来自自然的力量，与它接近的并不多，仙术查克拉或者十尾的尾兽之力，与未凝聚前的尾兽之力有所区别。自然能量可以被吸收用于修炼仙术，而尾兽只能使用忍术。尾兽需要通过打坐吸收自然能量来使用仙术，这表明尾兽和自然能量并非同一个体系。自然能量具有长寿、难以察觉、启灵启智、易受个体意志影响等特点。甚至能够从个体的意志与生理延伸出的掌控方向，即仙术查克拉。
仙术查克拉：
仙术查克拉是在身体能量和精神能量的基础上吸收自然能量后形成的，以消耗仙术查克拉释放的忍术称为仙术。
此基础上吸收自然能量（循环于世界内交融的能量，当然也有因为不同区域的生命、智慧生命、环境纬度产生不同性质的自然能量）并完全融合后形成的。但是，要维持三种查克拉平衡，各占三分之一才能发动。如果超过三分之一，就会被自然之力吞噬，如果不到三分之一，就不能发动仙人模式。
例如，龙地洞一系的物质掌控能力，对于震动的操纵和对震动的感知强化；
妙木山一系的可以操控无主的自然能量来形成无形的攻击，全面强化自身属性形成无形的盔甲，感知能力的大幅度增强。
湿骨林一系的能力虽然还未明确，但柱间说不定就有这类加持，虽然默认为是千手柱间自己修成的，还是可以从蛞蝓仙人推测出会拥有的仙术特点，比如异常旺盛的生命力（生命力并不是身体力量，更像是身体+精神，也就是最抽象的寿命，和直观的回复能力）以及赋予外物相当的活性。
可以说木遁的成因太复杂了，神树因子返祖？有可能。
阳遁+水遁+土遁的近乎血继淘汰的合成？有可能。
阿修罗查克拉的影响？有可能。
自然能量的影响？有可能。
如果说这些都有可能，证据就是阿修罗和因陀罗从来没有表现出仙术，而对尾兽的控制，仙人之眼还说的过去，仙人之体这种只适用自体，如何利用术印去影响外部。
更何况自然的力量，会由于地理的不同，也有不同变种。例如楼兰的龙脉可以时空跳跃，就能怀疑是因为时空受损，导致这块龙脉更活跃的自发修补，因而产生了时空联系，而重吾族地被动具备的类仙术自然能力，则是龙地洞外泄的，有一定非蛇化的稀释自然能量影响，在长久侵染下把重吾族人们的人体，改造成了易受自然力量影响的体质，操纵自身血肉以及可以给外人修补身体的力量，并且可以随意操纵查克拉在自身爆发的能力。说不定这就是他们增强精神、肉体操控的原因，特别是状态好的时候与动物交流、状态不好时，能惊飞小鸟。毫无疑问是精神上和肉体上被自然能量影响了。
秦幸博意识到，阿修罗才可能是大筒木羽衣的一个突破点，一个与大筒木体系下的因陀罗不同的存在。阿修罗比大筒木羽衣本身更加融入本土的自然之力，说到底，羽衣已经用过仙术与查克拉封印大筒木辉夜了，对于摆脱母亲的影响或者尝试不被查克拉体系束缚住，这可能是羽衣研究仙术和查克拉的原因
至于大筒木羽衣是否知道星球之外还有大筒木，那就真不好说了。至少秦幸博对大筒木还有一定的情报，金手指的信息搜集也能比对，剧情中的设定改变的地方不多，反正比忍者们知道更多查克拉的理解。
然而，这仅仅是秦幸博的一个猜测，他并没有确凿的证据来证明这一点。无论如何，秦幸博认为羽衣的行为是一个值得深入研究的课题。
普通的查克拉：
忍者本身发动忍术是依靠发动体内的查克拉发动，普通的查克拉是通过自己的身体能量和精神能量混合所得到的。
已知查克拉是由神树转化自然能量而成的，并且查克拉是由六道散播开稀释后的能量，如那时的蛤蟆丸就完全没有查克拉，但是它有智慧可以交流，那时应当是以操纵自然力量的巫女、阴阳师、武士、妖怪为主体，但因为神树的原因环境降低，导致力量减少加之大筒木有可能清理强者，那些弱者只能选择接纳查克拉为主体能量源之一。
所以查克拉并不能自主修行，因为查克拉是由六道分享的查克拉种子，相当于小型神树扎根于肉体与精神，查克拉的增长只能由身体生命力的成长和精神意志与灵魂的成长来带动提升，没有种子的人不能成为忍者，这就是有秘术忍族与血继忍族、忍族与普通忍者有区别的原因。
而且查克拉由于寄生扎根于灵魂与肉体的深处，或者说共生所以可以直接用查克拉交流，如尾兽的会议空间，并且由于共生的原因，可以以此为联系无视距离的交流，放下心房的人们可以由查克拉进行互联网式的交流。
查克拉也可直接强化于自身肉体进行瞬身，进行怪力增幅，极致形态变化如螺旋丸，就是用大量的无序查克拉围绕有序核心进行高速运动来造成大量伤害，虽说是模仿自尾兽玉。
总得来说查克拉是神树种子的能量，结出的查克拉果实，属于大筒木一族的能量体系。秦幸博对查克拉和神树的关系有着深刻的理解。查克拉是由神树转化自然能量而成的，而神树是转换器，吸取星球上各种的能量然后转化成查克拉。这种适合大筒木使用的能量，不知道是算提纯还是分解转化，忍者的查克拉就是劣化的。
秦幸博认为，大筒木一族并没有自主变强的手段，全靠吞食查克拉丹药、神树果实进行升级（能量的剧集），完全就是自然能量和星球能量的寄生虫，却没有直接消耗恒星高效，对于一种星际族群来说，这种能量利用似乎过于低效了。
再说大筒木那一群几乎是依托于查克拉的半信息生命了，根本和忍者就不是一种生命形态，而且，大筒木一族虽然不怕查克拉的能量攻击，却不能吸收大自然本身的能量攻击（如真实的火、风、雷电乃至土）、物理攻击，给人一种并非是查克拉的创造者，而是查克拉神术科技的使用者。
可以说，在关于查克拉的原理研究上，半土着的大筒木羽衣可能比前来忍界的诸多大筒木有更高的科学素养。就连博人传中的大筒木一式，一个真正活着的大筒木居然还要依靠阿玛多来推动科技？
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