因为日本的金主爸爸英国怕日俄交战导致清朝统治崩溃，所以极力要求中国中立，日本官方只好保证不逼中国参战。日本官方不逼，黑龙会就自觉承担了疏通中国的任务。
随着日俄战争的胜利，黑龙会活动升级，开始将矛头指向中国。辛亥革命，黑龙会以援助中国革命的国际友人形象出现，力图维持中国分裂局面，谋求满蒙地区的利益。
但南北议和，中国的统一破坏了黑龙会的阴谋，黑龙会终于撕下了他们虚伪的面具，暴露了狰狞的嘴脸，开始大肆丑化中国革命，向日本人极力宣传革命党不能成事，“黄汉民族”不能依靠。日本辱华之风再起新高潮。
随着一战爆发，黑龙会迫不及待地拿出了亡华建议——“国防协约私案”。主要内容就是：日本在满蒙要取得优先权，中国要委托日本统治满蒙；日本负责指导中国国防；德占地一切权力转归日本；中国沿海一切港口对日开放，尤其是福建港口必须租界给日本；中国经济命脉要中日合资。
这不就是《二十一条》的前身吗？
此后黑龙会秉持搞谍报的老本行，组建了阿訇养成所等对回机构。会员努力学习《古兰经》，学成之后化装成回教徒，潜入中国新疆、甘肃、青海等地，煽动当地回族反叛，组建西北清真国。但在当地爱国少数民族的坚决反对下，黑龙会的效果并不大。
在1905年，黑龙会头目策划了一起夺取同盟会领导权的斗争；1907年，内田离间了孙中山和章太炎的关系；3月，黑龙会又恶意曲解并大肆宣传孙中山的口号，将孙中山塑造成只要求驱逐鞑虏，内地十八省建国，满蒙新藏等皆可抛的国贼形象，致使此后章太炎带人脱离同盟会，重建光复会，同盟会实际分裂。
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