“既然抢攻已经失败，那当下之际也为由按部就班地拿下京都了。”六角定赖率先开口，“我们各自步步为营，一个寺社一个寺社，慢慢地将推进战线，把北军赶出去”
“既然如此，今日又为何要撤兵？”织田信长马上又插嘴道：“本来我都已经拿下二条城了！你们但凡继续进攻，牵扯三好军不能回援，这仗都赢一半了？”
“织田三郎，你的补给够吃几天？”朝仓宗滴抬眼看向织田信长，后者立刻说不出话了。
“我们此役是抢攻，只带了少量兵粮，就是想试试看能不能再长尾家赶到之前，打北军一个出其不意。既然没能成功，那就只能从长计议。先把补给线铺设过来，疏通好粮道后，再向京都深处推进。”武田晴信也为自己的指挥方针辩护道：“十万人级别的对决，不要想着毕其功于一役，除非有一方出现离谱的失误，否则是很难在一天里分出胜负的。做好长久拉锯战的准备吧。”
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天文十四年（1546）年4月7日，京都。
经过后勤调整后，南军将补给线顺利地从槙岛城延伸到了京都南段。以伏见稻荷大社为粮仓，大规模地囤积来自于南北近江和大和国的粮食。也以伏见稻荷大社为本阵，开始发动对京都的攻略。
南军变阵后，北军也改变了战略随林寺-长福寺-泷尾神社-智积院一线，准备充分利用京都的每一寸土地，和南军展开拉锯。在第一次京都合战中消耗较大的大友军、大内军、尼子军、三村军、一色军和毛利军被替换到了二线，这次驻扎到一线的则是上次被部署在后方担任反击预备队的生力军们：随林寺的长尾军、长福寺的赤松军和浦上军、泷尾神社的山名军和河野军、智积院的游佐军和波多野军。
与之相对，南军同样让先前损耗较大的部队留作二线，选择让“静坐”了大半天的部队们率先发起攻势。其中，斋藤军、织田军、北条军经由东山桥进攻长福寺、随林寺；朝仓军、浅井军进攻泷尾神社；六角军、若狭武田军进攻智积院。
可战斗开始的第一天，战况就不容乐观。
与第一次京都合战不同，这一次北军的抵抗意志要更加坚决。之前能轻易占据的泷尾神社和智积院，这次却遭遇了激烈的反抗。朝仓军也是南军劲旅，可耗时大半天，仍然只是夺下了泷尾神社的一半建筑，不过总算是压制住了山名军、河野军。朝仓宗滴本想指示浅井军迂回到侧面进攻，可浅井军的战力实在不敢恭维，迂回行动也被轻易地挫败了。
而在另一边的智积院，面对游佐军和波多野军，六角军和若狭武田军却几乎毫无建树。六角定赖的军略造诣虽然远在游佐长教和波多野晴通之上，可六角军已不再是当年那支能征惯战的劲旅，更别提若狭武田军这种鱼腩。与之相比，游佐军和波多野军近年却一直过着刀头舔血的日子，士气高昂，死守不退之下令六角军和若狭武田军没有办法。猛攻到下午，仍然难以突破智积院的阵地。
但比起西行进攻东山桥的织田军、斋藤军和北条军，鸭川东岸的南军已经算好的了。赤松军和浦上军的战斗力虽然不行，很快就被南军夺下了东山桥的控制权。然而作为先锋的北条军连脚还没站稳，不幸就已经发生了。
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