1286年，元世祖忽必烈扩建此城，并设“亦集乃路总管府”。
1286年（元世祖至元二十三年），黑水城被设为“亦集乃路总管府”，归甘肃行省管辖。并进行扩建，成为元代河西走廊通往岭北行省的驿站要道。
“亦集乃”为“黑水”西夏语称，“亦集” 即“水” 意，“乃” 即 “黑”意，元朝沿用西夏旧称，仍名 “亦集乃”，后世亦称为“额济纳”。
1372年（明洪武五年，北元宣光二年），明王朝派遣征西将军冯胜率领大军西征，以傅友德为先锋，先在永昌击败北元军队，又至亦集乃路，亦集乃路城守将扩廓帖木儿以城降。
明军西至瓜沙二州，扫荡了甘肃全境。亦集乃路的居民被明王朝强行迁入内地，城垣遂成一座空城。
同年末，北元军队又重新占领了亦集乃路，城垣经过兵火之灾，居民已被迁走，驻军将城内的建筑物基本拆毁，所有能用物品都耗费殆尽……
特别是明军在围攻城垣时，切断了河流，额济纳河从此改道北流，亦集乃城的水源断绝，北元军队终于北撤远去，城垣变成一片废墟。
黑水城再次被世人知晓是在19世纪末20世纪初。最早注意到黑水城遗址的是俄国人。
波塔宁在其1884-1885年旅行报告中写道“他们（指土尔扈特人）说有一座古城叫额尔克哈喇布鲁克，意指黑水及东部支流岸边的黑城。
他们说，那里还可见到不大的城垣，即小围墙，四周有许多沙埋的房屋遗迹。挖掘黄沙就能找到银器，小城四周则为流沙，附近无水。
但波塔宁及后来的奥布鲁切夫对黑水城的探寻都以失败而告终。
直至1908-1909年间，通过贿赂当地贵族，科兹洛夫三次到达黑水城遗址，盗掘了大批文物，包括大量的佛经、佛画、文书、字典，以及历法、天文、文学等书籍。
还有以汉文、西夏文、藏文、回鹘文、蒙古文、波斯文等各种文字书写的各类文献。
这些珍贵的文物被运往俄国并在圣彼得堡展出，引起极大的轰动。
这次发现与殷墟甲骨文、居延汉简、敦煌遗书被并称为“二十世纪最重大的考古发现”，为之后的西夏学和其他各项研究奠定了基础。
黑水城也因此闻名世界。
有兴趣的可以翻阅这段历史，过程很复杂，盗掘周期也很长，曲折不逊于盗墓小说。
秋天，可以去那里看看额济纳河的胡杨林，每年都有胡杨节，很壮观，还可以阿拉善戈壁滩去捡拾戈壁玛瑙宝石……
六爷，查干，张文龙他们要为了国宝，和盗挖金靴的俄国人周旋了……
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