他继位之初，便遭到了建文旧臣的激烈反对，逼得他采用了一些酷烈的手段，原以为“杀百儆百”，群臣总算俯首贴耳了，可是徐辉祖、耿炳文、梅殷这些建文旧臣的阴谋败露后，不免使他重又戒备起来。对于建文臣的诸多臣子，他不可能尽皆弃之不用，而且其中确有许多得力的干臣。
可正因如此，如果他们心怀叵测，对江山社稷的破坏也就更严重。这样的人，在朝里还有多少？朱棣疑心病本来就比较重，越想越是不安，可是这事又是绝对不能说出去的，所以便叫纪纲暗中进行调查，尤其是与徐辉祖、耿炳文、梅殷这些人交情厚、过从密的大臣，包括从三人府上搜检出的书信，也等派了专人逐字逐字地检查，籍以寻找线索。
这一年多来，陆陆续续被纪纲揪出来不少人，大部分确实是他们一派的人，至少是同情建文帝的，至于其中有没有是与纪纲有私怨的，被他借题发挥，那就不知道了。
纪纲忙向朱棣行礼道：“微臣见过陛下，微臣派尹盛辉往各地调查建文叛党事，依据从梅殷府上搜出的线索，一路追查到北京府，查到了一个人，此人身上诸多疑点都相符合……”
朱棣闻言，立即一摆手，殿中的宫女内侍迅速退了出去。
尹盛辉早就回来了，他被放出来了，那些普通的锦衣校尉还在大牢里关着呢，涿州通判赵子衿说的清楚：“尹大人，我这小庙，装不下您这尊大神，您要下官放你出去，成！可这几个校尉，您得先让他们留在这儿，要不然肖御使那儿，下官同样没法交待啊！您放心，一日三餐，用医换药，下官这儿都不会差了，您就当让他们留在这儿养伤还不成么？”
人家都这么说了，尹盛辉哪能不答应？所以他是匹马单枪，独自一人杀回金陵的。
纪纲一听尹盛辉的哭诉，就已勃然大怒，心中顿时泛起杀意。但他乃是心机深沉之辈，不能泄愤的愤怒是毫无意义的，他对尹盛辉一事秘而不宣，关在涿州大牢里的几个手下也不去救，他在等最恰当的机会，当他的獠牙即将噬在对手的脖子上时，他才会说出此事。
“雒佥？”
朱棣听了不禁有些惊讶：“朕对他如此器重，委之以行部尚书之职，执掌北京政务，他……”
纪纲面无表情，垂着双手，镇定地道：“陛下几时薄待过梅殷？对徐辉祖的恩遇宽待，更是无人能及……”
朱棣把牙一咬，目中放出凶光：“继续查，朕要铁证如山！”
“皇上放心，臣已经叫尹盛辉继续追查了。”
朱棣点点头，恨声道：“朕对他们推心置腹，这些狼心狗肺的东西！一旦查证属实，朕绝饶不了他们！”
他恨恨说罢，又瞟了纪纲一眼，赞道：“你做的很好，唔……，今天下午解缙等人特意告了假，去与杨旭接风洗尘，你是杨旭旧部，怎么没去？”
纪纲恭谨地道：“为臣者，自当以国事为重，再者……”
朱棣听了他头一句话，神色一霁，听他还有下文，却吞吞吐吐的，不禁睨了他一眼道：“不过甚么？”
纪纲道：“皇上慧眼，洞烛天下，自然明白，今日名为替辅国公接风洗尘，实则是众大臣拥戴皇长子成功成为储君的庆功宴，臣是锦衣卫的人，只供皇上驱策，朝堂之事无缘参与，无功不受禄，怎么去喝这杯酒？再者……”
他搓搓手，有些难为情地嘟囔道：“再说，因为皇上的缘故，朝中文武对纪纲倒也礼遇，可是辅国公是臣的老上司，在他面前，纪纲可不敢摆架子，到了那里，少不得要挤到边角旮旯，与一些微末小官一起人家举杯咱举杯，人家落座咱落座，仗着皇上的势，臣原还有些威风的，这一下可真是威风扫地，颜面无存了……”
朱棣听了哈哈大笑，同样是邀功讨官，可是像纪纲这样直言不讳，在他面前有什么心里话都不藏着掖着，听着舒服，朱棣思索了一下，慨然道：“自从朕登基以来，你为朕兢兢业业、屡立功勋，确还不曾受过什么封赏。奈何，非战功不能封爵，而指挥使最高只能是三品，这个位置又离不了你……”
朱棣踱了两步，眉头一扬，说道：“这样吧，朕特旨简拔你为正二品，省得你连吃酒都不好意思去，哈哈哈……”
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