元神与元气、元精的关系非常密切。“元神见而元气生，元气生则元精产矣”(《青华秘文〉）。内丹修炼尤重元神，故《金丹四百字序》说：“炼神者，炼元神，非心意思虑之神。”内丹本的主导思想既为“返本还元”，故要求以先天制后天，从有为返无为，逐步消除气质之性。只要“气质尽而本无始见，本无见而后可以用事”;“以本元之性而用之，则气力先天之气也”;“先天之气纯熟，日用常行，无非本体矣，此得先天制后天无为之用也”(《青华秘文》）。从这一意义上讲，气功人静的锻炼过程，即为除欲神、炼元神的过程，这也是气功效应的关键所在。
有人从现代心理学的角度探讨元神，认为元神是人的一种无意识（潜意识）活动，但其并非是“未被意识到的意识”，而是与生俱来的带有明显自然属性的“原生无意识”，与出于后天生活经验的潜移默化逐步积累而成的无意识(如心理定势之类)不同，是个体的一种强大而原始的内驱力源，每个人的生命活动都在不知不觉中为它所左右，其生理基础是皮层下中枢，与真正的意识（识神）有着本质的区别。当练动者进入气功态后，意识活动暂停，于是所有监视、压抑原生无意识，使之不能活动的因素不再起作用，这种无意识就得以充分活动起来，它不仅能迅速激发体内之生理潜能，而且对人体的脏腑经络、气血阴阳等直接进行调节，使之“阴平阳秘”，从而使机体处于最佳功能态中，达到最佳练功效果。这便是元神论在气功学中的重要价值所在。
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