对此，蹇硕非常不安，再度谋划诛杀何进，但被人告发，何进下令捕杀蹇硕。鉴于宦官蠢蠢欲动，何进恐怕发生意外，称病不参与灵帝丧事。袁绍认为只有杀掉所有宦官，才能免除后患。他对何进说：“从前窦武准备诛杀内宠，而反受其害，原因是事机不密，言语漏泄。五营兵士都听命于宦官，窦武却信用他们，结果自取灭亡。如今将军居帝舅大位，兄弟并领强兵，军队将吏都是英俊名士，乐于为将军尽力效命。一切在将军掌握之中，这是苍天赐予的良机，将军应该一举为天下除掉祸害，以名垂后世！”何进深以为是，于是托病不入陪丧，又不送葬。即与袁绍定计策，并把所定计策告诉了太后。但何太后却不同意，何进也就不敢违背太后意旨。
袁绍见何进动摇，劝何进早下决断，并提醒他下手晚了会遭祸殃。但是，由于何太后的母亲舞阳君与何进的弟弟何苗多次受到宦官贿赂，因此从中作梗，多方阻挠；也由于何进犹豫，所以没有结果。袁绍等人看见这种情况，心里十分焦灼，再一次献策说：“可以调集四方猛将豪杰，领兵开往京城，对太后进行兵谏。”
何进觉得这个主意不错，于是下令召前将军董卓驻关中上林苑，使府掾太山王匡发动他所在郡的强弩手，召东郡太守桥瑁驻城皋，使武猛都尉丁原烧孟津，火光照得城里通红，都说要诛杀宦官。四方兵起，京师震动，何太后才感到事态严重。她匆匆把中常侍、小黄门等宦官放回家。宦官们着慌了，惶惶然若丧家之犬，一起去叩求何进恕罪。袁绍在旁再三劝何进乘此机会杀掉他们，但何进还是把他们放走了。袁绍很不甘心，写信通知州郡，诈称是何进的意思命令逮捕宦官的亲属入狱。
宦官们在张让的指挥下，中常侍段珪等率领党徒数十人，骗何进入宫后，将何进斩杀于嘉德殿前。何进部将听说何进被杀，领兵入宫，虎贲中郎将袁术攻打宫城，焚烧青琐门。张让等人遂挟持少帝刘辩和陈留王刘协从复道仓皇外逃。袁绍与叔父袁隗佯称奉诏，杀死宦官亲党许相、樊陵，然后列兵朱雀阙下，捕杀没有来得及逃走的宦官赵忠等人，又下令关闭宫门，严禁出入，指挥士兵搜索宫中的宦官，不论老幼皆斩尽杀绝，死者有二千多人，有些不长胡须的人也被当成宦官杀掉了，有的自己发露身体然后才得免遭杀死。
正当袁氏叔侄在内宫诛杀宦官的时候，董卓率领军队抵达洛阳西郊，于北邙阪下与少帝和陈留王相遇。董卓无意中得到了一张王牌，他拥簇着少帝，带着军队浩浩荡荡地开进洛阳城。鲍信对袁绍说：“董卓拥有强兵，居心叵测，如果不能及早采取措施，就要陷入被动，如果乘他长途行军，士马劳顿，发起突然袭击，还能擒拿他。”袁绍见董卓兵强马壮，心里害怕，不敢轻举妄动。（由于董卓曾是袁绍叔父袁隗的属官，董卓入京被加封司空唯有独掌尚书事的袁隗可为，且之后董卓废立皇帝曾请示袁隗并获得其同意，因此有学者怀疑董卓入京是袁氏家族的计谋，袁绍按兵不动是在配合袁隗的行动。）
董卓商议想废掉皇帝重新立帝，对袁绍说统治天下的君主应当找贤明的人担任。灵帝令人愤恨，董侯还可以，应当立为皇帝。袁绍说当今皇上年轻，没有什么错处传扬于天下，假使不顾礼法，随心所欲，废掉嫡嗣而立庶子为皇帝，恐怕大家觉得不大妥当。董卓手按佩剑怒斥袁绍，袁绍机智地回答说这是国家大事，请到外边同太傅（袁隗）一块商议。董卓又说刘氏的后嗣不足以留着。袁绍勃然大怒：“天下强横的，难道只有董公”。横陈佩刀，一躬到底，径自出门而去。
袁绍把朝廷所颁符节挂在东门上，逃亡冀州。董卓下令通缉袁绍，城门校尉伍琼劝董卓说：“废立大事，不是一般人能理解的。袁绍不识大体，因此害怕逃跑，并非有其它意思。如果通缉他太急，势必激起事变。袁氏四代广布恩德，门生、故吏遍布天下。如果袁绍招集豪杰，拉起队伍，群雄都会乘势而起，那时，关东恐怕就不是明公所能控制了，所以不如赦免他，给他一个郡守当当，那么，他庆幸免罪，也就不会招惹事端了。”于是，董卓任命袁绍为勃海太守，赐爵位为邟乡侯。
中平六年（189年）九月，董卓废少帝为弘农王，立刘协为帝，是为汉献帝，他自署相国，又自称“贵无上”，性极残忍。董卓擅行废立和种种暴行，引起了官僚士大夫的愤恨，他所任命的关东牧守也都反对他。各地讨伐董卓的呼声日益高涨。而讨伐董卓，袁绍是最有号召力的人物，这不仅因为他的家世地位，还因为他有诛灭宦官之功和不与董卓合作的举动。本来，冀州牧韩馥担心袁绍起兵，派遣几个部郡从事驻勃海郡在袁绍门前看守他，让袁绍无法行动。这时，东郡太守桥瑁冒充三公写信给各州郡，历数董卓罪状，称“受董卓逼迫，无以自救，亟盼义兵，拯救国家危难”云云。韩馥接到信件，召集部属商议，他问大家应当助袁氏还是助董氏，治中从事刘子惠正色说：“兴兵是为国家，说什么袁氏、董氏。”韩馥语塞，脸有愧色。迫于形势，韩馥不敢再阻拦袁绍，写信表示支持他起兵讨董。
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