《神界：托尔2》的故事接着《复仇者联盟》。
不过电影一开始并没有从托尔或地球开始，而是讲述了一个关于黑暗精灵的故事。
在遥远的时代，黑暗精灵获得了一个神物以太粒子。
入侵了阿斯加德，奥丁率领众神将其击退，并夺取了以太粒子。
将其封印在阿斯加德里。
而后画面一转，托尔作为这部电影的主角正式登场。
他带着宇宙魔方和洛基回到了阿斯加德。
前者被妥善保管，后者被关押。
虽然洛基不是奥丁的亲生儿子，但其毕竟是神王之子的身份。
不可能处死，只能关押。
奥丁劝说托尔让他忘记在地球上的女友简·福斯特。
但托尔并不想放弃简。
随着托尔的思念，镜头来到了地球。
由于长期得不到托尔的消息，简在家人和朋友的安排下和一名男子在餐厅里用餐。
此时她的好友前来告诉她，她的仪器收到了一些特殊的信号。
她连忙结束约会和好友一起前往异常地点。
突然掉入了一个神秘空间。
在这里她被一种黑色的粒子缠绕，融为一体。
以太粒子泄露了。
此时阿斯加德的奥丁发现了以太粒子泄露的事情，于是派遣托尔前往地球调查。
正好遇到苏醒的简从空洞中出来。
见到托尔，简走过去就是啪啪两巴掌。
第一巴掌是想要确定托尔是不是真的。
第二巴掌是埋怨他这个负心汉，这么久了都不来找自己。
托尔发现简融合了以太粒子于是将其一起带到阿斯加德，寻找解决的方法。
此时蛰伏的黑暗精灵发现以太粒子重新现世，于是派遣伪装人员进入了阿斯加德。
他们通过释放牢房中的囚犯在阿斯加德制造混乱。
并在洛基的提醒下破环了阿斯加德的防护罩。
黑暗精灵大军直扑融合了以太粒子的简而来。
此时王宫里没有太多的守卫，奥丁在前线对抗黑暗精灵大军。
黑暗精灵首领在王宫的一处房间里找到了简。
托尔的母后，阿斯加德的王后弗丽嘉立刻和首领战在一起。
原本她以为都要胜利了，却被因为战斗经验缺乏被首领偷袭杀死。
此时托尔赶了回来，但弗丽嘉已经无法挽回了。
首领见托尔回来，无法夺取以太粒子于是下令撤退。
不久后阿斯加德为弗丽嘉举办了一场葬礼。
哪吒作为天庭的使者前来吊唁。
仪式结束后，托尔找到了哪吒让他帮自己一个忙。
听完托尔的计划，哪吒陷入了思考。
不一会儿后回答道：“我作为天庭的使者，我不可能帮你，而且还要提醒你这个计划太简陋了，我们掌控不住。”
“但我作为你的兄弟，我会帮你这个忙。”
“太感谢了，我的朋友。”
得到哪吒的帮助后，托尔又找到了洛基，说服他和自己一起行动。
不一会儿哪吒带着简来和两人汇合。
简见到洛基就给了他一巴掌，“为了纽约。”
“我喜欢她。”洛基并没有生气，反而笑着说道。
此时哪吒见到洛基，对托尔说道：“你弟弟是个极度不稳定的人。”
“所以我才要叫上你。”
托尔不在意，哪吒也不继续询问了。
四人一起乘坐飞船来到黑暗世界。
洛基和托尔演了一出戏让首领取出了简体内的以太粒子。
此时托尔和隐藏的哪吒同时冲出对以太粒子使用雷电和火焰攻击。
想要摧毁它。
但以太粒子只是散开，并没有被摧毁。
首领见此连忙吸收以太粒子并打开传送门准备入侵地球。
两人想要阻拦但被首领的将领阻拦，而且还在打斗中击杀了洛基。
看着化为冰雕的洛基，托尔悲痛交加。
但他还有事要做，三人在一处山洞里找到一个通往地球的通道。
来到地球，哪吒看什么都很新奇。
但托尔却带着他找到了简的研究机构。
艾博士看着哪吒感叹道：“我又见到了一位神。”
此时黑暗精灵的首领已经带领着军队来到了地球展开了进攻。
托尔和哪吒立刻迎战。
普通士兵两人能够轻松应对，一雷一火炸的这些黑暗精灵到处乱飞，尸横遍野。
但吸收了以太粒子的黑暗精灵首领还是让两人有些为难。
此时简利用自己制作的装置干扰了这个区域的空间波动，使得三人在地球黑暗世界来回穿梭。
最后首领不耐烦了直接召唤出以太粒子，想要污染地球。
但他也露出了破绽。
此时托尔浑身神雷，哪吒亮出三头六臂。
两人合力将黑暗精灵首领击杀。
让以太粒子暴露了出来。
两人实验了很多方法都没法将其消灭，储存封印又会泄露。
于是哪吒将其暂时收进一个木盒里，准备带回天庭让自己的师傅太乙真人帮忙。
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