当时，窦宪兄弟，窦笃为卫尉，窦景、窦瑰都任侍中、奉车、驸马都尉。于是，兄弟四人大修宅第，争竞豪奢，穷极工巧。
永元二年（90年）六月，朝廷下诏封窦氏四兄弟侯爵。只有窦宪拒不受封。七月，将兵出镇凉州（治所在今甘肃秦安县东北），邓叠任其副将。
北单于因为汉王朝遣还他的弟弟，又派车谐储王等人居延塞见窦宪，请求向汉称臣，并想入京朝见。窦宪上表请示后，派班固、梁讽前往迎接。这时，南单于上书汉廷，建议乘机消灭北单于，然后，南北匈奴合并归汉。汉廷同意，于是，南单于大败北单于，北单于受重伤逃走。班固等人走到私渠海，转头返回。窦宪认为北单于势力微弱，想乘机将其彻底消灭，于是在永元三年（91年），派右校尉耿夔、司马任尚、赵博等率兵出居延塞，在金微山大破北单于，斩首五千余级，北单于遁逃，不知去向，其国遂亡。
窦宪平定匈奴，威名大盛。于是以耿夔、任尚为爪牙，以邓叠、郭璜为心腹，以班固、傅毅皆置幕府，以典文章，把揽朝政，占据要津。一时刺史、守令等官员多出其门。尚书仆射郅寿、乐恢因为违忤窦宪之意，相继自杀。朝臣震慑，望风承旨。窦笃进位特进，窦景为执金吾，窦瑰为光禄卿，兄弟当朝，贵重显赫，倾动京都。而窦景尤为骄纵，妓客也依仗势力，为非作歹。他们侵凌平民，强夺财货，篡取罪人，抢掠妇女。搞得京都商贾闭塞，如避寇仇。而主管官吏，噤若寒蝉，忍气吞声，不敢举奏。司徒袁安见天子年幼，外戚专权，深为忧虑，言及国家大事，往往呜咽流泪。无奈当时窦氏势力太大，父子兄弟并居高位，充满朝廷。除上面提到的之外，尚有窦宪的叔父窦霸为城门校尉，窦褒为将作大匠，窦嘉为少尉，任侍中、将、大夫、郎吏等职的，还有十余人。
永元四年（92年），窦宪的心腹邓叠之母邓夫人与郭举一同出入后宫，郭举得到章德窦太后的宠幸，于是她们便共同图谋杀害汉和帝。
汉和帝得知他们的阴谋后，便定计除灭叛党。考虑到窦宪驻扎在外，怕他兴兵为乱，谋定后忍而未发。适逢窦宪和邓叠班师回到京师洛阳，汉和帝下诏让大鸿胪持节到郊外迎接，并按等级赏赐军中将士，以安其心。
窦宪进城之后，汉和帝亲临北宫，命将屯卫南、北宫，关闭城门，逮捕了邓夫人、邓叠、邓磊、郭举、郭璜，下狱诛死。并派人收回窦宪的大将军印绶，更封为冠军侯，让他和窦笃、窦景、窦瑰都回封地去。窦宪、窦笃、窦景到封地后，都被迫令自杀。
永元十年（98年），窦瑰也被梁棠所逼自杀。受株连者也都免官还乡。
轶事典故
永元元年(公元89年)，窦宪北伐匈奴，一直打到燕然山，全歼了北单于主力，随军的班固写下《封燕然山铭》，刻在摩崖上记功。这一战，彻底打垮了北匈奴，使其脱离了漠北高原，往西远遁，因此有关燕然山的典故在唐诗宋词中俯拾皆是。
蒙古国成吉思汗大学于2017年8月15日宣布，在蒙古国中戈壁省发现的一处摩崖石刻，被中蒙两国联合考察队确认为班固为窦宪所作的《封燕然山铭》。
都护燕然
窦宪在歼灭北匈奴主力后，北匈奴退居西北地区的伊吾，其首领於除鞬到蒲类海请求归降东汉。于是，窦宪便上书册封於除鞬为北匈奴单于，在伊吾地区（今新疆维吾尔自治区东北）设立护匈奴中郎将，都护北匈奴，“如南单于故事”，东汉朝廷听从了他的提议。自此，南、北匈奴一并归东汉领护，史称“并恩两护”。唐代诗人王维在《使至塞上》对此事赞颂道：“萧关逢候骑，都护在燕然”。
强买沁园
建初年间（公元76年—80年），窦宪倚仗其妹窦皇后的势力，低价强买了沁水公主的田园（沁园）。有一天，章帝（刘炟）出巡经过庄园，问陪同的窦宪：“这是谁家的田园？”
窦宪胡说了一通，引起章帝的怀疑。后来，章帝发现了真相，大为愤怒，对窦宪严厉训道：“前几天经过你强夺的沁水公主田园时，你为什么指鹿为马，欺骗我？你的胆子真大呀！你知道不？”
永平年间（58—75），先帝（明帝刘庄）经常命令阴党、阴博、邓叠三人相互监督纠察，所以诸多贵戚中没有人敢触犯法律。如今，尊贵的公主尚且遭到你的巧取豪夺，何况平头百姓！我告诉你，国家要抛弃你窦宪，就像丢掉一只小鸟和腐臭的死鼠一样！”窦宪大为恐惧。后来，章帝的愤怒平息了，命窦宪将沁园还给沁水公主。章帝看在皇后的面子上，对窦宪没有依法治罪，但不再委以重任。窦宪退出了沁园，后世泛称公主的园林为“沁园”。后人作诗以咏其事，此调因而得名“沁园春”。
纳妻轶事
窦宪纳妻的时候，天下郡国皆前去送礼庆祝，而汉中郡本应当遣吏送礼，户曹李合对汉中太守说：“窦将军椒房之亲，不修德礼而专权骄恣，危亡之祸，可翘足而待；愿明府（汉人对太守的尊称）一心王室，不要与窦宪交通。”然而汉中郡太守仍然派人给窦宪送礼，李合无法制止，只好请求亲自担任送礼使者，汉中太守允许了他。李合便在路上不断逗留，以观其变，走到扶风郡的时候，窦宪已经被汉和帝遣至封地逼迫自杀了，凡与窦宪交通的人皆被汉和帝免官，只有汉中太守没有与窦宪交通的记录，得以幸免。
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