有三个旅，外加少量骑兵，总人数八千左右。常规师骑兵很少，一两百骑而已，显得特别精贵，主要是用来侦查、联络、护卫主将，轻易不安排上场厮杀。
中兴社目前总共就三个常规师，分别由褚世尧、何绍基、李奇三员大将任一、二、三师师长。此外还有一个中兴水师，以陈闵任师长。一个骑兵师，由武部元首胡隶亲自兼任师长。
骑兵师有些名不其实，因为中兴社总共只有不到两千匹马，还要分出数百匹给三个常规师，实际可用的只有一千余战马。这些马大部分都是之前的战斗俘获，最多时曾有三千余，但因作战伤亡及浮海运输、生病损失等，如今减少了三成以上，而又难以补充。因为流求等地本不产马，只能冒着很大风险，花大价钱向北方的敌人控制区买马，可行『性』不高。所以堂堂一个骑兵师，号称有五千人马，但实际却是五千个人一千匹马，平均一个骑兵五天才能轮到一次骑马的机会，每次还不能超过半个时辰，免得金贵的马屁累瘦了……
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