交战双方更多的，还是开始偏向于使用大当量核子武器，或者是电磁镭射炮武器。
这两种作战武器虽然都需要使用对应的物质弹头，每一艘作战舰船之中的弹头储备数量都相当有限，很多弹头甚至都是有着几十年历史的陈年老货，相比于超能激光炮可以无限使用的特点来说显得弱势了许多，必须要节省着使用，但是在此时的作战环境之中，这两种武器装备还是有着它们各自无法掩盖的优势的。
比如说大当量核子武器，以交战双方部队的宇宙级文明技术水平，它们制造的大当量核子武器在体积上可以说都已经做到了一定的极致，一只重量只有白来公斤、大小更是显得微不足道的核子武器弹头，每艘作战舰船之中虽说配备的数量有限，但是少少的弹头储备数量也是多达上百发的，至少打这样一场短时间的近距离作战行动，那还是绰绰有余的。
更加难能可贵的是，大当量核子武器的威力辐射范围极大，已经爆炸的话周边几千上万攻击的范围内都是爆炸威力的影响范围，如此大的威力辐射范围再加上核子弹头之上装载的智能导航、引爆系统，这些核子弹头已经发射出去不单单可以自动向着目标靠拢过去，抵达近距离范围之内才会引爆，更有甚者，一旦这些核子弹头发现有着其他的敌方舰船目标进入到爆炸威力范围之内，它们也同样会自动分析利弊，主动引爆核子弹头。
所以这些大当量核子弹头武器发射出去之后，很多时候都是不命中敌方目标就不会引爆的。而往往已经引爆的话，即便是不能够直接摧毁敌方目标，也能够给敌方舰船造成一定的损伤，让其丧使一定的航行、作战能力。
三大宇宙级文明的作战舰船在这种舰船彼此交织、混战的情况下就最喜欢使用这种智能的大当量核子武器。
一发发的核子弹头发射出去以后，三大宇宙级文明作战舰船根本就无需对其继续多加理会，这些三大宇宙级文明作战舰船只需要一门心思得向着敌方舰船靠拢，甚至直接一头撞在敌方舰船的身上与其同归于尽，在此过程中这些核子弹头一旦发现了有利的引爆时机，直接就会自动引爆弹头，瞬间摧毁周边一切物质。
三大宇宙级文明方面仗着己方舰船数量上有优势，即便是和上古文明作战舰船同归于尽也都合算非常，所以在对这些核子弹头的引爆要素设定上，往往根本就不在意己方舰船会不会被爆炸威力波及到，只要被波及到的三大宇宙级文明作战舰船的数量少于上古文明作战舰船，那这些核子弹头就可以随意启动爆炸程序。
所以在战场上随着三大宇宙级文明方面发射了大量的核子弹头出去，往往就会出现一些毫无征兆之下就有超巨型蘑菇云瞬间诞生的情况，一些上古文明作战舰船包括三大宇宙级文明作战舰船，往往毫无半点心理准备的情况下就被一波蘑菇蛋的爆炸性威力席卷之下给带走了。
不过在经过了多次的核子弹头洗礼之后，上古文明作战舰船也开始对这些核子弹头百般防范了起来，舰船雷达都是将这些核子弹头当成了最最需要重视的目标，往往不等舰船开过去，但凡是发现了周围存在有这些核子弹头的踪迹，率先一波超能激光炮就先用了出去，定点清扫那些核子弹头。
超能激光炮虽说毁伤效果常常不如人意，但是面对着这种连光速都达不到的核子弹头，它们却通常都是手拿把掐，一发超能激光炮之下瞬间核子弹头就都被提前引爆了。
所以在上古文明舰船部队方面开始严防死守这些核子弹头之后，双方部队真正能够拿得出手，能够对敌方造成有效杀伤的作战武器就只剩下了电磁轨道炮这一种了。
电磁轨道炮发射的物质弹头虽然速度无法和激光武器相比，威力范围也无法和核子弹头相提并论，但是这种电磁轨道炮却也有着它们自己的独到优势。
比如电磁轨道炮的威力极其巨大，达到亚光速速度的电磁弹头，一经发射出去之后其威力是具有毁灭性的，正面命中一艘作战舰船的话，无论它是三大宇宙级文明的作战舰船，还是上古文明的作战舰船，一击毙命都是再正常不过的事情了。
电磁轨道炮弹头所携带的巨大动能杀伤威力，就算是命中了星球地表都能够随随便便形成一个狰狞可怖的陨石大坑，命中了作战舰船的话那真的是碰着死擦着伤，威力是无可抵挡的。
而且因为电磁弹头使用材料拥有极好的特性性能的缘故，就连超能激光弹头对电磁轨道炮弹头也都不具备什么有力的损毁作用，除非超能激光炮接连对一枚电磁弹头进行长达几十秒钟时间的聚焦照射，这样才能够将一发电磁弹头给彻底融化成粒子态，甚至即便是被融化成粒子态的电磁弹头只要命中目标的话，那也依旧是能够造成相当的杀伤力的，至少融烧毁作战舰船的表面装甲，在作战舰船上洞开一个大洞还是不成问题的。
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