武藏在充满神秘色彩的阿罗拉地区展开了她精彩刺激的冒险之旅，而在这里，她所收服的第一只宝可梦，竟是一只周身散发着邪恶气息、充斥着强烈怨念的奇特存在。这只宝可梦对于皮卡丘怀有特别深的怨恨，每次一见到皮卡丘就如同点燃了火药桶一般，立刻变得暴躁异常，毫不留情地向皮卡丘发起猛烈攻击，非要分出个胜负不可。这种场景不禁让人回想起当年武藏那只凶猛无比的饭匙蛇与猫鼬斩狭路相逢时的激烈战况，二者如出一辙。
这只名为谜拟丘的宝可梦实力不容小觑，它拥有一项独特的特性——画皮，正是靠着这个神奇的特性，它竟然能够两次成功抵御住原本对它有着极大克制作用的铁尾攻击！不仅如此，谜拟丘的绝招嬉闹更是威力惊人，仅仅一击便足以让皮卡丘瞬间丧失继续战斗下去的能力。
然而，想要收服这样强大又难缠的宝可梦可不是一件容易的事情。武藏一开始接连抛出了许多个普普通通的精灵球，但无一例外都以失败告终。不过，功夫不负有心人，在尝试多次之后，武藏终于找到了突破口，她灵机一动，决定使用小次郎手中那个奢华无比的豪华球来一试身手。没想到这次幸运女神眷顾了她，豪华球成功地将谜拟丘收入囊中，至此，武藏才算是如愿以偿地收服了这只令人畏惧的宝可梦。
与此同时，在遥远的地方还有一个令人震惊的事件正在悄然发生。秋叶原博士精心创造出来的一种新型宝可梦，被可恶的火箭队给盯上了。他们趁人不备，偷偷摸摸地将这只珍贵的宝可梦盗走，并借助它顺利地进入到了一个神秘莫测的电脑世界之中。进入电脑世界后的火箭队并没有就此罢休，反而愈发贪婪起来，他们妄图利用这个机会大肆偷窃宝可梦传送装置系统中的各种珍稀宝可梦。
在这个虚拟的电脑世界里，一切规则仿佛都被颠覆了。那只被盗走的宝可梦，也就是所谓的零号机，展现出了超乎想象的能力——它居然可以随心所欲地改变自身的形状！当火箭队乘坐着变形后的零号机四处游荡作案之时，不巧与小智一行人驾驶的初号机撞了个正着。一场惊心动魄的激战随即爆发开来，双方你来我往，互不相让。但最终，火箭队还是不敌小智等人，他们所依赖的零号机也在这场激烈对抗中败下阵来。
在火箭队逃离乔伊的杀毒程序的追捕时，零号机被杀毒程序的大炮击中，和火箭队一起掉进了程序的漏洞中，但被小智一行人以及初号机救出了电脑世界。最后初号机和零号机一起回到了秋叶原博士身边。
武藏假借娃娃节的关系，故意买了很多吃的东西，结果全被一只野生的大舌头给吞了，在武藏愤怒之下，把它给收服起来。它的舌头能像变色龙一样伸长，对手被它舔到会有刺痛和麻痹的感觉（但对小霞的可达鸭不好使）。后来在与阿德的果然翁交换，因此失去了它。
在度假的海边，火箭队在坂木的别墅打工。在寻找食物的时候从沙滩里面挖出来的大舌贝。被小次郎的双弹瓦斯打败，但由武藏抢到收服的。但在最后意外咬住西野森教授的呆呆兽而一起进化成呆壳兽，从此便离开了武藏。
被鲤鱼王大叔伪装成丑丑鱼卖给武藏。
原本是南瓜伯爵的宝可梦，南瓜伯爵想用其与武藏的南瓜精进行交换。武藏得知其可以进行超进化后答应进行交换，但后来双方都后悔交换了宝可梦，所以武藏再次用大嘴娃交换回已进化的南瓜怪人。
少女时期的武藏梦想着当一名宝可梦护士，于是误打误撞进了吉利蛋护士学校，并在那里遇见了这只吉利蛋。它有点笨手笨脚，什么事情都做不好，于是武藏经常帮它善后。可是因为武藏不能像吉利蛋那样唱歌安抚病人，反而经常被旁边的歌声弄得睡着，因而没法毕业，但是吉利蛋在她的帮助下顺利毕业了。毕业典礼当天，吉利蛋追上武藏，将象征宝可梦护士身份的自己的挂坠分成两半，留了一半给武藏作为纪念。
幸福蛋的快乐护士里，小智一行人来到快乐镇的宝可梦中心，见到了已经进化成幸福蛋的这个笨手笨脚的护士。当时乔伊小姐在休息，幸福蛋非常热情地想接待小智他们，却搞得一团糟，甚至害得小智饿着肚子灼伤后背地睡觉。之后，尾随小智的火箭队三人组来到宝可梦中心，幸福蛋认出了武藏，并且给了他们很多食物。
第二天，乔伊发现食物不见了，看过监控录像后发现是幸福蛋做的，于是她问责幸福蛋，而火箭队于心不安地来归还食物却还是晚了一步。小次郎安慰焦虑的武藏，向乔伊他们说谎称幸福蛋是被他们逼迫才搬走食物，可是幸福蛋看见武藏却开心地跑过去。武藏“狠心”地攻击幸福蛋（实际上她要求阿柏怪和大舌头“轻一点”攻击）并以皮卡丘作为威胁，最终让皮卡丘将他们打飞，而食物安全地回到了宝可梦中心。众人都非常高兴地把食物拿回去，而幸福蛋望着武藏远去的方向有些忧伤。
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