然而海战大捷的战报刚刚送去京城，小野十郎的倭寇舰队利用明军和西洋海盗交战无暇他顾的空隙，越过绵延千里无法尽防的海岸线，偷袭上岸，开始大举入侵。
倭寇舰连千百，蔽天遮日，山东、江苏、浙江、福建，大明沿海数千里郡县同时告急，上了岸的倭寇势同猛虎，一时狼烟四起。
崇祯五年四月初八，倭寇攻击浙江宁波卫所。同日，另三股倭寇进攻太仓县、乍浦县，劫掠了平湖、海盐、海宁等地，杀死杀伤官军数百人。四月九日，大股倭寇攻入上海、江阴等地。
四月初十，倭寇攻击山东黄县，杀死县丞吴世扬，抢掠、收集民船，沿海南下进入江苏地境，与另一股倭寇汇合，在利用细作的情报设伏，大败前来支援的卫所官兵，明军一千两百人被伏击，死亡四百余，败兵仓惶渡河逃走，又有近三百人自相踩踏溺水而亡，领军的卫指挥使也被杀害。
倭寇气势大盛，接连三日，有几股倭寇分别攻击道州、泰兴、海宁、嘉兴、扬州等地，明军卫所官兵前追后堵，败多胜少，各地都指挥使剿寇不利，倭人利用收买的眼线避实击虚，处处得手，锦衣卫、国安局、东厂三个机构的军情急报如雪片般飞往京城。
收到倭寇进犯的消息，崇祯大怒，四月二十一日，以八百里加急快报下旨，命令大明国公、武王杨乐紧急总督浙江、山东、两广、福建的水师军务，全权负责剿寇事宜，并赐天子剑，凡有贻误战机者或者害怕逃跑者格杀勿论！
一时间，沿海各地又开始行动起来。杨乐把台湾事宜安排妥当，便扬帆起航，挥师福建。
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