兴平元年（194年）秋，朱儁因日食而免职，又奉命代理骠骑将军职务，持节镇抚关东，但未出行。
兴平二年（195年）二月，李傕杀死樊稠，郭汜自疑，又与李傕相互攻杀，长安大乱。朱儁留京没有出行，任大司农。李傕劫持汉献帝到自己的营中，献帝命朱儁和太尉杨彪等十多人去说服郭汜，让他与李傕和解。郭汜不肯，扣留朱儁、杨彪等为人质。朱儁的性格刚猛，当日便过于愤怒发病而死。
在北宋年间成书的《十七史百将传》中，朱儁位列其中。
朱儁任交州刺史时，选兵五千，两路直奔交趾，讨伐梁龙之乱。他一面整军不动，遣使探查虚实，一面召集援军，最终与七郡兵士一齐发动总攻，斩杀梁龙，招降数万，旬月之间，大乱全部平息。
朱儁镇压黄巾之乱时，屡建战功：他先与黄巾波才部作战失利。后左中郎将皇甫嵩在长社（今河南省长葛县东北）以火计大破波才，朱儁、曹操与皇甫嵩合兵追击，杀死数万人。随后，朱儁与皇甫嵩协力进攻汝南、陈国黄巾，平定三郡之地。六月，奔赴南阳郡，以一万八千的兵力围困黄巾首领赵弘所部十余万人，至八月杀死赵弘。宛城黄巾仍推韩忠为帅，朱儁在宛城西南方扎营筑垒，使黄巾主力被诱往该处防守，自己则率五千精兵猛攻东北方，且拒绝了韩忠投降的提议。但在急攻不下之后，朱儁转而以“围师必阙”之计，诱使韩忠出击，大破黄巾，斩杀上万，韩忠投效。后黄巾余部仍拥孙夏为帅，据守宛城。朱儁再度攻击，“贼遂解散”。
历史评价
陶谦等：将军君侯，既文且武，应运而出，凡百君子，靡不颙颙。’故相率厉，简选精悍，堪能深入，直旨咸阳，多持资粮，足支半岁，谨同心腹，委之元帅。
虞翻：近故太尉上虞朱公，天姿聪亮，钦明神武，策无失谟，征无遗虑，是以天下义兵，思以为首。
范晔《后汉书》：
①皇甫嵩、朱儁并以上将之略，受脤仓卒之时。及其功成师克，威声满天下。值弱主蒙尘，犷贼放命，斯诚叶公投袂之几，翟义鞠旅之日，故梁衍献规，山东连盟，而舍格天之大业，蹈匹夫之小谅，卒狼狈虎口。为智士笑。岂天之长斯乱也？何智勇之不终乎！前史晋平原华峤，称其父光禄大夫表，每言其祖魏太尉歆称：
“时人说皇甫嵩之不伐，汝豫之战，归功朱儁，张角之捷，本之于卢植，收名敛策，而己不有焉。盖功名者，世之所甚重也。诚能不争天下之所甚重，则怨祸不深矣”。
如皇甫公之赴履危乱，而能终以归全者，其致不亦贵乎！故颜子愿不伐善为先，斯亦行身之要与！
②黄妖冲发，嵩乃奋钺。孰是振旅，不居不伐。俊捷陈、颍，亦弭於越。
在小说《三国演义》中，朱儁形象与正史相似。是汉车骑将军。黄巾造反时，为中郎将，引军讨伐。屡立功绩，迁车骑将军，河南尹。后董卓余党李傕、郭汜乱政，掠夺公卿，朱隽对汉室衰微的状况感到悲哀，归家后即病逝。
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