2000年3月起，孙凝晖在中国科学院计算技术研究所工作，先后担任高性能计算机室主任、系统结构重点实验室主任、系统结构研究部主任、所长助理、常务副所长，计算机系统结构重点实验室主任、系统结构研究部主任、所长（任期5年）。
2019年11月，孙凝晖当选为中国工程院院士。
2020年3月，孙凝晖担任中国科学院大学计算机科学与技术学院院长。
求学之路、从业之路解码
孙凝晖院士的求学与从业之路呈“理论奠基—技术攻坚—战略引领”的进阶轨迹，为其成为院士奠定多维度基础。
孙凝晖入读北大计算机系，系统性基础学科训练（如王选院士影响下的体系结构认知）与跨学科视野（接触复杂系统理论），使他构建起“从原理出发”的思维范式，为后续架构设计埋下逻辑伏笔。
孙凝晖进入中科院计算所硕士阶段学习，他参与并行计算项目，培养“问题导向”的工程思维。
博士期间，他聚焦“可扩展并行处理”，恰逢国外技术封锁，研究锚定“国产化替代”，其博士论文直接服务于后来“曙光”系列核心架构设计。
孙凝晖放弃出国，选择留所组建团队，将个人科研与国家需求深度绑定。
孙凝晖主导“曙光1000A”研发，以“混合架构”实现技术突破，形成“非对称创新”方法论，为国产超算突破封锁提供路径参考。
孙凝晖担任高性能计算机室主任期间，建立“双周攻坚会”机制，推动“曙光4000”进入全球TOP10。
孙凝晖担任常务副所长时，他推动产学研融合，将超算技术导入石油、气象等民生领域，提前布局“算力普惠”。
孙凝晖担任计算所所长五年间，力推“异构计算+自主生态”体系，打通“芯片-架构-软件”全链条。
他推行“青年科学家工作室”，打破论资排辈，储备后续创新力量。
从北大基础理论到中科院应用研究，他始终以高性能计算为轴心，在体系结构、并行计算等领域形成技术壁垒。
博士阶段，他直面技术封锁，从业后紧扣“863计划”“E级计算”等国家战略，将个人事业嵌入科技自立自强进程。
孙凝晖从执行者（解决具体技术问题）到整合者（管理项目与资源）再到定义者（重塑超算产业生态），他契合院士评选中“技术贡献—行业影响力—战略价值”的进阶逻辑。
结语
孙凝晖院士的成长路径是中国自主培养科技领军人才的典型样本，北大赋予的创新基因、中科院的实干底色，以及在技术攻坚、管理实践、战略布局中完成的能力跃迁，共同构成“从研究者到战略科学家”的成长逻辑。这一路径证明，顶尖人才的崛起，既需专业领域的“深耕”，更需在时代需求中找准“航向”的历史自觉。
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