秦王子婴元年（前207年）十月，刘邦率大军兵临咸阳城。秦王子婴设计杀了奸相赵高，献出玉玺，向刘邦投降。刘邦进入秦宫，见那里的宫室、帐幕、狗马、贵重的宝物、美女数以千计，便想在此留住，经樊哙、张良一再劝谏，才下令封存宫中贵重宝物和府库，回军驻扎在霸上。
当时随刘邦进入咸阳的将领们也都争先奔向储藏的仓库，去瓜分金帛财物，唯独萧何先去把秦朝丞相和御史大夫保管的法律诏令以及各种图书文献收藏起来。依据秦朝的典制，丞相辅佐天子，处理国家大事；御史大夫对外监督各郡御史，对内接受公卿奏事。除了军权外，丞相和御史大夫几乎总揽一切朝政。萧何收藏的这些秦朝的律令图书档案，使刘邦对天下的关塞险要、户口多寡、形势强弱、民众疾苦等等情况了如指掌，为制定正确的方针政策和律令制度找到了可靠的根据，对日后西汉政权的建立和巩固，起到了巨大的作用，功不可没。这也足见萧何的深谋远虑。
刘邦率先攻入咸阳后不久，项羽也率军入关，并在同年二月自封为西楚霸王，占有梁、楚九郡之地，建都彭城（江苏徐州）。项羽背弃楚怀王的约定，改立刘邦为汉王，统辖荒远偏僻的巴、蜀、汉中之地，建都南郑。又把关中地区分封给三名秦朝降将，分别为：雍王章邯、翟王董翳、塞王司马欣，目的是围堵刘邦。
刘邦很生气，想谋划攻打项羽。周勃、灌婴、樊哙都劝阻刘邦，萧何进谏说：“虽然在汉中为王不好，但不是比死好些吗？”
刘邦说：“怎么会死呢？”
萧何说：“现在兵士不如人家多，开战百分之百会失败，除了死还能如何？《周书》说‘天给予却不去接受，反会遭受其害。话说‘天汉’，这个名称非常美好。能够在一人之下受委屈，却在万乘诸侯之上伸张其志的，是商汤、周武这样的王者。臣希望大王在汉中称王，休养百姓，招致贤才，收用巴蜀的财力，回军平定三秦，就可以谋取天下了。”刘邦这才应允，于是前去就国，任命萧何为丞相。
四月，各路诸侯罢兵各自就国。汉王刘邦也前往封国，项羽派了三万人随从前往，楚国和诸侯国中因为敬慕而跟随刘邦的有几万人。项羽麾下郎中韩信在此期间投奔了刘邦，任职连敖，不久韩信因犯法差点处斩，被夏侯婴救下，推荐给刘邦，刘邦任命韩信为治粟都尉。此后韩信多次与萧何交谈，萧何认为韩信非比寻常。刘邦在前往封国时，张良送行到褒中县，建议刘邦说：“大王为何不烧断所经过的栈道，向天下表示不再回来的决心，以此稳住项王的心。”
刘邦让张良返回韩国。汉军从杜县往南进入蚀地的山谷中，刘邦依照张良的建议，军队过去以后，栈道就全部烧掉，一来防备诸侯或其他强盗偷袭，二来向项羽表示没有东进之意。到达都城南郑时，将领和士兵有许多人在中途逃跑回去了，士卒们都唱着歌，想东归回乡。韩信觉得萧何他们已经多次在刘邦面前保荐过他，刘邦依旧没有重用，就也逃跑了。萧何听说韩信逃跑，来不及上报刘邦，就亲自去追赶。有人报告给刘邦说：“丞相萧何逃跑了。”刘邦大发脾气，就像失掉了左右手一样。
过了一两天，萧何回来拜见刘邦，刘邦见到萧何既生气又开心，说道：“你为什么逃跑？”
萧何说：“我不敢逃跑，我是去追逃跑的人。”
刘邦问他：“你追的是谁？”
萧何答道：“韩信。”
刘邦听完大骂：“逃走的将领有十多个，也没听说你去追，偏要去追韩信？这是在骗我！”
萧何说：“那些将领都容易得到，像是韩信这样当今数一数二的杰出人才，跑了就再也没有第二个了。大王如果只想在汉中郡长久称王，没有韩信也就算了；如果要准备打天下，那除了韩信就没有可以共谋大事的人。就看大王如何打算了。”
刘邦说：“我也想东归，怎能长久憋屈在这种地方呢？”
萧何说：“大王若打算东出，能重用韩信，他自然会留下；如果不重用他，他终究会离开的。”
刘邦说：“我看在你的面子上，让他做个将军。”
萧何说：“即使当了将军，还是留不住他。”刘邦说：“那就做大将！”萧何说：“太好了。”
刘邦当下就想叫韩信来拜将。萧何说：“大王一向傲慢无礼，现在任命一位大将，就像是招呼一个小孩一样，这就是造成韩信离去的原因。大王如果诚心拜他做大将，就该选个好日子，自己事先斋戒，搭起一座高坛，按照任命大将的仪式办理，那才行啊！”
刘邦答应了。汉军一众将领听说后都暗自高兴，人人都以为自己会被任命为大将，等到举行仪式的时候，才知道是韩信，全军上下都大吃一惊。
汉元年（前206年）八月，刘邦发动还定三秦之战，击退雍王章邯的兵马，一路势如破竹，不到一个月便控制了三秦地区的形势。
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