九头蛇队长导出的故事叫做《秘密帝国》。
这个故事里，九头蛇队长并不是被改写了记忆，而是他年轻时就自愿加入了九头蛇，他隐藏的很深，只在必要时刻给红骷髅传递消息，在战场上奋勇杀敌，直到纳粹的失败不可挽回，九头蛇队长和红骷髅联手做戏想要假死脱身，但万万没想到宇宙魔方被莫名激活，红骷髅被传送走，而九头蛇队长被冻在了北极。
这就完了？不，这只是刚刚开始。
七十多年后，九头蛇队长再次醒来，整个世界已经变了样，变得让九头蛇队长感到恶心和陌生，输了？我没死，九头蛇怎么会输呢？
在苏醒过来后不久，九头蛇队长就见到了一位熟人——红骷髅。
没错，这个世界的红骷髅并没有被传送去看守宝石，他只是被传送到了挪威，然后让九头蛇成功在神盾局里复苏。
看着历尽沧桑，被资本腐朽了的红骷髅，九头蛇队长依旧准备追寻自己想要的东西。
他做了什么？杀死所有超级英雄还是囚禁他们？
不，九头蛇队长竞选了美国总统，并且高票数获胜，他——成为了美国的新总统。
统治世界需要的是什么？答案是一个共同的敌人，纽约大战让九头蛇队长更加的声名显赫，异人族攻击地球让死伤蔓延全球，斯库鲁人让神盾局完全被九头蛇队长接管……
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