为了获取关于“晓”组织的情报以及追寻宇智波佐助的下落，木叶村决定派遣第七班和第八班前去追捕宇智波鼬。在执行任务的过程中，鸣人的一个影分身意外地与鼬相遇了。
面对鼬，鸣人毫不退缩，他坚定地表达了自己拯救佐助的决心。鼬在确认了鸣人的决心后，出人意料地将一只乌鸦送入了鸣人的体内，然后便转身离去。
不久之后，众人与“晓”组织的新成员——一个自称为“宇智波斑”的神秘“面具男”展开了一场激烈的战斗。尽管众人竭尽全力，但他们的攻击对这个神秘的敌人似乎完全无效。
就在战斗陷入僵局的时候，众人突然得知佐助已经杀死了鼬。这个消息让“斑”不再恋战，他迅速地利用自己的空间忍术，先众人一步将倒地的佐助带走了。
与此同时，佩恩入侵了木叶村。鸣人在得知自来也被佩恩杀害的噩耗后，一度陷入了深深的悲伤之中。然而，在伊鲁卡和鹿丸的鼓励下，鸣人最终重新振作了起来。
为了应对佩恩的威胁，鸣人决定前往妙木山修炼“仙术”。在妙木山，鸣人经历了艰苦的训练，不断提升自己的实力。
然而，就在鸣人努力修炼的时候，佩恩六道突然对木叶村发动了突袭。由于鸣人此时并不在村中，佩恩便毫不犹豫地发动了神罗天征，瞬间将整个木叶村摧毁。
鸣人在妙木山经过艰苦的修炼，终于习得了仙人模式，并且还学会了新的术——仙法·风遁·螺旋手里剑。他的实力得到了极大的提升，今非昔比。
此时，木叶村正遭受佩恩的攻击，情况十分危急。鸣人紧急赶回木叶，与佩恩展开了一场激烈的战斗。
在战斗中，鸣人展现出了惊人的实力，不仅能够熟练运用仙人模式，还能得到多位蛤蟆的协助。然而，佩恩的实力同样不容小觑，他的各种能力让鸣人陷入了困境。
经过一番苦战，鸣人终于打败了五个佩恩，但就在他准备对付最后一个天道佩恩时，却被天道佩恩突然抓住。
雏田看到鸣人被抓，心急如焚，她不顾自身安危，冲上前去想要救下鸣人。然而，她的实力远远不及天道佩恩，很快就被天道佩恩打伤。
鸣人看到雏田受伤，误以为她已经死亡，心中的愤怒瞬间爆发。他的身体开始发生变化，九条尾巴逐渐显现出来，最终爆发出了八条尾巴。
天道佩恩见状，立刻使用地爆天星来困住鸣人。鸣人在地爆天星的强大力量下，逐渐失去了理智，甚至在九尾的怂恿下，准备揭开自己身上的封印。
就在关键时刻，四代封印的查克拉突然现身，阻止了鸣人的行为。四代告诉鸣人他的身世，原来鸣人是四代的儿子。
四代与鸣人交谈后，重新封印了九尾，并将自己的查克拉留给了鸣人。鸣人在四代的帮助下，成功脱离了地爆天星的束缚。
恢复理智的鸣人，用螺旋丸打败了天道佩恩，并通过天道佩恩找到了佩恩的本体——长门。
在与鸣人的交谈中，长门逐渐被鸣人那坚定的信念和善良的内心所感化。他开始重新审视自己一直以来所坚持的道路和理念，最终决定放弃原定的计划。
长门深知自己的生命已经走到尽头，但他心中仍有一个未完成的梦想。他将这个梦想托付给了鸣人，希望鸣人能够肩负起几代人的使命，实现真正的和平。
在做出这个决定后，长门用尽最后一丝力量，施展了一种强大的忍术，将这次突袭中被他杀死的所有人都复活了过来。这一举动让所有人都大为震惊，包括鸣人自己。
完成这一切后，长门缓缓闭上了双眼，结束了他充满争议的一生。鸣人默默地看着长门离去，心中感慨万千。
随后，鸣人送别了小南，带着长门的遗愿回到了木叶村。当他踏入村子的那一刻，所有的村民都沸腾了。他们热烈地欢迎着鸣人的归来，将他视为英雄一般崇拜。
然而，鸣人并没有被这些荣耀冲昏头脑。他知道，还有更重要的事情等待着他去完成。
不久后，五影会谈召开。在会议上，鸣人和小樱得知了一个惊人的消息：佐助竟然与晓组织联手了！这个消息让他们惊愕不已，因为他们一直都认为佐助是一个正义的忍者。
鸣人决定不能坐视不管，他要出面化解这场危机，阻止佐助继续走入邪道。于是，他毫不犹豫地追上前去，出席五影大会的雷影，希望能够劝说雷影放过佐助。
然而，雷影对佐助的仇恨已经根深蒂固，他根本听不进鸣人的劝告，反而怒斥鸣人多管闲事。面对雷影的愤怒，鸣人并没有退缩，他坚信自己一定能够说服雷影。
在一番激烈的争论后，鸣人暂时离开了会场。他心情沉重地走在街道上，思考着该如何拯救佐助。
就在这时，鸣人在投宿的旅店中意外地遇到了一个神秘人——“斑”。“斑”的出现让鸣人十分激动，他立刻质问“斑”对佐助到底有什么企图。
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