早在第二十九个千年（M29）的时候，帝皇创造了名为【原体】的强大基因造物，计划将原体作为自己的大将，率领二十支星际战士军团为人类帝国征战银河。
但是因为一场事故，还处在胚胎时期的原体们，被卷入一场亚空间爆炸中，分散到银河系各处。还没长大就与他们的“父亲”——帝皇分开。
时不待我，人类世界毁灭迫在眉睫，虽然失去了原体，帝皇还是亲自率领星际战士军团发动了收复人类领土的大远征。而就在大远征中，帝皇陆续找到了失散的原体们。
这些据说拥有帝皇本人基因的强大战士、完美领袖以军团领导者的身份，重新回归帝皇麾下，加入他大远征的伟大事业中来。
在原体的带领下，星际战士军团以雷霆之势消灭了无数敌人，迅速收复了一个个人类世界。
其中，战功赫赫的第十六军团原体荷鲁斯·卢佩卡尔，被帝皇授予【战帅】的光荣头衔，代替他率领大军继续完成剩下的大远征。
而帝皇本人则返回泰拉，进行某项秘密的研究。
正是这项决策，为人类帝国的再次分裂埋下了祸根。
星际战士视原体为父亲，原体视帝皇为父亲，尊敬与崇拜，忠诚地追随着自己的父亲。但或许是大远征近战过于顺利，帝皇并未意识到，他和原体的父子关系并非那么融洽。
而在人类世界重新迎来光荣复兴的背后，有某些强大邪恶的力量，早已渗透到人类世界和星际战士军团之中。
005.M31，第三十个千年的第五年，名为【荷鲁斯之乱】的人类历史上最大的叛乱事件，在伊斯特凡星系上揭开序幕。
战帅荷鲁斯，带领其他八位原体以及整整九个星际战士军团突然发动叛乱，猝不及防之下，对人类帝国造成重创。叛变之初就有整整三支忠诚派星际战士军团被几乎成建制的屠杀消灭，第十军团钢铁之手的原体费鲁斯·马努斯更是当场战死。
事后证明，战帅和这些军团投靠了混沌阵营——存在于亚空间中的邪恶势力，【混沌恶魔】。在恶魔帮助下，战帅荷鲁斯带领叛军一路推进到帝国中枢，神圣泰拉，并大兵压境朝自己的母星发起狂轰滥炸，包围了帝皇所在的皇宫。
一如古老的戏剧一样，弑父情节不断上演，逆子谋夺皇位，荷鲁斯誓要诛杀堕落的帝皇，自己应当荣耀加冕为人类之主。
007.M31年，荷鲁斯终于如愿以偿在泰拉上和帝皇对决，以单对单决斗这种古老而荣耀的方式来决出谁才有资格统治人类。得到混沌诸神力量加持的荷鲁斯力量无比强大，而帝皇却是人类甚至整个银河系有史以来最强大的灵能者，几乎可与诸神比肩。
那一战昏天暗地，日月无光。据说两人战斗碰撞产生的余波都足以撕裂泰拉，毁灭一颗星球。
最终，帝皇赢得了这场艰难战斗的胜利，亲手斩杀了叛徒逆子。但自己也身受重伤，不得不坐上名为【黄金王座】的装置，终身不得离开，并且无法再直接领导帝国。
更糟糕的是，祸首虽已伏诛，但叛军势力仍在，并且投入了亚空间恶魔的阵营，在混沌势力庇护下逃入亚空间，分散到银河各地作乱。从此之后成为帝国的附骨之疽，一直为帝国带来混乱。
而被帝皇视为继承者们的忠诚派【基因原体】的相继失踪，更是让帝国陷入了群龙无首的境况。
帝国进入了凡人统治的时代，十二个最重要的权力机构首脑组成的【泰拉至高领主议会】，成了帝国的实际统治者。
事实证明，在这个恶魔横行、异形肆虐的宇宙，缺乏一个强而有力的领导者的凡人政权，根本无法维系庞大的人类帝国。
很快，泰拉上的领导者们就因为暂时的和平，争夺权力，重新陷入了内耗之中。帝国在腐败和混乱中渐行渐远，宗教势力趁机兴起，对科学和理智的信仰被推翻，混乱和黑暗随着人类帝国从上至下重新陷入蒙昧愈演愈烈。
而蒙昧封建的思想也在混乱和黑暗中越发滋生牢固。
刚刚完成再度统一不久的人类世界，又不可遏制地缓慢滑入分裂、混乱的绝望深渊之中。混沌恶魔、外星异形、野心家在帝国各地发起战争，掀起叛乱，人类帝国只能依靠到处派遣舰队，不断发动战争，甚至实现【灭绝令】——连同所有生物消灭一整颗星球——来维系脆弱的帝国统治。
每一刻帝国的疆域之中都有战争发生，每一秒钟帝国之中都有数以百万计甚至千万计人类死亡。混乱、屠杀、战争和死亡，构成了银河系黑暗的主旋律。
就在这样而混乱和慢性衰亡中，人类帝国艰难地熬过了从M31到M41的痛苦的十个千年，整整一万年，一百万个人类世界，数以亿亿计的人类过着在黄金时代的先人们看来，猪狗不如的生活。
在无法想象的压迫中，在贯穿出生到死亡的战乱纷争中，人类整整挣扎了一万年！
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