希洛去阿罗拉进行诸岛巡礼，期间帮助莉莉艾一家团聚，也是成为了阿罗拉初代冠军。
可是洛兹觉得欧雷迟早要开战，于是决定重启无极汰那计划，同时伽勒尔在阿罗拉的卧底知道属性：空可以发电，便联系安德夫全部抢夺属性：空，安德夫同意。
安德夫派出刚刚组建的潜艇部队出发，格丽塞尔达前去抢夺，期间格丽塞尔达将莫恩开枪射杀，当场死亡，随后带着属性：空（多余的，不是格拉吉欧的）逃跑。
下来是伽勒尔剧情，希洛是先去铠之孤岛学武，然后去伽勒尔地区，拿下第二个冠军，不过后来将冠军的位置还给丹帝了，丹帝也是期待希洛能再来。
接下来应该是卡洛斯剧情，只不过卡洛斯打算在Z-A出来后再写，所以这段没有故事，不过莎莉娜设定上是华依的性格，而且也算是一个小阿道夫。
之后就是神奥地区篇，麦克所属的黑帮的镇帮宝物——大白金玉，确定是与神奥的骑拉帝那有关。
希洛正好去神奥玩，又遇到欧雷军队，因为一系列的意外，麦克、希洛、竹兰和小光一起穿越岛洗翠世界，接下来就是洗翠篇，基本上就是剧情，没有什么特别的，期间狮子头上台，成为卡洛斯的权力顶端，并且与欧雷达成轴心阵营。
波克兰帝斯和欧雷联系上来，但没空管它，最后卡洛斯觉得应该带一个盟友，最后的决定是救出麦克后，将波克兰帝斯建国在乱世地区。
洗翠篇结束，四人带着小照穿越回乱世地区，后来成功联系上了地区联盟，接下来乱世军事学院篇开始了，至于为什么叫这个名字，参考二战的西班牙军事学院。
欧雷、卡洛斯趁此，借应麦克这个理由，对乱世发动侵略战争，扶持波克兰帝斯作为新政权，合众、神奥、帕底亚、阿罗拉、关都、城都组成地区纵队进行援助。伽勒尔和丰缘表示旁观。
最后地区纵队战败，波克兰帝斯在乱世地区建国，波克兰帝斯、卡洛斯和欧雷签订互助条约，并建立轴心同盟阵营。
最后开始讨论三方如何瓜分世界，最后决定欧雷占领丰缘、城都、关都、北上乡和阿罗拉，卡洛斯占领合众、伽勒尔、蓝蒂尔、边境小岛群（第三世代收服梦幻的地方）和坚铁，波克兰帝斯占领乱世、神奥、菲蕾、奥卜利比亚和阿尔米亚。
过了几年，欧雷、卡洛斯、波克兰帝斯、与丰缘、伽勒尔、合众签订互不侵犯条约。
次年春天晚上，欧雷对湛蓝市发动突袭，随后在满金市和浅葱市发动侵略战争，世界大战正式开始。
次日早上，欧雷、卡洛斯退出地区联盟，安德夫下令轰炸地区联盟总部，地区联盟解散，同时期卡洛斯向帕底亚宣战。
欧雷军队以惊人的速度，征服了城都，并迅速占领了关都大陆，并使用制导导弹逼迫关都宝可梦联盟投降，关都的宝可梦联盟决定投降，并迁移到七之岛和橘子群岛中（类似维系法国）。
同时帕底亚被卡洛斯占领，成为卡洛斯属帕底亚，莎莉娜被封为帝国元帅。
合众高层对此展开议论，觉得已经签订互不侵犯条约，外面的事情跟自己完全没有关系。
希洛觉得这样没有意义，于是自己上去，直接篡位，成为了合众地区的最高领导人，并宣布合众转换被战时经济，进行总动员，以面对轴心同盟的侵略，还顺带来了一场大清洗，将所有反对自己阻止轴心同盟的人全部处死。
面对关都几乎无损失海军，由于关都宝可梦联盟打算骑墙，希洛制定了类似弩炮计划的行动，关都海军的家底几乎全部打没，向世界证明自己反轴心同盟的决心。
由于波克兰帝斯表现的太拉，连个菲蕾都打不过，欧雷于是去给擦屁股，并一路占领北上乡、菲蕾、阿尔米亚，并直取神奥，奥卜利比亚宣布加入轴心同盟，与欧雷、波克兰帝斯一起进攻神奥。
奥卜利比亚正式成为波克兰帝斯的附属地区，同时期，卡洛斯对坚铁宣战。
合众马上派出远征军支援神奥，最后阿尔宙斯都上场，最后欧雷打光一半制导导弹库存，打败了阿尔宙斯，成功占领神奥，合众军队上演了一个宝可梦版的敦刻尔克大撤退。
合众军队和神奥流亡势力直接没了一半，神奥在合众建立了流亡政府，波克兰帝斯成为了欧雷的小弟（类似德国和意大利的关系），麦克被封为帝国元帅。
面对卡洛斯的攻势，坚铁宣布投降，加入了轴心同盟，并成为卡洛斯的附庸。
欧雷接下来征服阿罗拉，希洛也是派出远征军，面对光辉大神，欧雷把剩余的库存也和拿了出来，光辉大神战败，欧雷再次赢得胜利。
卡洛斯进军伽勒尔附近的蓝蒂尔地区，该地区为非军事地区，伽勒尔表示默许，最后卡洛斯成功占领了蓝蒂尔地区。
最后阿罗拉战场也是溃败，阿罗拉被占领，虽然神奥战场和阿罗拉战场溃败，但也是积累和许多和欧雷军队作战的经验。
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