全文立论的论点是针对司马光认为新法“侵官、生事、征利、拒谏、致怨”的指责，指出儒者所争，尤在于名实。名实已明，而天下之理得矣。从而说明变法是正确的。司马光的攻击名实不符，全是谬论。文章逐条驳斥司马光的谬论，揭露出他们保守、腐朽的本质，表示出作者坚持改革，绝不为流言俗语所动的决心。
第一段主要阐明写这封信的原因和目的。
因为两人之间有分歧，所以写信表明自己的立场和态度。王安石在第一段第一句写了三层意思：第一层“昨日蒙教”是礼貌性套语；第二层提到与司马光“游处相好之日久”，感情色彩很浓，使司马光很是舒服；第三层急速转到“而议事每不合，所操之术多异故也”，有迅雷不及掩耳之势，直接点明二人政治上不投合的原因所在。这三层意思集中在一句话里显出高度的概括力，亮出了分歧的焦点所在。不伤感情，态度坦率。第二句又有两层意思。第一层是：司马光见解坚定，并不肯轻易改变，所以“虽欲强聒”多讲几句，一定得不到见察；对于洋洋洒洒三千余字的来信，只作简单答复，不再一一白辨。第二层是：经过仔细考虑，司马光很是看重自己，书信往来，不宜鲁莽，所以要做详细解释，希望司马光能够宽恕。这里说明了作者的态度和方法，又显示出冷静沉着。
第二段是全文驳斥的重点部分，作者以“名实已明，而天下之理得矣”为论证的立足点，分别对保守派谬论进行驳斥，表明自己坚持变法的立场。
在辩驳之前，先高屋建瓴地提出一个最重要的原则问题一一名实问题。名正则言顺而事行。但站在不同立场，对同样一件事（即“实”）是否合理（即“名”是否“正”）就会有不同的甚至完全相反的看法。司马光在来信中指责王安石实行变法是“侵官、生事、征利、拒谏，以致天下怨谤”。这些责难，如果就事论事地一一加以辩解，那就很可能会因为对方抓住了一些表面现象或具体事实而陷于被动招架，越辩解越显得理亏；必须站在高处，深刻揭示出事情的本质，才能从根本上驳倒对方的责难，为变法正名。先驳“侵官”。作者不去牵涉实行新法是否侵夺了政府有关机构的某些权力这些具体现象，而是大处着眼，指出决定进行变法是“受命于人主”，出于皇帝的意旨；新法的制定是“议法度而修之于朝廷”，经过朝廷的认真讨论而订立；然后再“授之于有司”，交付具体主管部门去执行。这一“受”、一“议”、一“授”，将新法从决策、制定到推行的全过程置于完全名正言顺、合理合法的基础上，“侵官”之说便不攻自破。次驳“生事”。“举先王之政”是理论根据，“兴利除弊”是根本目的。这样的“事”，上合先王之道，下利国家百姓，自然不是“生事扰民”。再驳“征利”。只用“为天下理财”一句已足。因为问题不在于是否征利，而在于为谁征利。根本出发点正确，“征利”的责难也就站不住脚。然后驳“拒谏”。只有拒绝正确的批评，文过饰非才叫拒谏，因此，“辟邪说，难壬（佞）人”便与拒谏风马牛不相及。最后讲到“怨诽之多”，却不再从正面反驳，仅用“固前知其如此”一语带过，大有对此不屑一顾的轻蔑意味，并由此引出下面一段议论。
这一段，从回答对方的责难这个角度说，是辩解，是“守”；但由于作者抓住问题的实质，从大处高处着眼，这种辩解就绝非单纯的招架防守，而是守中有攻。例如在驳斥司马光所列举的罪责的同时，也就反过来间接指责了对方违忤“人主”旨意、“先王”之政，不为天下兴利除弊的错误。特别是“辟邪说，难壬人”的说法，更毫不客气地将对方置于壬人邪说代言人的难堪境地。当然，对司马光的揭露和进攻，主要还在下面一段。
第三段进一步明确自己的立场和态度，紧承上段结尾处怨诽之多早在意料之中的无畏声言，作者对“怨诽”的来历作了一针见血的分析。
先指出：人们习惯于苟且偷安已非一日，朝廷士大夫多以不忧国事、附和流俗、讨好众人为处世的良方。在王安石的诗文中，“苟且”是因循保守的同义语；而“俗”与“众”则是为保守思想所浸染的一股强大的社会政治势力。这里揭示出他们的精神面貌和思想实质，正为下文皇帝的“欲变此”和自己的“助上抗之”提供了合理的依据。因此接着讲到“众何为而不汹汹然”，只是说明保守势力的反对势在必然，却丝毫不意味着他们的有理和有力。接下来，作者举了盘庚迁都的历史事例，说明反对者之多并不表明措施有错误，只要“度义而后动”，确认自己做得是对的，就没有任何退缩后悔的必要。盘庚之迁，连百姓都反对，尚且未能使他改变计划，那么当前实行变法只遭到朝廷士大夫中保守势力的反对，就更无退缩之理了。这是用历史上改革的事例说明当前所进行的变法的合理与正义性，表明自己不为怨诽之多而改变决心的坚定态度。“度义而后动，是而不见可悔”，可以说是王安石的行事准则，也是历史上一切改革家刚决精神的一种概括。
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