在接下来的攻防持久战中，佐助充分发挥了自己的智慧和技巧。他巧妙地运用幻术，让团藏产生了误判，从而找到了团藏的破绽。最终，佐助以一记凌厉的攻击，将团藏击倒在地。
然而，濒死状态的团藏并不甘心就这样落败。他在最后关头，竟然挟持了香磷做人质，企图以此来威胁佐助。佐助此时已经被仇恨冲昏了头脑，他毫不犹豫地使出了千鸟锐枪，直直地刺向团藏和香磷的要害。
香磷被这突如其来的变故惊呆了，她完全没有想到佐助会如此决绝。而团藏则在千鸟锐枪的穿刺下，发出了一声惨绝人寰的尖叫。
尽管团藏已经身受重伤，但他仍然不肯放弃。他用尽最后一丝力气，发动了“里四象封印”，想要将“面具男”和佐助一同封印起来。然而，这最后的挣扎也未能成功，团藏最终还是咽下了最后一口气。
佐助打败团藏后，樱、卡卡西、鸣人先后赶来，第七班重聚。佐助的千鸟与鸣人的螺旋丸再次对峙，双方在精神世界里交谈，两人始终未能达成一致，但佐助答应了鸣人的决战约定，后和“面具男”一起离开了现场。
由于频繁使用万花筒写轮眼，佐助的视力严重下降，他决定听从“面具男”的建议，移植鼬的眼睛。
兄弟联手佐助成功移植了鼬的眼睛，瞳力的融合让双眼升级为永恒万花筒写轮眼。他杀死了监视自己的白绝本体，准备出发上战场。
途中佐助无意间看到被秽土转生的鼬，随即跟了上去。佐助了解到鼬的目的是前往阻止秽土转生，他答应会告诉佐助想知道的一切，但必须先打败药师兜。兄弟二人在战斗中互相配合，找回了尘封已久的默契。
最终，鼬以禁术“伊邪那美”将兜控制，并让他说出解开秽土转生的方法，从而解开了秽土转生。
战场上因兜操纵秽土大军而混乱不堪的战况得以控制，所有被转生者开始灵魂升天。
鼬将自己知道的宇智波灭族事件所有内情，自己的想法都告诉了佐助，并承认自己因为不相信佐助的力量与意志，而导致佐助离开木叶等行为。
但这次，鼬选择相信佐助，认为他也许能改变一族。最终鼬对佐助说：“无论将来你选择什么样的道路，我都一直深爱着你。”
鼬灵魂升天，佐助在与鼬交流后重新思考“一族是何物？村子是何物？忍者又是何物？”这时，水月和重吾带着在大蛇丸据点无意间找到的秘密卷轴来找佐助。
佐助翻开卷轴，决定通过它解开心中疑惑。
佐助回忆过去卡卡西的封邪法印，反向结印使出解邪法印，通过御手洗红豆身上的咒印复活了大蛇丸，然后带着水月、重吾与大蛇丸一起出发寻找答案。
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