三王府中皇族血亲有四百多人，这些都是皇亲国戚，锦衣卫也不好用刑逼审，便顺势交给三司会审，而其余那些王府中人和各地抓捕的胥吏则全部被带到诏狱中去了。
其实这三司会审形同虚设，反正主审官问的问题这些皇亲国戚死皮赖脸一概否认，拼命推脱罪责撇开关系，主打一个无辜冤枉。三司也不敢对他们用刑。
如此一来，审问毫无线索，案情毫无进展。
北镇抚司参加会审的是当初朱由校从开平卫调回来的张全，他刚刚被任命为北镇抚司千户不到两个月。
影卫已经初步建成，朱由校便把张全调入锦衣卫，为以后彻底掌握这一特务机关做准备。
张全觉得这帮主审迂腐得不行，案件调查磨磨唧唧，在这里简直就是浪费时间，便留下几名手下在这里装装样子，自己一溜烟跑到诏狱里审人去了。
三司的主审官面对一帮子皇亲国戚束手无策，审了两个月，没有任何成效。
内阁首辅兼礼部尚书韩爌、刑部尚书薛贞、左都御史高弘图、大理寺卿陈扬美终于也是熬不住了，便齐齐入宫面圣，放弃会审。
于是，案件由锦衣卫全面接手。
天启八年十月十八日，朱由校下旨：革除鲁、德、衡三国，罚没家财家资，名下田产、房产全部收归朝廷，鲁、德、衡世系亲属全部废为庶人。
另外，在三王府的皇亲国戚中有四十七人手染人命、罪大恶极，被秘密押送到宗人府缢死。
山东各地抓捕的官吏、有关案犯八千余人，抄家灭族一千两百余人，其余流放边疆。
此案因遗失三匹马而起，是为“三马案”，世称“天启第三大案”。
“三马案”后，朱由校基本扫清了山东的地方势力，把整个山东牢牢掌握在手中。
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