然而，这种论功行赏的结果并非皆大欢喜，尤其是李适。李适是政变的重要领导人之一，但在政变后仅被任命为汉城府判尹，而相比之下，训练大将李兴立只是被临时收买为内应，在政变时按兵不动，却被特授为工曹判书，最终名列一等功臣，李适则屈居二等功臣。这种明显的不公让李适内心极度不满。
天启四年（1624年）正月十七日，前教授文晦等人告发李适等人心怀不轨。当时，李适以副元帅的身份出镇平安道宁边。仁祖决定先不动他，而是派人逮捕他的儿子李栴和同党韩明琏等人。正月二十四日，李适杀死仁祖派人逮捕他儿子的使者，正式起兵叛乱。李适麾下有余名精锐部队，初期势不可挡，直逼汉城。仁祖在二月初八日夜奉仁穆大妃并率宗亲百官仓皇逃往公州避难。次日，李适入京，拥立兴安君李提（仁祖叔父）为王。
然而，李适的叛乱并没有持续太久。二月初十日，都元帅张晚率领的官军击溃了李适的叛军。李适父子及韩明琏等在逃亡途中被部下所杀。二月十八日，仁祖从公州返回汉城，重新掌控了局势。
李适之乱平息后不久，宗主国明朝方面也传来了对仁祖的利好消息。仁祖在政变后立即派李庆全出使明朝，通报政变之事，并请求明朝皇帝册封他为朝鲜国王。然而，明朝最初认定其为篡位， 延迟 不予册封。在朝鲜使臣的恳求和驻扎朝鲜境内椵岛（皮岛）的明将毛文龙的帮助下，明朝从“联鲜制奴”的战略考虑出发，决定批准仁祖的册封。天启四年（1624年）四月二十日，仁祖从归国使臣那里获得了明熹宗的准封圣旨，翌年六月初三日，由明朝使臣太监王敏政、胡良辅主持册封典礼，仁祖在国内的合法性得以确固。
尽管如此，仁祖治下的形势并不强于光海君时期。百姓生活并未明显改善，失望情绪在朝鲜社会不断蔓延。光海君时期权贵所掠夺的土地，仁祖不但不归还原主，反而听任政变功臣据为己有，人们叹息：“只是变了下主人而已啊！”讽刺仁祖及政变功臣的歌谣也开始出现，如“嗟尔勋臣，毋庸自夸，爰处其室，乃占其田，且乘其马，又行其事，尔与其人，顾何异哉？”“孰谓清时？今亦昏时。昔在昏时，爵人以贿。今在清时，爵人以私。”
四、两次胡乱
仁祖即位之前，后金已经攻陷了明朝的辽东，并对辽西虎视眈眈。明将毛文龙转进朝鲜境内的椵岛（皮岛），对后金后方构成了威胁。仁祖政变之际，仁祖政权斥责光海君忘恩背德，私通后金，并标榜要同明朝“协力讨虏”。但实际上，仁祖采取了对后金的不刺激政策，维持了几年的和平局面。然而，皇太极成为后金的新任汗后，情况发生了变化。皇太极一直是对朝强硬论者，加之继位后内部不稳，又发生饥荒，需要通过对外战争来转移和缓解矛盾。
天启七年（1627年）正月，皇太极派其堂兄二贝勒阿敏率军进攻朝鲜，同时将明将毛文龙列为进攻目标，史称“丁卯胡乱”。后金军无法渡海攻击毛文龙在岛上的据点，但迅速攻陷了毛文龙在陆上的铁山据点。对朝鲜的攻势更是势如破竹，从义州、安州、平壤一直打到黄海道的平山。仁祖率仁穆大妃和群臣避难于江华岛，同时命昭显世子分朝于全州。后金军的目的并非占领朝鲜全境，而是迫使朝鲜屈服。双方在短暂交战后展开外交交涉，三月初三在江华岛达成盟约，双方结为兄弟之国，阿敏撤军时又擅自在平壤与朝鲜人质原昌君李玖另立一约，规定朝鲜向后金输岁币。不久，后金又要求朝鲜 开 市 中江，与之贸易，朝鲜被迫一一答应。
然而，朝鲜与后金之间的关系并未因此缓和。朝鲜给后金输送的“岁币”质量低劣，被皇太极退回；朝鲜答应会宁开市，却迟迟不兑现；朝鲜放任越境采参和狩猎，以及在后金逃人问题上的争端，使得两国关系进一步恶化。更重要的是，朝鲜在明金之间的暧昧关系，一面称臣明朝，一面与明的敌国后金修好，这种双重立场注定不能持久。
崇祯八年（1635年），皇太极征服蒙古察哈尔部，以获得传国玺为借口欲称皇帝，朝鲜自然不肯就范。崇祯九年（1636年）二月，皇太极派龙骨大（英俄尔岱）、马夫大（马福塔）及数十名蒙古人来朝鲜，借春信、吊祭（仁烈王后之丧）为名，劝朝鲜请皇太极进帝号，仁祖君臣对此反应强烈，坚决拒绝。三月初一日，仁祖晓谕朝鲜八道，痛斥后金“僭号”企图，命令官民做好抵抗后金的准备。同年四月十一日，皇太极在盛京即皇帝位，改国号为大清，朝鲜春信使罗德宪、回答使李廓虽被迫参加贺礼，但拒绝三跪九叩，被皇太极遣返回国，清朝与朝鲜的紧张关系骤然升级。
在随后的几个月里，朝鲜分化为金尚宪为首的斥和派与崔鸣吉为首的主和派，斥和派占朝鲜士大夫的绝大多数，但仁祖内心偏向主和派。十月，仁祖向清朝派遣译官送去国书，委婉表达恳求和谈之意，却遭到皇太极拒绝，战争遂不可避免。仁祖一面命令平安道等地修缮城堡，防备入侵；一面强化对明关系，将斥绝后金之举转咨皮岛，得到明崇祯帝的“奖敕”，并派金堉以冬至使出使明朝，请求明廷提供硝石、硫磺。
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