2000拳皇最终落下帷幕，何家欣再一次成为冠军，相比于之前几年，格斗家们已经有了极大的提高，而音巢组织的阴谋再次宣告失败，一年过后，却是一张邀请函送到了何佳欣的手里。
“先发先至？”
何家欣手中竟是2001拳皇的邀请函，主办方却不是他自己，神乐也没有参与，说明此次拳皇就是音巢组织的反击！
除此之外，之前参加拳皇的格斗家也都收到了邀请函，一场人数众多的拳皇比赛即将开始。
京队延续了上场比赛的阵容，只不过京经过一年的锤炼，恢复身体后，实力突飞猛进。
八神听到老对手京参赛了，也就答应了拉蒙，塞斯，温妮莎三人的邀请，加入，而他们的目的也是音巢组织。
K队则是因为上次比赛出工不出力怕音巢组织追究，于是三人脱离了音巢组织，刚好遇上麟（为了加入音巢组织而杀害了所有族人的泷）。四人目的一致，都是为了音巢组织，所以组成一队。
值得一提的是，K和薇普都知道了自己的记忆，两人都是被音巢组织改造，K移植了京的火焰，但这火焰十分危险，强如K都要红色手套抑制，而薇普则是K姐姐的复制体，K姐姐在改造过程中死亡，但她的身体适合克隆，于是薇普就诞生了。
何家欣早在99拳皇就找到他们并告知了他们的记忆，在一年又一年的寻找答案之中，也就相信了何家欣，期间也是互相合作多次，若不是和何家欣有约定，早就叛出组织了。
第四组则是饿狼三人组加上比利，本来特瑞都打算不加入，但是安迪硬要拉着他和东丈加入，目的不明，另外吉斯也对音巢组织所感兴趣，所以比利带着目的加入饿狼队，重新启航。
第五组则是怒队，哈迪伦重新江湖，拉尔夫和克拉克紧随其后，最后一个名额给到了山崎龙二，本来哈迪伦并不想让这位毫无组织的人加入，但是利安娜如今生活的很好，就利用金钱让其加入。
第六组龙虎队，坂崎拓马，坂崎良，罗伯特，如月影二。
第七组音巢队，库拉，K9999，安琪儿，福克西。
第八组镇元斋，拳崇，包，全勋。
第九组金甲唤，陈国汉，蔡宝奇，李梅。
剩下的就是女子队。
夏尔米带队的红色玫瑰队，由薇丝，舞，李香绯组成。
神乐带队的黑色郁金香队，由百合，香澄，利安娜组成。
雅典娜带队的黄色向日葵队，由麦卓，玛丽，琼组成。
十二组队伍都是四人组成，参赛队伍已然就绪，地点也是定了下来，竟然是音巢总部。
如今的音巢组织摇身一变，变为合法的公司，以全新的面貌面对全世界，所有人都在犹豫去不去时，何家欣带领着女子队已经出发。
何家欣出发的消息在格斗界引发轰动，其余的参赛选手也是一一跟上，天塌下来有他顶着。
音巢组织座落在一处孤岛上，说是孤岛可以说成是一片岛屿，岛屿中最大的一个岛就是比赛场地。
此时所有人都聚集在比赛场地中央，三位神秘人出现了，两男一女，中间的是一位老头，他就是音巢组织的总负责人，身边男的是他的儿子，女的是他的妻子。
“我已经等不及你们的比赛了，开始吧！”
男子一脸深情的望着擂台，身上的大衣无风自动，正要下场比斗时，却被老者拦住。
“比赛将在明天进行，为了以表诚意，胜者可以拥有一次愿望，只要我公司能做到便不会推辞。”
老者的话让众人惊呆了，面对如此强敌的音巢组织能活到现在，无疑是很强的一股势力，一次愿望则是无价之宝。
“还有我的儿子也会在四强赛之前出场，打败他也有奖励。”
丢下这句话，三人消失在原地，留下几位裁判，电视台工作人员和格斗家们。
比赛没有抽签，也没有规则，十一支队伍面面相觑，不知道情况。
“我不参与，你们随意。”
何家欣也知道自己在场，没有人会和女子队和他作对，于是起身在一旁，不打算出手。
没有何家欣在场，所有队伍就各怀心思，缓缓地向关系不错的队伍接近，女子队率先结团，他们已经做好了面对所有队伍的准备。
京和八神最先看不惯眼，两人瞬间交战起来，剩下的队员也是一脸无奈的跟上。
与此同时饿狼队和龙虎队也开始慢慢靠近，他们不是做对手，而是商量着合作对付女子队。
夏尔米和神乐虽然不对付，但此刻情况危急，也还是一致对外，镇元斋则是慢慢靠近雅典娜，怒队也是跟利安娜有渊源，也不好意思动手，五支队伍瞬间形成了最强的一股力量。
“输不可怕，要突破极限！”
何家欣的一句话让女子队联合的想法扑灭，于是女子队忽略掉正在打的京队和八神队，开始分配对手。
利安娜将头发重新绑了绑，独自走出，站在了怒队面前。
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