时光荏苒，转眼间中忍考试已经过去了十二年。如今的大蛇丸，岁月在他的脸上留下了些许痕迹，他步入了中年时期。然而，他的野心并未随着时间的推移而消减，反而愈发膨胀。
在这十二年里，大蛇丸一直在暗中谋划着一个惊天动地的计划——木叶崩溃计划。为了实现这个计划，他与第四代风影·罗砂结盟，两人决定联手进攻木叶隐村，给这个曾经的敌人以致命一击。
为了确保计划的顺利进行，大蛇丸派出了他的得力部下药师兜，让他伪装成一名普通的中忍考生，潜入木叶隐村。而大蛇丸自己，则化身为一名来自草隐村的女中忍考生，巧妙地混入了木叶隐村。
在死亡森林中，大蛇丸与宇智波佐助不期而遇。大蛇丸一眼就看中了佐助那强大的潜力和复仇的决心，他深知佐助是一个绝佳的转生容器。于是，大蛇丸毫不犹豫地给了佐助天之咒印，并预言佐助将会为了报宇智波一族被灭族之仇，主动来找他追求力量。
之后，大蛇丸趁罗砂不备，暗杀了第四代风影，并将自己伪装成风影的模样。这样一来，他便能够完全掌控砂忍的行动，使他们成为自己实现木叶崩溃计划的工具。
终于，到了第三场中忍正式考试的日子。伪装成四代目风影的大蛇丸受到了三代目火影的特别邀请，来到木叶隐村中忍选拔会场，与三代目火影一同观赏这场淘汰赛。
在这期间，大蛇丸派出了他的四名得力部下——多由也、次郎坊、鬼童丸和左近右近，让他们伪装成两名砂隐忍者担任护卫。然而，宇智波佐助却未能按时赶来参加考试，尽管三代火影多次推迟考试时间，佐助依然没有出现。于是，三代火影决定取消佐助的考试资格。
就在这时，“四代目风影”出面劝阻，他表示佐助可能遇到了一些特殊情况，建议再给佐助一些时间。三代火影考虑到与砂隐村的友好关系，最终打消了取消佐助资格的念头。
然而，这一切都在大蛇丸的计划之中。实际上，大蛇丸与木叶的原盟友——第四代风影早已暗中结盟，他们共同策划了一场针对木叶的攻击行动，这场行动被称为“木叶崩溃计划”。
大蛇丸另有自己的图谋，他在兜和君麻吕的协助下，成功地暗杀了真正的罗砂，并伪装成风影的模样。这样一来，他不仅挑起了砂忍和木叶忍者之间的激烈战斗，还让所有人都对他的真实身份深信不疑。
直到中忍考试结束，马基等人才发现了罗砂的尸体，这才意识到他们一直被大蛇丸所欺骗。而此时的大蛇丸，已经化身成草忍，尽情地戏耍着宇智波家族的那只“幼鸟”——佐助。
大蛇丸还安排了他的部下药师兜作为间谍潜入木叶忍村，以便更好地掌握木叶的情报和动态。而他自己也伪装成一名来自草忍的中忍试女考生混入该村。
在死亡森林中，一场惊心动魄的相遇正在展开。主角与宇智波佐助不期而遇，而这并非偶然。原来，大蛇丸对佐助的身体觊觎已久，他计划将佐助的身体作为转生容器，以实现自己的野心。
为了实现这个目标，大蛇丸可谓是处心积虑。他故意将天之咒印赐予佐助，这不仅是一种力量的赋予，更是一个精心设计的陷阱。大蛇丸深知佐助心中对宇智波一族被灭门的仇恨，于是他巧妙地利用这一点，预言佐助将会为了复仇而主动找上他，寻求更强大的力量。
这个咒印就如同一个隐藏在佐助体内的定时炸弹，静静地潜伏着，等待着那个最合适的时机被引爆。一旦时机成熟，咒印将会释放出巨大的力量，但同时也会对佐助的身体造成无法估量的伤害。然而，大蛇丸的阴谋远不止如此。
他成功地挑起了砂忍和木叶忍者之间的激烈战斗，使得整个局势陷入一片混乱。就在这混乱之中，大蛇丸毫不犹豫地撕下了他一直以来的伪装，露出了他那狰狞的真面目。
在由音忍四人众所维持的坚固结界里，大蛇丸与第三代火影之间的生死较量正式展开。战斗瞬间爆发，双方都毫不留情地施展出自己的拿手忍术，一时间，整个空间都被激烈的能量波动所充斥。
三代火影首先发动攻击，他双手迅速结印，口中念动咒语，随即施展出忍术·瓦片手里剑。只见无数闪烁着寒光的瓦片如雨点般密集地射向大蛇丸，速度之快，犹如闪电一般。然而，大蛇丸身形敏捷，轻易地躲过了这一波攻击。紧接着，大蛇丸迅速反击，他的潜影蛇手如毒蛇出洞，直扑三代火影。
面对大蛇丸的凶猛攻势，三代火影毫不示弱。他立刻施展土遁·土流大河，一道汹涌的土流如巨浪般冲向大蛇丸。大蛇丸见状，迅速使用土遁·土龙弹进行防御，土龙腾空而起，与土流大河相撞，激起漫天尘土。
尘土尚未散尽，三代火影紧接着发动火遁·火龙弹，熊熊烈焰如火龙咆哮着扑向大蛇丸。大蛇丸却不慌不忙，他以土替身术巧妙地避开了火龙弹的攻击。
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