朱天明又说道：“改组的事说完了，我还有点别的事想跟你商量。
我建议在海军中再建立一支海军陆战队，专门负责抢滩登陆或是岛礁争夺。
这次我坐船回来，发现随行的陆军士兵大部分都会晕船。如果抢来发起登陆战，靠陆军士兵坐船渡海抢滩登陆，满船的士兵都晕船了，那几乎就没什么战斗力了。
组建了海军陆战队后，可以针对性地进行训练，也时常让他们随海军舰船出海，以适应海上航行。”
崇祯道：“此议甚好，可以先组建一个师的海军陆战队进行试点，然后再根据需要扩编。
新研发的半自动步枪可以优先配给海军陆战队使用，以增强登陆部队的火力。
还有让军工研究院那边研制一些，适合海军陆战队抢滩登陆时携带和使用的火力压制武器。还有就是船舶所那边要研制专门用于登陆作战的登陆舰艇。”
朱天明道：“好的。我回去安排。另外，我这次去科学院那边，毕大人提出科研所消耗的资金太大，
担心长此以往会给国家财政造成很大压力，所以我们想了个主意，就是把所有科研成果中能民用的部分，都转化为商业用途，用获得的利润补贴科研。”
崇祯道：“这倒是个好办法，说不定盈利还有富余可以反哺国库呢。”
朱天明道：“是的，不过这就涉及到专利保护问题了，我建议在科工部下设立专利注册局。
以后无论是科学院还是民间，所有的新技术都可以注册专利，注册后得到国家保护。但有侵权一律严惩。”
崇祯表示认可，二人商量已毕，崇祯开始召见改组所涉及的相关官员，逐一游说。
二十八日，大朝会上。朱天明上殿之时，崇祯皇帝破例高规格的降阶相迎，并亲自宣旨对朱天明在关外及朝鲜的战功大加褒奖。
但正如二人之前商量的并没有封公爵，而是加封了食禄500石。犒赏参战全军白银20万两，其余有功将领各有升赏。
之后崇祯当朝宣布了改兵部、五军都督府等军事部门为帝国最高统帅部，并宣布了主要官员任命。
撤销东厂及锦衣卫，增设帝国安全部。由于事先已经做好了工作，此次改组基本上没有任何阻力。
待最高统帅部的事情议定之后，崇祯皇帝突然传喻：“传御马监掌印方正化上殿。”
王承恩赶忙让小宦官前去传召方正化，少顷方正化匆忙上殿，跪倒叩首道：“内臣方正化参见陛下。”
崇祯皇帝点头道：“御马监方正化听旨。”
方正化再次叩首听宣。
崇祯皇帝宣布道：“即日起裁撤御马监，御马监掌印方正化即刻解除掌印之职。”
闻言，方正化脸色惨白，以头触地。
崇祯又道：“原御马监掌印方正化即日起除去宦官身份，其家列为军户。改任皇家卫队队长，授中将军衔。”
此言一出，满朝议论之声四起。眼看有几名御史言官要出来说话。
突然，朱天明出班祝贺道：“恭喜方将军，出任皇家卫队队长之职。”
随即朱嘉赫、张之极以及留京未归的马祥麟等人也都出班道贺，满朝议论之声戛然而止。
看到这阵容，那些言官也就明白这个任命是谁的主意了。
由于朱天明整人的手段太过缺德，言官们都不想被他拉去当监军，所以也就没人出来反对。
闻听这任命，方正化先是一愣，随即老泪纵横不住的磕着响头，口称：“陛下圣恩，内臣必当鞠躬尽瘁死而后已，以报皇恩！。”
崇祯道：“方爱卿，注意称呼，以后不可再自称内臣。”
方正化激动道：“臣遵旨，臣谢陛下隆恩。”
随后崇祯再次宣布：“朕还有一事宣布，即日起成立大明帝国海军，由海军部统管，全国水师皆由海军部管辖调遣。
原公海第一舰队提督萧肃担任海军部长，授上将军衔；
原福建水师提督郑芝龙担任海军次长，授上将军衔。
并设立海军陆战队，由万胜任海军陆战队司令官，授少将军衔。”
正在此时，文班之中一人出班，朗声道：“陛下万万不可。”
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