第二幕蝴蝶夫人家中
幕起时，已是平克顿随舰队返美三年之后。平克顿返美国杳无消息，蝴蝶夫人已生下一个儿子。母子俩人住在这幢精巧的小屋中倒也舒适，从敞开着的门望进去，只见巧巧桑在榻榻米上躺着，女仆铃木在神龛前喃喃地祈祷。巧巧桑对女仆铃木的祈祷感到厌烦，她在一旁讽刺地说：“日本的神明最懒惰，从不听她的祷告，她相信美国的的上帝比较勤快，只要你去祈祷，他就很快给你回答，但是我担心，我们受苦，他不知道。”显然，他们的日子很拮据，从家里的摆设和两人身上的衣装就看得出来。女仆铃木叹息道：“如果他把我们都已忘掉，那日子可怎么过下去?”这话巧巧桑可不爱听了，她坐了起来：“为什么你不相信我的丈夫一定会回来?他决不会抛弃他的小蝴蝶！”“我从来没有听说过，外国丈夫会重新回来。”
巧巧桑真的生气了，她抓住铃木的衣领用力地摇：“什么?你说什么?”然后，她对着铃木，更是对着她自己唱道：“当那天我们分别的时候，他曾温柔地对我讲：“啊，小蝴蝶，当那玫瑰花儿开放，当那春暖花开的日子里小燕子在天空高高地飞翔，我就会回到你的身旁。”铃木早就听够了她的这些话，对此不抱任何希望，蝴蝶夫人则是坚定地表示：“她心爱的丈夫平克顿一定会回来，“巧巧桑站起身来，对着大海开始表演着她天天幻想的情景（咏叹调：在那美好的一天）：“在那晴朗的一天，那遥远的海面上，我们看见了一缕黑烟，有一只军舰出现。那白色的军舰驶进港湾。礼炮轰鸣，看吧，他已来到!我不去和他相见，站在山坡这边长久地向海港张望，期待着和他幸福地会面。他快速地奔跑，越来越近，奔向这边。“我亲爱的小蝴蝶，你在哪里?”我一句话也不讲，悄悄躲在一旁。我的心儿狂跳，满腔的热情像火焰在燃烧。他在不停地喊叫：“我最亲爱的小蝴蝶，快快投入我的怀抱！”这声音还像以前一样美好，
一切的痛苦都会忘掉。相信我吧，铃木，他一定会来到!主仆俩正讨论这件事的时候，美国驻日本领事夏普勒斯登门拜访，他此番前来就是要告诉蝴蝶夫人：他已经收到平克顿的来信。说他在美国已经结婚，烦夏普勒斯将此事告诉巧巧桑，让她依照日本手续解除婚约。看到纯洁的巧巧桑，对平克顿异常忠贞。夏普勒斯左右为难。就在此时，婚姻掮客五郎带着日本贵族山鸟公爵上门，说是要帮蝴蝶夫人再次相亲（因为根据日本习俗，如果丈夫遗弃了妻子，就视同离婚）；蝴蝶夫人表示，自己嫁给了美国人，就应该依照美国的法律，哪还管日本的习俗呢？说罢，便将五郎与山鸟公爵请出门。这时，夏普勒斯才将平克顿的来信慢慢读给蝴蝶夫人听：“亲爱的朋友，请你帮忙去看看我那美丽的小蝴蝶……”“他这样说吗?”巧巧桑高兴地叫了起来。“是这样写着。领事接着读：“从那个难忘的日子起，已经过了整整三年。”巧巧桑自言自语道：“不错！”“可能我的小蝴蝶已经忘掉了我。”“忘掉他?铃木，你说我能吗?”铃木没吭声。
领事接着读：“如果她还记得我，等我到现在，……”“当然啦，我是在等呀！”“朋友，我请求你，”领事很不情愿地继续读道，“相信你一定能办好此事，悄悄准备好一切……”巧巧桑有点不安地问：“他想怎么样?”领事小声自言自语说：“把她抛弃。”夏普勒斯试探地问蝴蝶夫人，如果平克顿不再回来时，你将怎么办？巧巧桑毫不犹豫地回答：“一种是重理旧业为艺妓卖歌娱客，另一种即是自杀。夏普勒斯听了大惊，他劝巧巧桑还是答应嫁给山鸟公爵。她听了这些话，便开始怀疑平克顿是否真的负心了，她叫铃木将她的儿子抱来。铃木跑进里间，从里面抱出一个金黄色卷发的小男孩，说他名字叫“苦恼儿”这可把夏普勒斯难住了，满脸是泪的巧巧桑，紧紧抱着孩子，跪在地上凄恻哀怨地唱着：“我亲爱的孩子，你可知道?也许有一天，我和你一起流浪在街头，在暴风雨中，我们向路人伸出可怜的双手。也许要忍受着屈辱，不，永远不!这样的日子实在太痛苦!想到今后，巧巧桑绝望至极。领事先生也难过地流下了眼泪，他不忍再和巧巧桑谈下去了，便向母子俩道别，离开了这座充满了悲哀的房子。
这时，女仆铃木喊叫着冲进来，手里拽着一个人，原来是五郎。铃木告诉巧巧桑，这个该死的家伙在外面胡说八道，说巧巧桑的孩子将遭到噩运。巧巧桑气得冲向五郎，大声骂他，，又从墙上摘下匕首，威胁着要杀了他。趁铃木去抱孩子的当儿，惊惶失措的五郎跑了。
巧巧桑呆立在房间中央。突如其来的事情让她发懵。女仆又在喊了，“听啊，海边码头有炮声!”两人奔向窗口，向外面的大海张望。果然，有一艘白色的军舰驶进了港湾，上面还飘扬着醒目的星条旗。巧巧桑激动得心都要停止跳动了，她已经看到了军舰上的字：林肯号。“就是它，我丈夫的军舰！”她大声喊道：他马上就要来啦，啊，我是多么幸福！”巧巧桑让铃木赶快把花园里的花朵全部摘下来，摆满房间，迎接归来的丈夫。铃木也被巧巧桑的快活感染了，她们唱起了一首活泼的二重唱：“我们要让屋子里，充满春天的芳香，让这里就像花园一样，春光荡漾!”
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